Atelier Phylogénomique OrthoFinder
From silico.biotoul.fr
Liens
Mise en œuvre
Nous allons utiliser le programme OrthoFinder avec les paramètres par défaut. Nous utilisons le script donné en exemple dans /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster comme modèle.
Créer un répertoire ~/work/OrthoFinder et copier le script test_OrthoFinder-2.2.1.sh dans ce répertoire.
cp /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster/test_OrthoFinder-2.2.1.sh prochlo_OrthoFinder-2.2.1.sh
Créer un sous-répertoire Prochlorococcus et copier les fichiers peptides issues de Prokka dans ce repertoire.
cp ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa Prochlorococcus/.
Le script copié est édité pour changer le repertoire de travail.
sbatch prochlo_OrthoFinder-2.5.2.sh squeue -l -u <fleure>
Par défaut, OrthoFinder crée un répertoire OrthoFinder dans le répertoire du protéome d'entrée (Prochlorococcus) et y place les résultats.
