Bioanalyse TD Analyse de sequences et Biologie Moleculaire
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Introduction
Contexte Scientifique: vous venez d'arriver dans une équipe de recherche travaillant sur le gène BCL2 humain, impliqué dans différents cancers. Une analyse fonctionnelle de BCL2 doit être réalisée afin de mieux comprendre le rôle de la protéine BCL2. Pour cela l'équipe souhaite tout d'abord obtenir un anticorps dirigé contre BCL2. Pour cela il est nécessaire i) d'identifier quel(s) domaine(s) de BCL2 sont les plus appropriés et ii) de produire ce(s) domaine(s) de façon hétérologue dans Escherichia coli, afin d'immuniser des lapins.
L'ensemble des exercices ci-dessous permettront de réaliser ces étapes.
Ci-dessous une sélection des sites Internet qui vous seront également nécessaires au cours des séances:
- Génopôle Toulouse
- EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
- NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
- Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
- PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
- Institut Pasteur
Exercice 1
Dans un premier temps, il est nécessaire de récupérer les séquences humaines codant BCL2.
Sur le site du NCBI: 1°) Recherchez les protéines codées par le gène BCL2. Combien en avez-vous ? Sélectionnez celles qui proviennent du génome humain. Vérifiez que ce sont toutes des BCL2 et non des protéines associées à BCL2. Regardez quelques entrées et l’endroit dans la fiche où le nom BCL2 apparaît. Trouvez alors une façon de raffiner la requête.
2°) Restreindre les résultats aux séquences de la banque RefSeq.
Vous devez maintenant avoir 2 isoformes NP_000624 et NP_000648. 3°)A l’aide des programmes d’alignement de la suite EMBOSS, comparez les séquences protéiques des 2 isoformes. Quelles sont vont conclusions ?
