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Bioanalyse TD Banques et Manipulation de Sequences

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: Vous devriez maintenant avoir 2 isoformes NP_000624 et NP_000648.
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* A l'aide des programmes de comparaison et d'alignement de séquences de la suite EMBOSS, comparez les séquences protéiques des 2 isoformes. Quelles sont vos conclusions ?
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* A l'aide des programmes de comparaison et d'alignement de séquences de la suite [http://vm-bioinfo.toulouse.inra.fr/emboss/ EMBOSS], comparez les séquences protéiques des 2 isoformes. Quelles sont vos conclusions ?

Revision as of 09:21, 8 March 2011

Banques et manipulations de séquences

Ci-dessous une sélection des sites Internet qui vous seront nécessaires au cours des TD :

  • Génopôle Toulouse
  • EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
  • NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
  • Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
  • PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
  • Institut Pasteur

Contexte scientifique : vous venez d'arriver dans une équipe de recherche travaillant sur le gène BCL2 humain, impliqué dans différents cancers. Une analyse fonctionnelle de BCL2 doit être réalisée chez la souris afin de mieux comprendre le rôle de la protéine codée par BCL2. Pour cela, il est nécessaire de disposer d'un anticoprs dirigé contre un domaine de BCL2 et donc de produire ce domaine de manière hétérologue dans Escherichia coli, afin ensuite d'immuniser des lapins.

Recherche dans les banques

Dans un premier temps, il est nécessaire de récupérer les séquences humaines codées par BCL2.

  • Sur le site du NCBI, recherchez les protéines codées par le gène BCL2.
Combien en avez-vous ? Sélectionnez celles qui proviennent du génome humain.
Vérifier que ceux sont toutes des BCL2 et non des protéines associées à BCL2. Pour cela, parcourez quelques entrées et l'endroit dans la fiche où le nom BCL2 apparaît.
La page de recherche avancée (Advanced search) permet d'affiner votre requête. Exploiter au mieux les critères de recherche à votre disposition en utilisant la recherche dans certains champs des fiches pour ne rechercher que les protéines humaines codées par le gène BCL2. Remarque : le bouton Preview permet de vérifier combien de fiches seront retournées par la requête.
  • Restreindre la recherche à la banque RefSeq (utiliser l'onglet limits).
Vous devriez maintenant avoir 2 isoformes NP_000624 et NP_000648.
  • A l'aide des programmes de comparaison et d'alignement de séquences de la suite EMBOSS, comparez les séquences protéiques des 2 isoformes. Quelles sont vos conclusions ?
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