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TP Comparaison de Séquence

Cette séance est inspirée d'un TP de Jean-Stéphane Varré Lill).

Introduction

Les logiciels que nous allons utiliser sont majoritairement issus de la suite EMBOSS (EMBOSS homepage). Ils sont installés sur plusieurs serveurs dont celui de l'institut Pasteur Institut Pasteur, celui de la Génopole de Toulouse et de Lille. Ces logiciels possèdent tous la même interfaçe, pour chacun d'entre-eux vous devez saisir:

• votre email (ici on se contentera de mettre 'a') (sauf sur le site toulousain)
• vos données (le plus souvent au format FASTA)
• les paramètres du programme

En cliquant sur le nom du programme (en haut à gauche) vous aurez des informations sur ce qu'il fait et sur les paramètres.

Pour chacun des logiciels, il existe deux interfaçes, l'une simple, l'autre dite avancée. Dans la version simple, seuls quelques paramètres peuvent être modifiés, les autres étant choisis par défaut.

Vous devrez stocker des séquences et des résultats dans des fichiers. Pour ce faire, vous aurez simplement à enregistrer ces fichiers grâce aux menus de Netscape.

Ci-dessous une sélection des sites Internet qui vous seront également nécessaires au cours des séances:

• Génopôle Toulouse
• EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
• NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
• Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
• PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
• Institut Pasteur