silico.biotoul.fr
 

Docker

From silico.biotoul.fr

(Difference between revisions)
Jump to: navigation, search
m (Created page with ''''Motivation :''' problèmes de dépendances logicielles et de reproductibilités des résultats obtenus (avec un certain environnement, librairies, ...). '''Solution (partiell…')
m
Line 4: Line 4:
'''Remarque :''' cela permet aussi de distribuer l'exécution de programme sur une grille de calculs ou un cloud.
'''Remarque :''' cela permet aussi de distribuer l'exécution de programme sur une grille de calculs ou un cloud.
 +
 +
 +
Nous allons utiliser podman qui est l'équivalent de docker mais présente certains avantages :
 +
* docker nécessite un service (qui tourne donc en permanence) alors que podman non
 +
* il faut des permissions élevées (root) pour docker et pas toujours pour podman

Revision as of 14:19, 30 August 2022

Motivation : problèmes de dépendances logicielles et de reproductibilités des résultats obtenus (avec un certain environnement, librairies, ...).

Solution (partielle) : mettre dans un container tout ce qu'il faut pour réaliser le même traitement.

Remarque : cela permet aussi de distribuer l'exécution de programme sur une grille de calculs ou un cloud.


Nous allons utiliser podman qui est l'équivalent de docker mais présente certains avantages :

  • docker nécessite un service (qui tourne donc en permanence) alors que podman non
  • il faut des permissions élevées (root) pour docker et pas toujours pour podman


Test : Hello world

Pour vérifier que cela fonctionne :

podman run hello-world

podman devrait récupérer l'image du container sur docker.io puis l'exécuter sans trop de soucis.

Images présentes sur le compte :

podman images

Container en cours d'utilisation :

podman ps

Container en cours ou ayant terminé :

podman ps -a

On observe qu'il reste hello-word, on peut accéder aux logs avec son identifiant ou son nom (utile pour le débogage en cas de crash du container) :

podman logs CONTAINERID