Examen intermédiaire
From silico.biotoul.fr
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| + | * indiquez le nombre de structure(s) obtenue(s) pour cette protéine. Comment avez-vous obtenu cette information ? | ||
| + | * expliquer de façon détaillée la fonction de cette protéine. Préciser sa localisation cellulaire ainsi que les conditions de son induction. Où avez-vous trouvé ces informations ? | ||
| + | * des domaines ont-ils été identifiés sur cette protéine ? Lesquels ? | ||
| + | * que veut dire le champ "FT" ? | ||
Revision as of 14:25, 9 December 2011
Contents |
Instructions
Commencez par créer un fichier texte sur le bureau (Open-Office ou Bloc Note) s'intitulant par "NOM_prenom" (exemple GAULIN_Elodie.rtf) Ce fichier comportera vos réponses à l'examen, il devra être :
- adressé par mail à l'adresse suivante gaulin@lrsv.ups-tlse.fr - conservé sur votre bureau dans un répertoire intitulé "Harmonisation Connaissances"
!! ATTENTION !! Tout manquement à cette règle sera sanctionné à hauteur de 2 points sur la note finale.
!! CONSEILS!!
Envoyez 5 minutes avant la fin de l’examen votre fichier de réponse :
- mettez-vous en copie du mail afin de garder une trace de votre travail
- laissez l’ordinateur allumé pour vérifier la présence du fichier dans le répertoire "Harmonisation Connaissances"
Vous êtes responsables de l’envoi du fichier en fin d’examen. Etant donné qu’il est facile d’antidater un fichier ainsi que son envoi, tout fichier non reçu en fin de séance recevra une note de 0/20.
Ressources
Vous trouverez ci-dessous une sélection des sites Internet qui vous seront nécessaires pour l'examen:
- Génopôle Toulouse
- EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
- NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
- Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
- PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
- Institut Pasteur
- Protein Data Bank (PDB)
- EMBOSS.
Exercice 1
Un laboratoire s'intéresse à la protéine LON de Pseudomonas aeruginosa (pathogène humain) et de Pseudomonas syringae (pathogène plante), cependant des données expérimentales sont disponibles uniquement pour l'homologue présent chez la bactérie Escherichia coli. La fiche dédiée a cette protéine et déposée dans les bases de données est disponible ici [LON E. coli].
Question1.1
En lisant la fiche, répondez aux questions suivantes:
- dans quelle banque cette séquence est-elle déposée ?
- quelle est la taille de la protéine ?
- est-ce une protéine sécrétée ? justifiez
- indiquez le nombre de structure(s) obtenue(s) pour cette protéine. Comment avez-vous obtenu cette information ?
- expliquer de façon détaillée la fonction de cette protéine. Préciser sa localisation cellulaire ainsi que les conditions de son induction. Où avez-vous trouvé ces informations ?
- des domaines ont-ils été identifiés sur cette protéine ? Lesquels ?
- que veut dire le champ "FT" ?
