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Revision as of 15:02, 9 December 2011

Instructions

Commencez par créer un fichier texte sur le bureau (Open-Office ou Bloc Note) s'intitulant par "NOM_prenom" (exemple GAULIN_Elodie.rtf) Ce fichier comportera vos réponses à l'examen, il devra être :

- adressé par mail à l'adresse suivante gaulin@lrsv.ups-tlse.fr - conservé sur votre bureau dans un répertoire intitulé "Harmonisation Connaissances"

!! ATTENTION !! Tout manquement à cette règle sera sanctionné à hauteur de 2 points sur la note finale.

!! CONSEILS!! Envoyez 5 minutes avant la fin de l’examen votre fichier de réponse :
- mettez-vous en copie du mail afin de garder une trace de votre travail
- laissez l’ordinateur allumé pour vérifier la présence du fichier dans le répertoire "Harmonisation Connaissances" Vous êtes responsables de l’envoi du fichier en fin d’examen. Etant donné qu’il est facile d’antidater un fichier ainsi que son envoi, tout fichier non reçu en fin de séance recevra une note de 0/20.

Ressources

Vous trouverez ci-dessous une sélection des sites Internet qui vous seront nécessaires pour l'examen:

• Génopôle Toulouse
• EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
• NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
• Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
• PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
• Institut Pasteur
• Protein Data Bank (PDB)
• EMBOSS.

Exercice 1

A partir de la séquence P01308, répondez aux questions suivantes

• de quel type de séquence s'agit-il ?
• a quel organisme appartient cette séquence ?
• dans quelle base de données cette séquence est-elle déposée ?
• a quoi correspond le numéro BAA03852.1 ?
• existe-t-il des domaines référencés dans PFAM pour cette séquence ? Si oui, indiquez les positions et le numéro d'accesion

Exercice 2

Vous allez comparer les 2 séquences protéqiues ci-desous:

>prot1
MVMEYLVLEKRLKRLREVLEKRQKDLIVFADNVKNEHNFSAIVRTCDAVGVLYLYYYHAEGKKAKINEGI TQGSHKWVFIEKVDNPVQKLLEFKNRGFQIVATWLSKESVNFREVDYTKPTVLVVGNELQGVSPEIVEIA DKKIVIPMYGMAQSLNVSVATGIILYEAQRQREEKGMYSRPSLSEEEIQKILKKWAYEDVIKERKRTLST S
>prot2
MVMEYLVLEKRLKRLREVLEKRQKDLIVFADNVKNEHNFSAIVRTCDAVA TWLSKESVNFREVDYTKPTVLVVGNELQGVSPEIVEIAVGVLYLYYYHAE GKKAKINEGI

Un laboratoire souhaite travailler sur la protéine LON de Pseudomonas aeruginosa (pathogène humain) et de Pseudomonas syringae (pathogène plante). Des données expérimentales sont disponibles uniquement pour l'homologue présent chez la bactérie Escherichia coli (Numéro d'accesion P0A9M0).

Question1.1

En lisant la fiche de P0A9M0, répondez aux questions suivantes:

• dans quelle banque cette séquence est-elle déposée ?
• est-ce une protéine sécrétée ? justifiez
• indiquez le nombre de structure(s) obtenue(s) pour cette protéine. Comment avez-vous obtenu cette information ?
• expliquer de façon détaillée la fonction de cette protéine. Préciser sa localisation cellulaire ainsi que les conditions de son induction. Où avez-vous trouvé ces informations ?
• des domaines ont-ils été identifiés sur cette protéine ? Lesquels ?
• que veut dire le champ "FT" ?

Afin de caractériser les homologues LON d'Escherichia coli chez P. aeruginosa et P. fluorescens dont les génomes sont séquencés, des analyses bioinformatiques ont été réalisées.

Question1.2

• proposez une démarche pour identifiez les séquences similaires a LON d'E. coli