InfoBio TD Ecoli Outbreak

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En 2011, une souche pathogène d'Escherichia coli a été la cause d'un grand nombre d'intoxications alimentaires, notamment en Allemagne, une partie d'entre elles ayant causé la mort de la personne infectée.

Vers la fin mai 2011, un institut allemand - le RKI - a remarqué le nombre inhabituel d'infections (Hemolytic Uremic Syndrome & bloody diarrhea). Des prélèvements effectués sur les patients ont conduit au séquençage de la souche responsable : O104-H4 str. LB226692 (accession AFOB02).

Le but de cette séance est de comparer le génome de cette souche avec sa parente la plus proche, d'identifier les régions acquises par cette souche et d'y rechercher les gènes pouvant expliquer le phénotype des patients.

Une analyse phylogénomique a permis d'identifier la souche la plus proche : Escherichia coli 55989. (cf. sur le site PATRIC la phylogénie des E. coli).