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Revision as of 15:19, 31 January 2012

Ci-dessous une sélection de sites Internet locaux, nationaux, européens et internationaux très utiles en biologie et bioinformatique.

• Génopôle Toulouse
• EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
• NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
• Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
• PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
• Institut Pasteur

Apperçu des ressources disponibles

Allez sur le site du NCBI. Ce portail évolue plus ou moins souvent à mesure que les données et méthodes sont disponibles ainsi que les technologies Web.

Ce site regroupe des banques de données publiques (ex: banques de séquences nucléiques ou protéiques, banques de structures, ...), et mets à disposition des outils mettant en oeuvre des méthodes bioformatiques (recherche de séquences par similarité, ...). Nous allons dans un premier temps nous intéresser aux banques mises à disposition.

Cliquez directement sur Search pour atteindre le système Entrez qui permet de faire des recherches sur l'ensemble des banques. Parmi celles disponibles, remarquez les suivantes :

• PubMed etPubMed Central
• OMIM
• Nucleotide et EST
• Protein
• Genome
• Structure
• Taxonomy
• SNP
• CDD

A quoi correspondent ces banques ?

Recherche dans les banques via l'utilisation de mots-clés

Remarque : Lorsque plusieurs termes sont recherchés, il est possible de les combiner à l'aide des opérateurs booléens (AND, OR, NOT)

1°) Sur le serveur du NCBI, identifiez:

• toutes les séquences de l'oomycète Phytophthora (parasite de la pomme de terre), combien sont-elles ?
• les séquences protéiques de Phytophthora parasitica correspondant à des éliciteurs (molécules capables d'induire les réponses immunitaires chez les végétaux).

Pour cela utiliser soit directement ENTREZ, soit sur le site du NCBI sélectionnez les banques "protéines", puis l'option Advanced search et le bouton Preview, en précisant les champs, Organism, Title... à l'aide de l'outil Search builder et conjuguer vos requêtes. L'historique de vos requêtes est disponible dans la section History.

NB : L'utilisation de * permet de chercher une famille de mots. Par exemple, avec elicit*, vous pourrez trouver elicitor, elicitate, elicitin...

On s'intéresse maintenant à la séquence dont le numéro d'accession est CAA65843

Regardez la fiche de la séquence correspondante :

• comment s'organise cette fiche ?
• quel est le nom de cette protéine ?
• dans quel journal scientifique les travaux concernant cette protéine ont-ils été publiés ?
• sous quel numéro cette publication est-elle référencée dans PubMed ?
• de combien d'acides aminés est composée cette protéine ?
• cette protéine est-elle sécrétée ?