From silico.biotoul.fr

Revision as of 09:07, 1 February 2012

Ci-dessous une sélection de sites Internet locaux, nationaux, européens et internationaux très utiles en biologie et bioinformatique.

• Génopôle Toulouse
• EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
• NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
• Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
• PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
• Institut Pasteur

Apperçu des ressources disponibles

Allez sur le site du NCBI. Ce portail évolue plus ou moins souvent à mesure que les données et méthodes sont disponibles ainsi que les technologies Web.

Ce site regroupe des banques de données publiques (ex: banques de séquences nucléiques ou protéiques, banques de structures, ...), et mets à disposition des outils mettant en oeuvre des méthodes bioformatiques (recherche de séquences par similarité, ...). Nous allons dans un premier temps nous intéresser aux banques mises à disposition.

Cliquez directement sur Search pour atteindre le système Entrez qui permet de faire des recherches sur l'ensemble des banques. Parmi celles disponibles, remarquez les suivantes :

• PubMed etPubMed Central
• OMIM
• Nucleotide et EST
• Protein
• Genome
• Structure
• Taxonomy
• SNP
• CDD

A quoi correspondent ces banques ?

Recherche dans les banques via l'utilisation de mots-clés

Remarque : Lorsque plusieurs termes sont recherchés, il est possible de les combiner à l'aide des opérateurs booléens (AND, OR, NOT)

1°) Sur le serveur du NCBI, identifiez:

• toutes les séquences de l'oomycète Phytophthora (parasite de la pomme de terre), combien sont-elles ?
• les séquences protéiques de Phytophthora parasitica correspondant à des éliciteurs (molécules capables d'induire les réponses immunitaires chez les végétaux).

Pour cela utiliser soit directement ENTREZ, soit sur le site du NCBI sélectionnez les banques "protéines", puis l'option Advanced search et le bouton Preview, en précisant les champs, Organism, Title... à l'aide de l'outil Search builder et conjuguer vos requêtes. L'historique de vos requêtes est disponible dans la section History.

NB : L'utilisation de * permet de chercher une famille de mots. Par exemple, avec elicit*, vous pourrez trouver elicitor, elicitate, elicitin...

On s'intéresse maintenant à la séquence dont le numéro d'accession est CAA65843

Regardez la fiche de la séquence correspondante :

• comment s'organise cette fiche ?
• quel est le nom de cette protéine ?
• dans quel journal scientifique les travaux concernant cette protéine ont-ils été publiés ?
• sous quel numéro cette publication est-elle référencée dans PubMed ?
• de combien d'acides aminés est composée cette protéine ?
• cette protéine est-elle sécrétée ?

On s'intéresse maintenant aux références croisées, notées "db_xref" sur la fiche

• à quoi correspondent ces différentes références croisées ?
• quels domaines sont présent dans la protéine ?
• quel est la fonction du domaine "IPR00254" ? est-il spécifique des oomycètes/champignons ou tout autre espèce ?
• ce domaine est-il référencé dans d'autres banques de domaine ? Si oui, lesquelles et sous quelle nomenclature ?
• trouvez la fiche de la séquence nucléique codant pour cette protéine. Quelles différences observez vous par rapport à la fiche de la protéine ?

2°) Sur le serveur de l'EBI, trouvez SRS

2 types de recherche possible dans SRS, "Quick Search " et "Search"

Identifiez :

• en utilisant Quick Search, les séquences PROTEIQUES de Phytophthora
• en utilisant les onglets de SRS (Library Page puis Query Form puis Results), les séquences de Phytophthora codant des éliciteurs présentant une activité lectine, contenues dans la banque Uniprot/TrEMBL uniquement

On s'intéresse maintenant à O42830

• ouvrir la fiche TrEMBL de O42830 (Colonne Accession). Que constatez-vous par rapport à la fiche GenPept ? Utilisez notamment les liens Text entry, SwissEntry et UniProtXML.
• à quoi correspond le lien GO:0030248 ?

Recherche dans les banques via l'utilisation d'une séquence dont l'identifiant est connu

1°) Récupérez la séquence Q6Q475

• de quelle type de séquence s'agit-il ?
• à quel organisme appartient-elle ?
• quelle est la fonction de Q6Q475 ?
• dans quelle banque cette séquence est-elle déposée ?
• retrouvez cette séquence sur le site UniProt.
• retrouvez la séquence nucléique codant cette protéine.
• affichez la séquence au format FASTA.
• à l'aide des outils fournis dans la suite EMBOSS, faites une traduction automatique de la séquence nucléique en séquence protéique.
• faites l'opération inverse : de la séquence protéique à la séquence nucléique.
• comparez la séquence nucléique obtenue à l'étape précédente avec la séquence nucléique original. Observez-vous des différences ?

Quantité de données disponibles

• Trouvez le site Genomes Online Database. A partir de celui-ci, déterminez combien de génomes complets sont disponibles ; côté procaryote ? côté eucaryote ?
• A partir de ce que vous avez vu au cours de la séance, déterminez le nombre de séquences nucléiques actuellement disponibles ainsi que le nombre de séquences protéiques.
• Chaque année la revue scientifique Nucleic Acids Research édite un numéro spécial présentant une sélection de banques de données et met à disposition une base de données de banques de données ! Retrouvez combien de banques sont recensées.