InfoBio TD bioperl
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* les listes ou tableaux (ARRAY) utilisant la notation <tt>@</tt>. Par exemple <tt>@filenames = ['comE_sequences.fasta', 'comD_sequences.fasta']</tt>. Pour accéder à un élément, on utilise un indice : <tt>$filenames[3]</tt> pour le quatrième élément. | * les listes ou tableaux (ARRAY) utilisant la notation <tt>@</tt>. Par exemple <tt>@filenames = ['comE_sequences.fasta', 'comD_sequences.fasta']</tt>. Pour accéder à un élément, on utilise un indice : <tt>$filenames[3]</tt> pour le quatrième élément. | ||
- | * les tableaux associatifs (HASH) avec la notation <tt>%</tt>. Par exemple <tt>%gene_annotations = { 'comD'=>'sensor', 'comE'=>'response regulator' }</tt> ou bien <tt>%gene_annotations = [ 'comD', 'sensor', 'comE', 'response regulator']</tt>. | + | * les tableaux associatifs (HASH) avec la notation <tt>%</tt>. Par exemple <tt>%gene_annotations = { 'comD'=>'sensor', 'comE'=>'response regulator' }</tt> ou bien <tt>%gene_annotations = [ 'comD', 'sensor', 'comE', 'response regulator']</tt>. Pour accéder à un élément : <tt>$gene_annotation{'comD'}</tt>. |
Pour plus de détails, cf. http://perldoc.perl.org/perldata.html | Pour plus de détails, cf. http://perldoc.perl.org/perldata.html | ||
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Revision as of 15:45, 7 February 2012
L'objet du TD est de se familiariser avec le langage Perl et le module BioPerl.
Perl (pour Pratictal Extraction and Reporting Language) est un langage de programmation/script. Il met en oeuvre le paradigme de la programmation itérative.
Contents |
Types de données
- nombre entier
- nombre réels
- chaîne de caractères. Comme dans un script shell, dans une chaîne délimitée par des simples quote ' , les variables ne sont pas remplacées par leur valeur contrairement aux chaînes délimitées par des double quote ".
- descripteur de fichier
- référence (pointeur)
Structures de données
- les scalaires (SCALAR) utilisant la notation $. Par exemple $filename = 'sequences.fasta' contiendra typiquement le nom (ou chemin) d'un fichier.
- les listes ou tableaux (ARRAY) utilisant la notation @. Par exemple @filenames = ['comE_sequences.fasta', 'comD_sequences.fasta']. Pour accéder à un élément, on utilise un indice : $filenames[3] pour le quatrième élément.
- les tableaux associatifs (HASH) avec la notation %. Par exemple %gene_annotations = { 'comD'=>'sensor', 'comE'=>'response regulator' } ou bien %gene_annotations = [ 'comD', 'sensor', 'comE', 'response regulator']. Pour accéder à un élément : $gene_annotation{'comD'}.
Pour plus de détails, cf. http://perldoc.perl.org/perldata.html
Quelques fonctions essentielles
L'ensemble des fonctions disponibles : http://perldoc.perl.org/perlfunc.html#Perl-Functions-by-Category
Opérations sur les listes
Les listes peuvent se manipuler comme des piles (LIFO), files (FIFO) ou autres grâce aux opérations :
- $elem = pop @list; récupère (et supprime de la liste) le dernière élément
- push @list, $elem; opération duale de pop : ajoute l'élément en fin de liste
- $elem = shift @list; récupère (et supprime) le premier élément de la liste
- unshift @list, $elem dévinez !
- $nb_elem = scalar @list; interprète la liste dans un contexte scalaire ce qui correspond à récupérer le nombre d'éléments.