InfoBio TD bioperl
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Revision as of 15:36, 7 February 2012
L'objet du TD est de se familiariser avec le langage Perl et le module BioPerl.
Perl (pour Pratictal Extraction and Reporting Language) est un langage de programmation/script. Il met en oeuvre le paradigme de la programmation itérative.
Types de données
- nombre entier
- nombre réels
- chaîne de caractères. Comme dans un script shell, dans une chaîne délimitée par des simples quote ' , les variables ne sont pas remplacées par leur valeur contrairement aux chaînes délimitées par des double quote ".
- descripteur de fichier
- référence (pointeur)
Structures de données
- les scalaires (SCALAR) utilisant la notation $. Par exemple $filename = 'sequences.fasta' contiendra typiquement le nom (ou chemin) d'un fichier.
- les listes ou tableaux (ARRAY) utilisant la notation @. Par exemple @filenames = ['comE_sequences.fasta', 'comD_sequences.fasta']. Pour accéder à un élément, on utilise un indice : $filenames[3] pour le quatrième élément.
- les tableaux associatifs (HASH) avec la notation %. Par exemple %gene_annotations = { 'comD'=>'sensor', 'comE'=>'response regulator' } ou bien %gene_annotations = [ 'comD', 'sensor', 'comE', 'response regulator']. Pou accéder à un élément : $gene_annotation{'comD'}.
Pour plus de détails, cf. http://perldoc.perl.org/perldata.html
