InfoBio TD transcriptome

From silico.biotoul.fr

Revision as of 16:41, 17 February 2014 by Barriot (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Current revision (diff) | Newer revision → (diff)

Récupération des données à partir d'un entrepôt de données de transcriptome

Il existe plusieurs entrepôts de données pour les données de transcriptome. Les principaux sont Gene Expression Omnibus (GEO) du NCBI, ArrayExpress de l'EBI, ainsi que le Stanford Microarray Database (SMD). A partir de GEO du NCBI, retrouvez les données associées à la publication Affo et al. 2014.

Vous devriez trouver la série GSE28619. Lisez la page décrivant les données, puis téléchargez les données brutes (GSM709348..GSM709369) dans un répertoire que vous aurez créé pour vos analyses. Ensuite, décompressez ce fichier (soit avec les commandes tar/gunzip sous linux, soit avec un logiciel de compression/décompression tel que 7-Zip installé sur votre poste de travail.