Revision as of 07:31, 13 March 2012

Afin de créer la base de données qui s'appellera resistance, connectez vous sur le site http://localhost/phpMyAdmin

Il s'agit d'un serveur Web local (installé sur votre ordinateur). Le programme faisant office de serveur Web s'appelle Apache. Des pages Web dynamiques fournissent une interface Web de gestion de bases de données (phpMyAdmin) pour un serveur de bases de données MySQL.

Ces programmes sont open sources et/ou gratuits et peuvent être installés sur Windows, Linux ou MasOS. Il existe des projets les rassemblant et qui permettent donc une installation rapide pour les néophytes : http://www.wampserver.com pour Windows par exemple.

Création de la base de données

Pour commencer, il faut créer une nouvelle base de données. Pour cela, cliquez sur l'onglet Bases de données. Vous avez alors la possibilité de nommer cette nouvelle base et de cliquez sur le bouton Créer. Cette nouvelle base devrait ensuite s'afficher sur la gauche de la page avec les autres bases existantes (information_schema, mysql et test normalement).

Vous pouvez alors cliquer sur cette nouvelle base pour la sélectionner. Il devrait s'afficher une page vous proposant de créer une nouvelle table.

Si vous désirez supprimer une base, vous pouvez après l'avoir sélectionnée, aller dans l'onglet Opérations, et cliquez sur Supprimer la base de données.

Création de tables

Pour cela, il faut sélectionner une base de données. Puis, dans l'onglet Structure, indiquez le nom de la table ainsi que le nombre de colonnes. D'où l'importance de déterminer à l'avance le schéma de la base de données. Néanmoins, la plupart des systèmes de gestion de bases de données (SGBD) actuels autorisent la modification de la structure de la base (ajout, suppression, renommage de colonnes et autres).

Il va vous falloir créer les tables que vous avez déterminer pour l'étude de la résistance des plantes au microorganisme. Exemple avec la table recueillant les informations sur les lignées des plantes : organisme_pl, cette table a 7 colonnes qui sont les suivantes :

hapmap_id
lignee
population
pays
categorie
provenance_graines
statut

Cette table a été obtenue à partir du projet http://www.medicagohapmap.org/. Sur ce site, les données contenues dans la table sont sur la page http://www.medicagohapmap.org/public_germ_db/germplasm_db_report.php?1

Pour créer cette table, après avoir renseigner son nom et qu'elle comporte 7 colonnes, une fenêtre apparaît dans laquelle il faut donner le nom de chaque colonne ainsi que son type.

Il y a différents types disponibles. Les principaux sont les suivant :

nombre entier : INT
nombre réel : FLOAT
texte (sur une seule ligne = chaine de caractères de longueur variable) : VARCHAR(n) avec n la longueur maximale autorisée.
texte (sur plusieurs lignes) : TEXT
date (attention au format AAAA/MM/JJ) : DATE
date et heure : DATETIME
etc.

Déterminez le type des attributs et créez la table organisme_pl.

Une fois la table créée, il est encore possible de modifier sa structure. Pour cela, si besoin, il faut cliquer sur la table, puis sur l'onglet structure. Sut cette page, vous pouvez modifier le type d'un attribut, ainsi qu'ajouter ou supprimer des colonnes.

Sauvegarde et restauration d'une base de données

La sauvegarde (appelée souvent dump) se fait dans l'onglet Exporter. Selon que vous êtes sur la page de la base ou sur la page d'une table, l'export se fera soit de la base complète soit de la table sélectionnée.

L'export permet de sauvegarder une image de la structure et des données de la base, ce qui permet de la restaurer sur un autre serveur de base de données (ou le même).

Essayez donc en cliquant sur l'onglet Exporter avec les options par défaut. Enregistrez puis/ou visualisez le fichier avec un éditeur de texte. Il s'agit du langage SQL et des commandes permettant la création de(s) table(s) puis l'insertion des données qu'elles contiennent. Les principales commandes sont donc :

CREATE TABLE nom_de_la_table (nom_colonne type_colonne, ...
INSERT INTO nom_de_la_table (noms des colonnes concernées) VALUES (valeurs pour ces colonnes)

Maintenant que vous disposez d'une sauvegarde, vous pouvez supprimer votre base de données. Pour la suite du TP, vous allez travailler sur un dump contenant à la fois la [[Media:|structure]] (création des tables) et un [[Media:|sous-ensemble des données]] correspondant aux manips 12, 13 et 14.

Vous allez donc restaurer cette image en cliquant sur l'onglet Importer et en fournissant le fichier correspondant à la [[Media:|sauvegarde]].

Edition manuelle des données

Requêtes de consultation

Images et mesures associées à un accession
Trier sur le pourcentage de brunissement
Le nombre de racines secondaires par accession résistant (dont le pourcentage de brunissement est inférieur à 100%)
Distribution du poids des plantes résistantes inoculées
Afficher les plantes mortes qui ont leur cotylédons complètement jaunis.

@@ Line 45: / Line 45: @@
 = Sauvegarde et restauration d'une base de données =
+La sauvegarde (appelée souvent ''dump'') se fait dans l'onglet '''Exporter'''. Selon que vous êtes sur la page de la base ou sur la page d'une table, l'export se fera soit de la base complète soit de la table sélectionnée.
+L'export permet de sauvegarder une image de la structure et des données de la base, ce qui permet de la restaurer sur un autre serveur de base de données (ou le même).
+Essayez donc en cliquant sur l'onglet '''Exporter''' avec les options par défaut. Enregistrez puis/ou visualisez le fichier avec un éditeur de texte. Il s'agit du langage SQL et des commandes permettant la création de(s) table(s) puis l'insertion des données qu'elles contiennent. Les principales commandes sont donc :
+* CREATE TABLE nom_de_la_table (nom_colonne type_colonne, ...
+* INSERT INTO nom_de_la_table (noms des colonnes concernées) VALUES (valeurs pour ces colonnes)
+Maintenant que vous disposez d'une sauvegarde, vous pouvez supprimer votre base de données. Pour la suite du TP, vous allez travailler sur un dump contenant à la fois la [[Media:|structure]] (création des tables) et un [[Media:|sous-ensemble des données]] correspondant aux manips 12, 13 et 14.
+Vous allez donc restaurer cette image en cliquant sur l'onglet '''Importer''' et en fournissant le fichier correspondant à la [[Media:|sauvegarde]].
 = Edition manuelle des données =

L2 AADB TP BD Resistance

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