silico.biotoul.fr
 

M1 BBS Graphes TP Librairies R

From silico.biotoul.fr

Revision as of 09:36, 8 December 2017 by Barriot (Talk | contribs)
(diff) ← Older revision | Current revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search

Contents

Arbres

Il existe plusieurs librairies disponibles : ape, genoPlotR, ggtree, ... Celle choisie pour ce TP est ggtree.

ggtree

ggtree est une librairie R/Bioconductor pour la visualisation et l'annotation d'arbres phylogénétiques. Elle est basée sur ggplot2, une librairie pour faire des graphiques plus élaborés qu'avec la fonction plot de R, qu'il vous est conseillé d'expérimenter par vous-même.

Graphes

igraph

visNetwork