M1 MABS BBS BGPG TD GRNs - 2015
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Principe
- Calcul d'une matrice d'information mutuelle entre chaque paire de profils d'expression
- pour cela plusieurs estimateurs disponibles
- Inférence du réseau
- méthodes : CLR, ARACNe, et MRNET
- Evaluation du réseau obtenu par rapport à un jeu de référence
- courbes Precision-Recall et ROC
- Choix d'un seuil, extraction du graphe obtenu et visualisation sous Cytoscape
- Partitionnement du réseau et recherche de fonctions biologiques sur-représentées au sein des clusters
Données
- Récupérer les données sur http://m3d.bu.edu/norm/ (données d'expression du papier : E_coli_v3_Build_1_norm.tar.gz)
- RegulonDB du papier sur http://gardnerlab.bu.edu/data/PLoS_2007/data_and_validation.html
Librairie R
- Installer la librairie minet de Bioconductor