silico.biotoul.fr
 

M1 MABS BBS BGPG TD GRNs - 2015

From silico.biotoul.fr

Revision as of 22:22, 2 April 2012 by Barriot (Talk | contribs)
(diff) ← Older revision | Current revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search

Principe

  • Calcul d'une matrice d'information mutuelle entre chaque paire de profils d'expression
    • pour cela plusieurs estimateurs disponibles
  • Inférence du réseau
    • méthodes : CLR, ARACNe, et MRNET
  • Evaluation du réseau obtenu par rapport à un jeu de référence
    • courbes Precision-Recall et ROC
  • Choix d'un seuil, extraction du graphe obtenu et visualisation sous Cytoscape
  • Partitionnement du réseau et recherche de fonctions biologiques sur-représentées au sein des clusters

Données

Données de Large-Scale Mapping and Validation of Escherichia coli Transcriptional Regulation from a Compendium of Expression Profiles (2007) Faith et al.

  • Récupérer les données sur http://m3d.bu.edu/norm/ (données d'expression du papier : E_coli_v3_Build_1_norm.tar.gz)

Librairie R

  • Installer la librairie minet de Bioconductor
Retrieved from "http://silico.biotoul.fr/p/M1_MABS_BBS_BGPG_TD_GRNs_-_2015"