M1 MABS Graphes - Projets
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Revision as of 11:10, 12 March 2015
Bibliothèque Python
Une partie du projet consiste à terminer la bibliothèque python entamée au cours des TP.
La liste des méthodes à implémenter est la suivante :
- TP1: dfs, isAcyclic, topologicalSort
- TP2: bfs, BellmanFord, FloydWarshall, FloydWarshallPath, diameter
Une attention particulière sera portée à la qualité du code et de ses commentaires. Un script de tests/validations devra être fourni (ou bien intégré directement dans la bibliothèque).
Gene Ontology
La deuxième partie du projet consiste à étendre la bibliothèque python afin de fournir des utilitaires pour la Gene Ontology. Ses principales fonctionnalités seront :
- le chargement du graphe représentant la Gene Ontology
- le chargement des associations gene product - GO Term
Une fois ces étapes réalisées, les méthodes à implémenter sont :
- détermination du plus long chemin (hauteur de la hiérarchie)
- les gene products directement associés à un GO Term et inversement
- les gene products associés à un GO Term ou à un de ses descendants
- pour un gene product les GO Term associés (avec les termes ancêtres)
