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Bibliothèque Python

Une partie du projet consiste à terminer la bibliothèque python entamée au cours des TP.

La liste des méthodes à implémenter est la suivante :

• TP1: dfs, isAcyclic, topologicalSort
• TP2: bfs, BellmanFord, FloydWarshall, FloydWarshallPath, diameter

Une attention particulière sera portée à la qualité du code et de ses commentaires. Un script de tests/validations devra être fourni (ou bien intégré directement dans la bibliothèque).

Gene Ontology

La deuxième partie du projet consiste à étendre la bibliothèque python afin de fournir des utilitaires pour la Gene Ontology. Ses principales fonctionnalités seront :

• le chargement du graphe représentant la Gene Ontology
• le chargement des associations gene product - GO Term

Une fois ces étapes réalisées, les méthodes à implémenter sont :

• détermination du plus long chemin (hauteur de la hiérarchie)
• les gene products directement associés à un GO Term et inversement
• les gene products associés à un GO Term ou à un de ses descendants
• pour un gene product les GO Term associés (avec les termes ancêtres)

Chargement du graphe au format OBO (http://geneontology.org/GO.format.obo-1_2.shtml). tag à considérer : id, name, namespace, def, is_a, relationship ; ignorer les termes obsolete