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Données

Les données sur lesquelles vous allez travailler provienne de la base de données STRING v8.2. Tout d'abord, trouvez le site de STRING et visualisez les partenaires de wbbJ d'Escherichia coli K12-MG1655. Les "boutons" confidence, evidence et actions permettent de modifier le rendu du graphe d'interaction en affichant soit des arêtes de tailles reflétant le niveau de confiance du lien, soit des multi-arêtes indiquant les sources de données intervenant dans un lien, soit le type d'interaction. Le bouton more permet de récupérer davantage de protéines.

Visualisation avec Cytoscape

Cytoscape est un logiciel de visualisation et d'exploration de graphes. Il a été développé dans le cadre de graphes et réseaux biologiques. Un certain nombre de plugins ou greffons sont disponibles par exemple pour récupérer/télécharger des voies métaboliques (BioCyc) directement depuis Cytoscape.

format sif string experimental

layout

attributs node/edge annotation des gènes confidence

vizzmapper

selection

string coexpression merge

format table string selection

Parcours en profondeur d'un graphe

On rappelle l'algorithme récursif

dfs(UndirectedGraph g, Vertex v)
   mark(s)
   for each Neighbor n of v do
      if not marked(n) then
         dfs(g, n)

implémenter en python

procédure pour charger le graphe à partir du fichier au format table

def loadGraph(filename):
	UG = createGraph()
	# OPEN FILE
	with open(filename) as f: 
		# GET COLUMNS NAMES
		tmp = f.readline().rstrip()
		attNames= tmp.split('\t')
		# REMOVES FIRST TWO COLUMNS WHICH CORRESPONDS TO THE LABELS OF THE CONNECTED VERTICES
		attNames.pop(0)
		attNames.pop(0)
		# PROCESS THE REMAINING LINES
		row = f.readline().rstrip()
		while row:
			vals = row.split('\t')
			v1 = vals.pop(0)
			v2 = vals.pop(0)
			addNode(UG, v1)
			addNode(UG, v2)
			addEdge(UG, v1, v2, attNames, vals)
			row = f.readline().rstrip()
	return UG

besoin de récupérer les voisins d'un sommet