M1 MABS TDB TD Transcriptome - Analyse differentielle
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La cryopréservation est une méthode largement utilisée pour le stockage à long terme de nombreuses cellules vivantes. Cette méthode implique des traitements de congélation et de décongélation qui causent des dommages aux cellules vivantes, voire souvent, leur mort. Les puces à ADN permettent de mesurer les niveaux d'expression de milliers de gènes simultanément et de suivre les réponses biologiques à travers le niveau d'expression de presque tous les gènes de l'organisme. Nous allons analyser la réponse de cellules de levure après cryopréservation à partir de données de transcriptome publiées dans une étude de l'impact de la crypréservation sur la levure Odani et al. 2003.
Récupération des données à partir d'un entrepôt de données de transcriptome
Il existe plusieurs entrepôts de données pour les données de transcriptome. Les principaux sont Gene Expression Omnibus (GEO) du NCBI, ArrayExpress de l'EBI, ainsi que le Stanford Microarray Database (SMD). A partir de GEO du NCBI, retrouvez les données associées à la publication Odani et al. 2003.
Vous devriez trouver la série GSE9404. Lisez la page décrivant les données, puis téléchargez les données brutes (GSM239212..GSM239220) dans un répertoire que vous aurez créé pour vos analyses. Ensuite, décompressez ces fichiers (soit avec la commande gunzip sous linux, soit avec un logiciel de compression/décompression tel que 7-Zip.
