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Revision as of 05:48, 16 October 2020

Introduction et présentation des différentes approches d'intégration

Durée : 1/2 journée

• Approches et généralités

• Analyses préliminaires sur les données d'E. coli : ppi.vs.coexp.html

Modélisation, représentation et construction d'une base de connaissances sur E. coli puis exploitation

Durée : 1 journée

• Masses de données non structurées

• Prise en main de Neo4j et intégration des données sur le génome d'E. coli : Ecoli.knowledge.base.html
  • Intégration de données d'expression
  • Intégration de données d'interaction protéine-protéine
  • Intégration de données phylogénomiques
  • Gènes co-exprimés et interactions protéiques et lien de conservation du contexte génomique

• Recherche de caractéristiques sur-représentées
  • Intégration de données d'annotation et recherche d'annotations sur-représentées chez les gènes/protéines partageant un lien de coexpression/interaction/phylogénomique