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-	= BioMart =	+	= Introduction et présentation des différentes approches d'intégration =
-	* Premier pas	+	Durée : 1/2 journée
-	** Allez sur le site de l'EBI, puis sur BioMart pour récupérer les entrées du dataset ''Ensembl bacteria 14'' d'Escherichia coli K-12.	+
-	** Essayer différents filtres (ayant des termes GO, ou autre).	+
-	** Sélectionner certains attributs.	+
-	** Utiliser la fonctionnalité ''count'' puis ''results''.	+
		+	* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Generalites.pdf|Approches]] et généralités
		+	* Analyses préliminaires sur les données d'''E. coli'' : [https://silico.biotoul.fr/enseignement/m2bbs/idh/ppi.vs.coexp.html ppi.vs.coexp.html]
-	= Confrontation des données : approche ensembliste =	+	= Modélisation, représentation et construction d'une base de connaissances sur ''E. coli'' puis exploitation =
-	= Priorisation =	+	Durée : 1 journée
-	= Données =	+	* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - NoSQL.pdf|Masses de données non structurées]]
-	* [[Media:M2BBS-IDH-gene.tar.bz2]]	+
-	* [[Media:M2BBS-IDH-go.tar.bz2]]	+	* Prise en main de Neo4j et intégration des données sur le génome d'''E. coli'' : [https://silico.biotoul.fr/enseignement/m2bbs/idh/Ecoli.knowledge.base.html Ecoli.knowledge.base.html]
-	* [[Media:M2BBS-IDH-phyogenetic_profiles.tar.bz2]]	+	** Intégration de données d'expression
-	* [[Media:M2BBS-IDH-string.tar.bz2]]	+	** Intégration de données d'interaction protéine-protéine
-	* [[Media:M2BBS-IDH-transcriptome.BsubA.tar.bz2]]	+	** Intégration de données phylogénomiques
-	* [[Media:M2BBS-IDH-transcriptome.EcolA.tar.bz2]]	+	** Gènes co-exprimés et interactions protéiques et lien de conservation du contexte génomique
-	* [[Media:M2BBS-IDH-transcriptome.PaerA.tar.bz2]]	+
-	* [[Media:M2BBS-IDH-biocyc.tar.bz2]]	+	* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Enrichissement.pdf|Recherche de caractéristiques sur-représentées]]
		+	** Intégration de données d'annotation et recherche d'annotations sur-représentées chez les gènes/protéines partageant un lien de coexpression/interaction/phylogénomique

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Current revision as of 15:07, 27 August 2021

Introduction et présentation des différentes approches d'intégration

Durée : 1/2 journée

• Approches et généralités

• Analyses préliminaires sur les données d'E. coli : ppi.vs.coexp.html

Modélisation, représentation et construction d'une base de connaissances sur E. coli puis exploitation

Durée : 1 journée

• Masses de données non structurées

• Prise en main de Neo4j et intégration des données sur le génome d'E. coli : Ecoli.knowledge.base.html
  • Intégration de données d'expression
  • Intégration de données d'interaction protéine-protéine
  • Intégration de données phylogénomiques
  • Gènes co-exprimés et interactions protéiques et lien de conservation du contexte génomique

• Recherche de caractéristiques sur-représentées
  • Intégration de données d'annotation et recherche d'annotations sur-représentées chez les gènes/protéines partageant un lien de coexpression/interaction/phylogénomique