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| - | + | * Essayer différents filtres (ayant des termes GO, ou autre). | |
| - | + | * Sélectionner certains attributs. | |
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| + | * Aller sur le site de BioMart pour récupérer la dernière version. | ||
| + | * Suivre le manuel utilisateur : Quick start pour mettre à disposition un jeu de données distant depuis votre serveur. | ||
| + | == Ajout de source locale et édition de liens == | ||
| + | * Télécharger le jeu de données ''gene'' (à la fin de cette page). | ||
| + | * Créer une base de données MySql pour héberger les tables gene et strain, avec le schéma suivant : | ||
| + | ** gene(strain, gene, num, protein, start, end, function, uniprot) | ||
| + | ** strain(strain, taxonomy_id, name, species) | ||
| + | * Alimenter ces tables avec les données téléchargées | ||
| + | * Ajouter le dataset ''gene'' à votre serveur BioMart et créer un ''Access point'' correspondant | ||
| + | * Ajouter un lien entre ''gene'' et ''strain'' | ||
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Revision as of 10:31, 17 September 2012
Contents |
BioMart
Premier pas
- Allez sur le site de l'EBI, puis sur BioMart pour récupérer les entrées du dataset Ensembl bacteria 14 d'Escherichia coli K-12.
- Essayer différents filtres (ayant des termes GO, ou autre).
- Sélectionner certains attributs.
- Utiliser la fonctionnalité count puis results.
Installation locale
- Aller sur le site de BioMart pour récupérer la dernière version.
- Suivre le manuel utilisateur : Quick start pour mettre à disposition un jeu de données distant depuis votre serveur.
Ajout de source locale et édition de liens
- Télécharger le jeu de données gene (à la fin de cette page).
- Créer une base de données MySql pour héberger les tables gene et strain, avec le schéma suivant :
- gene(strain, gene, num, protein, start, end, function, uniprot)
- strain(strain, taxonomy_id, name, species)
- Alimenter ces tables avec les données téléchargées
- Ajouter le dataset gene à votre serveur BioMart et créer un Access point correspondant
- Ajouter un lien entre gene et strain
- Ajouter un lien entre gene.uniprot et le jeu de données distant unimart
