BioMart

Premier pas

Allez sur le site de l'EBI, puis sur BioMart pour récupérer les entrées du dataset Ensembl bacteria 14 d'Escherichia coli K-12.
Essayer différents filtres (ayant des termes GO, ou autre).
Sélectionner certains attributs.
Utiliser la fonctionnalité count puis results.

Aller sur le site de BioMart pour récupérer la dernière version.
Suivre le manuel utilisateur : Quick start pour mettre à disposition un jeu de données distant depuis votre serveur.

Télécharger le jeu de données gene (à la fin de cette page).
Créer une base de données MySql pour héberger les tables gene et strain, avec le schéma suivant :
- gene(strain, gene, num, protein, start, end, function, uniprot)
- strain(strain, taxonomy_id, name, species)
Alimenter ces tables avec les données téléchargées
Ajouter le dataset gene à votre serveur BioMart et créer un Access point correspondant
Ajouter un lien entre gene et strain
Ajouter un lien entre gene.uniprot et le jeu de données distant unimart