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Perl (pour Pratictal Extraction and Reporting Language) est un langage de programmation/script. Il met en oeuvre le paradigme de la programmation itérative.

Types de données

• nombre entier
• nombre réels
• chaîne de caractères. Comme dans un script shell, dans une chaîne délimitée par des simples quote ' , les variables ne sont pas remplacées par leur valeur contrairement aux chaînes délimitées par des double quote ".
• descripteur de fichier
• référence (pointeur)

Structures de données

• les scalaires (SCALAR) utilisant la notation $. Par exemple $filename = 'sequences.fasta' contiendra typiquement le nom (ou chemin) d'un fichier.
• les listes ou tableaux (ARRAY) utilisant la notation @. Par exemple @filenames = ['comE_sequences.fasta', 'comD_sequences.fasta']. Pour accéder à un élément, on utilise un indice : $filenames[3] pour le quatrième élément.
• les tableaux associatifs (HASH) avec la notation %. Par exemple %gene_annotations = { 'comD'=>'sensor', 'comE'=>'response regulator' } ou bien %gene_annotations = [ 'comD', 'sensor', 'comE', 'response regulator']. Pour accéder à un élément : $gene_annotation{'comD'}.

Pour plus de détails, cf. http://perldoc.perl.org/perldata.html

Quelques fonctions essentielles

L'ensemble des fonctions disponibles : http://perldoc.perl.org/perlfunc.html#Perl-Functions-by-Category

Opérations sur les listes

Les listes peuvent se manipuler comme des piles (LIFO), files (FIFO) ou autres grâce aux opérations :

• $elem = pop @list; récupère (et supprime de la liste) le dernière élément
• push @list, $elem; opération duale de pop : ajoute l'élément en fin de liste
• $elem = shift @list; récupère (et supprime) le premier élément de la liste
• unshift @list, $elem dévinez !
• $nb_elem = scalar @list; interprète la liste dans un contexte scalaire ce qui correspond à récupérer le nombre d'éléments.
• sort @list trie la liste par ordre lexicographique. Si l'on veut trier par ordre numérique croissant (11>2 alors que "11"<"2") il faut spécifier la routine de tri : sort {$a <=> $b} @list.
• itérations sur chaque éléments: foreach my $elm (@list) { print $elm; }

Opérations sur les tableaux associatifs

• @list = keys %hash;
• les clés triées : @list = sort keys %hash;
• les clés triées en fonction des valeurs en ordre numérique décroissant : @list = sort { $hash{$b} <=> $hash{$a} } keys %hash;

cf. http://perldoc.perl.org/functions/sort.html pour plus d'exemples de tri.

• les valeurs : @list = values %hash;

• itérations sur chaque élément : foreach my $key (keys %hash) { print $hash{$key}: }

• test de l'existence d'une clé : defined $hash{$key}

Quelques particularités

Certaines variables sont prédéfinies :

• $_ et @_ correspondent à la variable par défaut ou variable courante.

Exemple :

foreach (@list) {
   print $_;
}

• < > correspond au fichier passé en paramètre au script.

Exemple : lancement du script suivant avec la commande: sh> perl le_script.pl un_fichier_texte.txt