TD1 Genome Selection Plantes

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	* afficher la séquence au format fasta		* afficher la séquence au format fasta
	* cette séquence présente-t-elle des homologues ?		* cette séquence présente-t-elle des homologues ?
-	* indiquez les positions du domaine CBM1 (utiliser la fiche Uniprot	+	* indiquez les positions du domaine CBM1
-	* la structure 3D de cette protéine est elle connue, si oui quel est le numero d'accession de cette structure ?	+

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Revision as of 09:12, 28 September 2016

Introduction

Ce TD a pour but de vous familiariser avec la recherche d'informations scientifiques disponibles dans les banques de données biologiques ou encore de séquences (Database)

Ci-dessous une sélection des sites Internet qui vous seront nécessaires :

• Génopôle Toulouse
• EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
• NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
• Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
• PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
• Institut Pasteur
• Protein Data Bank (PDB)

Exercice 1 : Recherche dans les banques via l'utilisation de mots clés

Nous allons utiliser le moteur de recherche du NCBI nommé 'ENTREZ'

Sur le serveur du NCBI, identifiez:

• toutes les séquences de l'oomycète Phytophthora (parasite de la pomme de terre), combien sont-elles ?
• les séquences protéiques de Phytophthora parasitica pouvant interagir avec la cellulose

Pour cela sur le site du NCBI sélectionnez les banques "protéines", puis dans la barre de requête il est possible de combiner plusieurs termes à l'aide des opérateurs booléens (AND, OR, NOT) puis l'option Advanced (sous la barre de requête) et le bouton Preview, en précisant les champs, Organism, Title... à l'aide de l'outil Search builder et conjuguer vos requêtes. L'historique de vos requêtes est visible.

On s'intéresse maintenant à la séquence dont le numéro d'accession est CAA65843

Regardez la fiche de la séquence correspondante :

• comment s'organise cette fiche ? (format GenPept)
• quel est le nom de cette protéine ?
• quel le nombre d'acides aminés constituant cette protéine ?
• dans quel journal scientifique les travaux concernant cette protéine ont-ils été publiés ?
• sous quel numéro cette publication est-elle référencée dans PubMed ?

On s'intéresse maintenant aux références croisées, notées "db_xref" sur la fiche

• à quoi correspondent les différents liens croisées :

- db_xref="InterPro:IPR000177" - db_xref="GOA:O42830" - db_xref="UniProtKB/TrEMBL:O42830

• quels domaines protéiques sont présent dans la protéine ?
• quel est la fonction du domaine "IPR00254" ? est-il spécifique des oomycètes/champignons ou tout autre espèce ?
• ce domaine est-il référencé dans d'autres banques de domaine ? Si oui, lesquelles et sous quelle nomenclature ?

Exercice 2 : Recherche dans les banques via l'utilisation d'une séquence connue

Récupérez la séquence P07987

• de quelle type de séquence s'agit-il ?
• à quel organisme appartient-elle ?
• quelle est la fonction de P07987  ?
• dans quelle banque cette séquence est-elle déposée ?
• afficher la séquence au format fasta
• cette séquence présente-t-elle des homologues ?
• indiquez les positions du domaine CBM1