TD2 Bioanalyse
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| - | '''1/'''Essayer le logiciel dotpath avec la taille de fenêtre par défaut et en sélectionnant l'option 'Display the overlapping matches'. Essayer avec d'autres tailles de fenêtre. | + | '''1/'''Essayer le logiciel '''dotpath''' avec la taille de fenêtre par défaut et en sélectionnant l'option 'Display the overlapping matches'. Essayer avec d'autres tailles de fenêtre. |
'''2/''' En déselectionnant l'option 'Display the overlapping matches', vous demandez au logiciel de ne conserver que les fenêtres non chevauchantes. Observez le résultat avec 4 comme taille de fenêtre. | '''2/''' En déselectionnant l'option 'Display the overlapping matches', vous demandez au logiciel de ne conserver que les fenêtres non chevauchantes. Observez le résultat avec 4 comme taille de fenêtre. | ||
| - | '''3/''' Essayer le logiciel dotmatcher avec les paramètres par défaut. Faites varier le paramètre de seuil jusqu'à retrouver le résulat obtenu avec dotpath. Que constatez-vous ? | + | '''3/''' Essayer le logiciel '''dotmatcher''' avec les paramètres par défaut. Faites varier le paramètre de seuil jusqu'à retrouver le résulat obtenu avec dotpath. Que constatez-vous ? |
En fait la première séquence correspond à celle du gène de la rhodopsine chez Xenopus laevis et la seconde à celle de son ARNm. Combien le gène compte-t-il d'exons ? | En fait la première séquence correspond à celle du gène de la rhodopsine chez Xenopus laevis et la seconde à celle de son ARNm. Combien le gène compte-t-il d'exons ? | ||
| - | '''4/'''Réaliser maintenant un alignement global de ces 2 séquences avec needle (paramètres par défaut) : proposez un découpage en exons/introns de la séquence Xlev_Rhodop1. | + | '''4/'''Réaliser maintenant un alignement global de ces 2 séquences avec '''needle''' (paramètres par défaut) : proposez un découpage en exons/introns de la séquence Xlev_Rhodop1. |
'''5/'''Comparer ce découpage avec l'annotation de la séquence en la recherchant sur le site du [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI] | '''5/'''Comparer ce découpage avec l'annotation de la séquence en la recherchant sur le site du [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI] | ||
Revision as of 09:12, 10 September 2016
OBJECTIFS DU TP
Savoir faire et interpréter un dotplot pour comparer rapidement 2 séquences Comprendre les différences entre les méthodes d'alignement : local et global, semi-global Confronter les résultats d'alignement aux annotations
Pour tous les exercices, nous utiliserons la suite "EMBOSS". Cette suite logicielle est disponible sur plusieurs serveurs. Nous utiliserons la version mise à disposition par la Genopole de Toulouse sur ce site
EXERCICE 1 : comparaison de 2 séquences d'ADN
Nous allons utiliser deux logiciels pour effectuer les dotplot.
- dotpath permet de dessiner un dotplot avec une taille de mot fixée.
- dotmatcher permet de filtrer les fenêtres avec un seuil.
Récupérez les deux séquences Xlev_Rhodop1 et Xlev_Rhodop2.seq
1/Essayer le logiciel dotpath avec la taille de fenêtre par défaut et en sélectionnant l'option 'Display the overlapping matches'. Essayer avec d'autres tailles de fenêtre.
2/ En déselectionnant l'option 'Display the overlapping matches', vous demandez au logiciel de ne conserver que les fenêtres non chevauchantes. Observez le résultat avec 4 comme taille de fenêtre.
3/ Essayer le logiciel dotmatcher avec les paramètres par défaut. Faites varier le paramètre de seuil jusqu'à retrouver le résulat obtenu avec dotpath. Que constatez-vous ?
En fait la première séquence correspond à celle du gène de la rhodopsine chez Xenopus laevis et la seconde à celle de son ARNm. Combien le gène compte-t-il d'exons ?
4/Réaliser maintenant un alignement global de ces 2 séquences avec needle (paramètres par défaut) : proposez un découpage en exons/introns de la séquence Xlev_Rhodop1. 5/Comparer ce découpage avec l'annotation de la séquence en la recherchant sur le site du NCBI
