TD2 Bioanalyse
From silico.biotoul.fr
OBJECTIFS DU TP
Savoir faire et interpréter un dotplot pour comparer rapidement 2 séquences Comprendre les différences entre les méthodes d'alignement : local et global, semi-global Confronter les résultats d'alignement aux annotations
Pour tous les exercices, nous utiliserons la suite "EMBOSS". Cette suite logicielle est disponible sur plusieurs serveurs. Nous utiliserons la version mise à disposition par la Genopole de Toulouse sur ce site
EXERCICE 1 : comparaison de 2 séquences d'ADN
Nous allons utiliser deux logiciels pour effectuer les dotplot.
- dotpath permet de dessiner un dotplot avec une taille de mot fixée.
- dotmatcher permet de filtrer les fenêtres avec un seuil.
Récupérez les deux séquences Xlev_Rhodop1 et Xlev_Rhodop2.
1/Essayer le logiciel dotpath avec la taille de fenêtre par défaut et en sélectionnant l'option 'Display the overlapping matches'. Essayer avec d'autres tailles de fenêtre.
2/ En déselectionnant l'option 'Display the overlapping matches', vous demandez au logiciel de ne conserver que les fenêtres non chevauchantes. Observez le résultat avec 4 comme taille de fenêtre.
3/ Essayer le logiciel dotmatcher avec les paramètres par défaut. Faites varier le paramètre de seuil jusqu'à retrouver le résulat obtenu avec dotpath. Que constatez-vous ?
