TP1 Bioanalyse
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*Dans quels processus intervient cette protéine ? Cliquer sur des liens de la '''GO''' et regarder '''Ancestor Chart''' | *Dans quels processus intervient cette protéine ? Cliquer sur des liens de la '''GO''' et regarder '''Ancestor Chart''' | ||
*Regarder dans ''''Cross-references'''' : combien de liens vers des séquences génomiques ? Combien vers des ARNm ? | *Regarder dans ''''Cross-references'''' : combien de liens vers des séquences génomiques ? Combien vers des ARNm ? | ||
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| + | Revenir sur Uniprot et afficher le format '''UniProtKB''' en cliquant sur Format => Onglet 'Text' en haut de la page | ||
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*Cliquer sur Protein : la séquence est ici au format GenPept | *Cliquer sur Protein : la séquence est ici au format GenPept | ||
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Revision as of 16:12, 6 January 2021
OBJECTIFS
- Etre capable de retrouver une séquence dont on connait le numéro d'accession dans sa banque - Savoir comment s'organisent les fiches des séquences, et où y chercher les informations - Etre capable de trouver une ou des séquences à l'aide de mots clés ciblant des champs spécifiques - Naviguer entre les banques, changer de format, télécharger des séquences - Utiliser quelques outils de bioanalyse pour répondre à une question biologique
EXERCICE 1 : Accéder à une séquence dans les banques via son numéro d'accession
1/ Allez sur le site d' UniProt
- Où êtes-vous localisés ? Qu'est-ce que Uniprot ?
- Combien de séquences sont référencées dans la section SwissProt de UniProt ? dans la section TrEMBL de UniProt?
Chercher la séquence P01308 dans Uniprot
- De quelle protéine s'agit-il ? chez quel organisme ?
- Quelle est la taille de cette séquence ?
- Que sont les "VARIANT" ?
- Y a-t-il des preuves expérimentales de l'existence de cette protéine ?
- Est-elle dans UniProt-trEMBL ou UniProt-SwissProt ?
- Dans quels processus intervient cette protéine ? Cliquer sur des liens de la GO et regarder Ancestor Chart
- Regarder dans 'Cross-references' : combien de liens vers des séquences génomiques ? Combien vers des ARNm ?
Cliquer sur AY138590 => puis à droite View => EMBL : combien d'exons composent ce gène ? combien constituent la séquence codante ?
Revenir sur Uniprot et afficher le format UniProtKB en cliquant sur Format => Onglet 'Text' en haut de la page
2/ Sur le site du NCBI : chercher (via ENTREZ) la même séquence.
- Quels sont les résultats ?
- Cliquer sur Protein : la séquence est ici au format GenPept
