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Revision as of 16:13, 6 January 2021

OBJECTIFS

 - Etre capable de retrouver une séquence dont on connait le numéro d'accession dans sa banque
 - Savoir comment s'organisent les fiches des séquences, et où y chercher les informations
 - Etre capable de trouver une ou des séquences à l'aide de mots clés ciblant des champs spécifiques
 - Naviguer entre les banques, changer de format, télécharger des séquences
 - Utiliser quelques outils de bioanalyse pour répondre à une question biologique

EXERCICE 1 : Rechercher une séquence dans les banques via son numéro d'accession

1/ Allez sur le site d' UniProt

• Où êtes-vous localisés ? Qu'est-ce que Uniprot ?
• Combien de séquences sont référencées dans la section SwissProt de UniProt ? dans la section TrEMBL de UniProt?

Chercher la séquence P01308 dans Uniprot

• De quelle protéine s'agit-il ? chez quel organisme ?
• Quelle est la taille de cette séquence ?
• Que sont les "VARIANT" ?
• Y a-t-il des preuves expérimentales de l'existence de cette protéine ?
• Est-elle dans UniProt-trEMBL ou UniProt-SwissProt ?
• Dans quels processus intervient cette protéine ? Cliquer sur des liens de la GO et regarder Ancestor Chart
• Regarder dans 'Cross-references' : combien de liens vers des séquences génomiques ? Combien vers des ARNm ?

Cliquer sur AY138590 => puis à droite View => EMBL : combien d'exons composent ce gène ? combien constituent la séquence codante ?

Revenir sur Uniprot et afficher le format UniProtKB en cliquant sur Format => Onglet 'Text' en haut de la page

2/ Sur le site du NCBI : chercher (via ENTREZ) la même séquence.

• Quels sont les résultats ?
• Cliquer sur Protein : la séquence est ici au format GenPept