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OBJECTIFS

 - Etre capable de retrouver une séquence dont on connait le numéro d'accession dans sa banque
 - Savoir comment s'organisent les fiches des séquences, et où y chercher les informations
 - Etre capable de trouver une ou des séquences à l'aide de mots clés ciblant des champs spécifiques
 - Naviguer entre les banques, changer de format, télécharger des séquences
 - Utiliser quelques outils de bioanalyse pour répondre à une question biologique

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EXERCICE 1 : Accéder à une séquence prédéfinie dans les banques

1/ Aller sur le site d' UniProt : chercher la séquence P01308.

• De quelle protéine s'agit-il ? chez quel organisme ?
• Quelle est la taille de cette séquence ?
• Que sont les "VARIANT" ?
• Y a-t-il des preuves expérimentales de l'existence de cette protéine ?
• Est-elle dans UniProt-trEMBL ou UniProt-SwissProt ?
• Dans quels processus intervient cette protéine ? Cliquer sur des liens de la GO et regarder Ancestor Chart
• Regarder dans 'Cross-references' : combien de liens vers des séquences génomiques ? Combien vers des ARNm ?

Cliquer sur AY138590 > puis à droite View > EMBL : combien d'exons composent ce gène ? combien constituent la séquence codante ?

Faire afficher le format UniProtKB en cliquant sur Format => Text en haut de la page

2/ Sur le site du NCBI : chercher (via ENTREZ) la même séquence.

• Quels sont les résultats ?
• Cliquer sur Protein : la séquence est ici au format GenPept
• Revenez aux résultats et cliquer sur Gene : regarder l'entrée INS, en particulier la partie NCBI Reference Sequences : combien de variants d'épissage ? et dans Related Sequences : combien d'ARNm ?
• Regarder la séquence génomique RefSeq NG_007114 (format Genbank) : combien d'exons composent ce gène ? combien constituent la séquence codante ?