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Atelier Phylogénomique Blast

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Préliminaires

Question 1.5:
Selon vous qu'est-ce qui guide le choix du type de séquences à utiliser dans les comparaisons (peptides ou nucléotidiques)?

Blast All-All

Nous allons utiliser NCBI_Blast+.

Nous allons copier les fichiers peptides dans un répertoire de travail:

mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/peptide
cp ~/work/Prochlorococcus/prokka/Aaa*/*.faa ~/work/Prochlorococcus/peptide/.

ls -l ~/work/Prochlorococcus/peptide

make blast database

Exemple:

search_module blast

module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot

Vous allez procéder comme précédemment, avec un script donné à sarray, pour réaliser le makeblastdb sur tous les fichiers.

MSK

Paire de genomes

mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP

Exemple :

module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l blastp -query ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -db ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -seg yes -dbsize 100000000 -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 1 -out ~/work/Prochlorococcus/BlastP/Aaaa_Aaaa.tab
Question 1.6:
Explicitez et justifiez les paramètres de blast utilisés dans votre script.

Boucle sur les génomes

Utilisez sarray pour réaliser les blast en toutes les paires de génomes.

MSK vérifiez que les fichiers de sorties de blast sont présents et non vides.

Question 1.7:
Combien de fichiers attendez-vous?