silico.biotoul.fr
 

M2BBS - Atelier Système

From silico.biotoul.fr

Jump to: navigation, search

Contents

Objectifs

  • Installation et configuration d'un système linux (partitionnement de disque, bootloader, configuration réseau, ...)
  • Installation et configuration de logiciels (via un gestionnaire, via une procédure propriétaire, via configure/make/make test/make install)
  • Installation et configuration de services (serveurs Web, bases de données)
  • Sauvegarde/restauration d'un système ou de données
  • Installation et configuration d'un cluster

Distributions linux populaires :

Principales étapes d'une installation typique :

  • récupération d'un live cd ou usb
  • gravure ou préparation du live media
  • démarrage du système depuis ce live media
  • procédure d'installation sur la machine. En général, les paramètres sont réduits au minimum pour faciliter l'adoption du système mais nous verrons que l'on peut organiser l'espace disque, la configuration réseau et les logiciels installés.
  • redémarrage du système
  • SELinux (Security Enhanced Linux)
  • installation des dernières mises à jour

1er jour (8h) : liveCD, configuration réseau, partionnement de disque, installation sur HD, mises à jour, ..., service httpd/mysql/php.


Lien : commandes linux Linux_tips (pour travail en dehors de cet atelier)

Démarrage du liveCD/DVD

Création LiveCD
Pour l'année 2019-20, il s'agit de Fedora core 29 64bits (https://dl.fedoraproject.org/pub/fedora/linux/releases/29/). La dernière est la 30 mais avec la version la plus récente, il y a parfois certains logiciels qui ne s'installent pas. Pour créer un tel CD/DVD, il faut télécharger son image : un fichier .iso correspondant à l'image d'un disque (CD ou support physique) ou d'une partition au format iso9660 contenant tout le système de fichiers. Pour le graver sur un CD (ou DVD), il faut utiliser un logiciel qui permet de graver une image (burn ISO ou burn disc image) tel que Brasero sous GNOME apparemment il existe sur Windows depuis le 7 un outil qui permet de faire ça et, sinon, il en existe des gratuits.

Remarque : Il se peut que l'ordinateur démarre à partir du disque dur. Pour booter depuis le CD, il faut parfois accéder au menu de boot. On y accède le plus souvent avec la touche Esc, F2, F8, F9, F10, F12 ou delete/suppr (dépend de chaque ordi). On obtient alors soit le menu de démarrage soit le paramétrage du BIOS.

Création d'une LiveUSBKey
Il est aussi possible de créer une clé (ou disque) USB. Cela a l'avantage d'être plus rapide (à créer et pour installer le système). Par contre, cela modifie les partitions du support et pour les clés USB, cela les détériore parfois : elles ne fonctionnent plus sur un ou plusieurs ordinateurs, voire aucun et il est difficile voire impossible de les réparer.

Creating and using live USB

Différentes méthodes sont donc disponibles. En général, elles correspondent à englober la copie brute de l'image ISO sur la clé comme suit :
ATTENTION, cette opération peut tout casser et engendrer la perte de toutes les données d'un disque. Il faut bien identifier à quel périphérique correspond la clé usb sur laquelle on restaure l'image, ici c'est /dev/sdX.

dd if=Fedora-Cinnamon-Live-x86_64-29-1.2.iso of=/dev/sdX bs=8M status=progress oflag=direct

Fichier sur silico : Fedora-Cinnamon-Live-x86_64-29-1.2.iso

Démarrer le PC avec la liveUSBKey
Avant de procéder à l'installation, on peut explorer les fonctionnalités offertes par le liveCD. Il s'agit d'un vrai système linux et permet notamment de réparer un système défectueux (par exemple, réinstaller le bootloader, modifier le montage des partitions, ...).

La première chose à faire est de passer en clavier français. On peut faire ça à partir de l'interface graphique, ou bien taper la commande

# en mode graphique (server X = runlevel 5)
setxkbmap fr
# en mode texte (= runlevel 3)
loadkeys fr
  • Déterminer les partitions du disque dur (normalement /dev/sda).
  • s'il y en a, et qu'elles ne sont pas montées, monter (commande mount) dans des répertoires dans /mnt (à créer, par exemple /mnt/sda1) pour explorer les systèmes de fichiers qu'elles contiennent.
  • exercices :
    • création, formatage, montage, démontage, suppression de partitions aux différents formats et notions de LVM
    • configuration manuelle du réseau

Séquence de démarrage

A détailler ici, anciennement :

  • vérification des composants matériels (CPU, mémoire, cartes d'extension, ...) ; étape typiquement matérielle (hardware, circuits électroniques) mais avec certaines parties pouvant être mises à jour (firmware).
  • recherche d'un périphérique (réseau, partition d'un disque dur ou CD ou USB) pour passer la main à une séquence de démarrage (bootloader) qui passera la main au système d'exploitation (software).

Cette recherche peut aujourd'hui s'effectuer selon deux modes : legacy (à l'ancienne ; un seul bootloader stocké dans le master boot record ou MBR ce qui peut poser des problèmes notamment pour le multi-boot) ou UEFI (la plus récente qui peut gérer plusieurs bootlaoders).

UEFI pour Unified Extensible Firmware Interface a été développé pour proposer plus de souplesse, de modularité et de fonctionnalités dans la configuration et l'utilisation matérielle de l'ordinateur.

Tous les PC (de la salle) ne supportent pas les 2 et certains systèmes (notamment windows10, à vérifier) ne s'installent que sur l'un ou l'autre mode selon le format (msdos ou standard pour legacy, et msdos et gpt pour UEFI) de la table de partitions du disque.

Si les 2 sont disponibles sur une machine, il est apparemment conseillé de préférer UEFI (cf. discussion ici).

Il existe donc différents bootloaders selon les OS (windows, linux, mac) voire pour le même OS. Pour linux, le plus répandu maintenant est grub2 (cf. ici pour une description détaillée). En gros, le démarrage se fait en 2 étapes :

  • chargement d'un petit noyau (kernel) temporaire avec des pilotes (drivers) permettant de "voir" le matériel et éventuellement proposer un menu de démarrage (avec plusieurs autres noyaux différents). Selon le noyau choisi, il va lui passer la main et puis :
  • démarrage d'un service (systemd) qui va se charger du reste : montage des partitions, démarrage de tous les services, connexions réseaux, affichage graphique, authentification, bureau (desktop environment), ...

Remarque : une fois le mode (UEFI ou legacy) choisi, il n'est pas possible d'installer le système pour qu'il démarre dans l'autre mode.

Installation du système

Après avoir démarré le liveCD, il suffit de lancer l'assistant d'installation. Choisissez la langue pour l’assistant, le clavier ; régler la date et l'heure.

Configuration réseau

Pour le protocole IPv4, il faut obtenir une adresse IP valide. Ceci se fait le plus souvent via le protocole DHCP, ou bien manuellement.

Principe du DHCP : au démarrage du système (ou bien lorsque le câble réseau est branché), l'ordinateur demande à un serveur DHCP sur le réseau de lui attribuer une IP disponible et de lui fournir certains paramètres comme la passerelle (gateway), le masque de sous-réseau (netmask) et le(s) serveur(s) de noms (DNS).

Il n'y a pas de serveur DHCP configuré pour la P0. Entrez donc l'IP en fonction de la machine que vous utilisez.

Les plages d'adresses IP réservées pour la P0 sont les suivantes :

  • 195.220.42.2 à 25 mais la 3 est utilisée ailleurs
  • 195.220.42.131 à 146

Les paramètres sont les mêmes pour tout le monde :

subnet mask: 255.255.255.0
gateway: 195.220.42.1
DNS1: 64.6.64.6
DNS2: 64.6.65.6

Il semblerait que les deux DNS de la fac fonctionnent mal. Depuis la rentrée 2015, il vous est proposé d'utiliser les DNS de VerySign 64.6.64.6,64.6.65.6

A ajouter au fichier /etc/hosts ;

195.220.42.2 pc2 bbs18A intervenant enseignant
195.220.42.131 printer HPLaserJetM425dn.p0
195.220.42.146 router
195.220.42.4 pc4   pc4.p0  bbs12E
195.220.42.5 pc5   pc5.p0  bbs19A
195.220.42.6 pc6   pc6.p0  bbs15A
195.220.42.7 pc7   pc7.p0  bbs14A
195.220.42.8 pc8   pc8.p0  bbs18B
195.220.42.9 pc9   pc9.p0  bbs12A
195.220.42.10 pc10 pc10.p0 bbs14B
195.220.42.11 pc11 pc11.p0 bbs12F
195.220.42.12 pc12 pc12.p0 bbs15B
195.220.42.13 pc13 pc13.p0 bbs15C
195.220.42.14 pc14 pc14.p0 bbs19B
195.220.42.15 pc15 pc15.p0 bbs12H
195.220.42.16 pc16 pc16.p0 bbs12C
195.220.42.17 pc17 pc17.p0 bbs19C
195.220.42.18 pc18 pc18.p0 bbs14C
195.220.42.19 pc19 pc19.p0 bbs12K
195.220.42.20 pc20 pc20.p0 bbs12G
195.220.42.21 pc21 pc21.p0 bbs12B


Pour déterminer l'adresse de votre machine, il vous faudra vous situer dans la salle. Par exemple, pour celui ou celle qui est à la place 20, l'adresse IP est 195.220.42.20

     fenêtres           fenêtres             fenêtres
  /--------\   /--------\                        /--------\   /--------\
  |        |   |        |                        |        |   |        |    /-------------\
  |  7 12E |   | 11 12F |                        | 15 12H |   | 19 12K |    |             |
  |        |   |        |     /------------------|        |   |        |    | 131 printer |
  |  6 19A |   | 10 14B |     |                  | 14 19B |   | 18 14C |    |             |
  |        |   |        |     | 21 12B    20 12G |        |   |        |    |             | 
e |  5 15A |   |  9 12A |     |                  | 13 15C |   | 17 19C |    | 146 router  |
n |        |   |        |     |      2 18A       |        |   |        |    |             | 
t |  4 14A |   |  8 18B |     \------------------| 12 15B |   | 16 12C |    \-------------/
r |        |   |        |                        |        |   |        |
é \--------/   \--------/                        \--------/   \--------/
e                      tableau


Commandes et fichiers :

ifconfig hostname nslookup getent ifup ifdown whois
/etc/sysconfig/network /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-INTERFACE /etc/hosts /etc/resolve.conf

Partitionnement du/des disque(s)

Sujet déjà évoqué dans Linux tips - fs & partitions

Pour stocker des données sur un disque, celui-ci doit d'abord être partitionné. Puis, une partition formatée (création du système de fichiers), et ensuite la partition doit être montée en un point du système de fichier.

Les disques se trouvent en général dans /dev/sdX ; X étant une lettre, a pour le premier disque, b pour le second, ... et les partitions dans /dev/sdaX ; X étant le n° de partition, 1 pour la première, etc.

Le choix du partitionnement du disque est peut-être l'étape la plus délicate pour les néophytes. Il se fait très tôt (à l'installation) mais peut être modifié par la suite. Cela reste une opération sensible car il existe toujours un risque de perdre les données d'une partition voire le système complet.

Pour la taille des différentes partitions, cela dépend de la distribution linux. Le mieux est de se référer aux recommandations habituellement trouvées dans le guide d'administration. Par exemple pour fedora18, il est recommandé de créer au moins 4 partitions : http://docs.fedoraproject.org/en-US/Fedora/18/html/Installation_Guide/s2-diskpartrecommend-x86.html

  • swap partition
  • /boot partition
  • / partition
  • /home partition

La partition /boot est souvent à part et contient les fichiers nécessaires aux toutes premières étapes de démarrage du système. C'est donc en général une partition primaire au format ext. Les autres peuvent être des partition primaires/étendues ou bien gérées par LVM.

Il est en général judicieux d'avoir une partition séparée pour /home qui contient les répertoires utilisateurs. En effet, lors d'une réinstallation du système, il est courant de formater la partition / ce qui aurait pour effet d'effacer toutes les données utilisateurs si elles ne sont pas sur une autre partition.

Pour aujourd'hui, on utilisera le paramétrage suivant pour UEFI :

  • 1: laisser la partition EFI existante (la première) ou bien la créer, et la monter sur /boot/efi
  • 1bis: s'il y a une deuxième partition nommée OS de type FAT/Microsoft Reserved, ne pas y toucher
  • 2: 1GB ext4 /boot
  • 3: 75GB ext4 /
  • 4: 4Gb swap (pour pouvoir suspendre/hiberner la machine, il est recommandé 1.5 fois la RAM)
  • 5: 25GB ext4 /var
  • 6: 20GB ext4 /mnt/other au cas où l'on veuille y installer une autre distribution
  • 7: ce qui reste pour /home


Pour aujourd'hui, on utilisera le paramétrage suivant pour legacy :

  • 1: 1GB ext4 /boot
  • 2: 75GB ext4 /
  • 3: 4Gb swap (pour pouvoir suspendre/hiberner la machine, il est recommandé 1.5 fois la RAM)
  • 4: 25GB ext4 /var
  • 5: 20GB ext4 /mnt/other au cas où l'on veuille y installer une autre distribution
  • 6: ce qui reste pour /home

Commandes et fichiers :

lsblk fdisk parted gparted gnome-disks palimpsest: affichage et manipulation des partitions
mkfs[.ext4|.ext3|.ext2|.ntfs|...]: formatage
resize2fs resizepart: redimensionner une partition
pvdisplay pvcreate vgdisplay vgcreate lvdisplay lvcreate: commandes pour LVM (pv: physical volume, vg: volumegroup, lv: logical volume)
mount umount: montage/démontage d'une partition sur un répertoire
/etc/fstab: montage des partitions au démarrage
/etc/mtab /proc/partitions: table de partitions actives
/dev/sd* /dev/hd* /dev/sr* /dev/mapper/* /dev/disk/: périphériques de stockages

Notamment

lsblk -o NAME,SIZE,FSTYPE,LABEL,MOUNTPOINT,UUID,MODEL,SERIAL,STATE,TYPE

Documentation

https://semestriel.framapad.org/p/P02019installPC

ou le créer à partir de https://framapad.org/

gestionnaire de paquets

A partir d'une ou plusieurs sources, ils permettent d'installer et de maintenir à jour le système et les logiciels installés.

  • dnf (fedora >= 22)
  • yum (fedora <22, centos)
  • rpm
  • apt (ubuntu)

dnf et yum peuvent être utilisés en parallèle mais mieux vaut n'en utiliser qu'un http://dnf.readthedocs.io/en/latest/user_faq.html

dnf

Quand on connait le nom. Affichage de la disponibilité (et de la version) : Exemple avec les paquets de développement du noyau (nécessaires pour compiler certains logiciels)

dnf list kernel-devel
  • Si il apparaît dans Installed Packages : rien à faire à moins qu'il y ait une version plus récente :
dnf upgrade kernel-devel
  • Si il apparaît dans Available Packages :
dnf install kernel-devel


Quand on ne connaît pas le nom du paquet : search. Cela a pour effet de chercher dans la description.

dnf search apache

Pour obtenir la description :

dnf info httpd

Pour chercher quels paquets contiennent un fichier donné :

dnf provides */sbin/httpd

Pour fedora avant la 22 et CentOS, c'est exactement la même chose mais avec yum, exemple :

yum list kernel-devel

Afficher le contenu d'un rpm

rpm -qpl http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm

Ajout des dépôts de RPM fusion :

 $root dnf install http://download1.rpmfusion.org/free/fedora/rpmfusion-free-release-$(rpm -E %fedora).noarch.rpm http://download1.rpmfusion.org/nonfree/fedora/rpmfusion-nonfree-release-$(rpm -E %fedora).noarch.rpm

Installation des dernières mises à jour

Lors d'une installation via LiveCD/DVD/USB, il est recommandé de faire les mises à jour après installation du systèmes (puis régulièrement).

Avec les systèmes RedHat (CentOs, fedora, RHEL, ...), ceci est géré avec les RPM (RedHat Package Manager) et les logiciels package-kit/software et les utilitaires rpm/yum/dnf :

$root dnf list upgrades
$root dnf upgrade

SELinux

SELinux (pour Security Enhanced Linux) permet de renforcer la sécurité. En pratique, il bloque souvent des accès et peut être déroutant lors de la configuration/installation de la machine. Par exemple à une époque (à vérifier aujourd'hui), il bloquait les connexions de apache vers mysql (pour un site web dynamique php qui se connectait à une base de données) et la cause de l'impossibilité de connexion a mis du temps à être décelée.

Pour le désactiver :

$root vi /etc/selinux/config

Remplacer :

SELINUX=enforcing

par :

SELINUX=disabled

Sauvegarder et quitter (<Esc>:wq<Enter> dans vi)

Puis redémarrer la machine.

Variables d'environnement

Le sccript ~/.bashrc est chargé par tout processus bash à son démarrage. Cela permet de personnaliser certaines choses comme par exemple

  • la variable PATH qui contient une liste de répertoires où sont recherchées les commandes
  • les alias qui permettent de définir des commandes en raccourcis d'autres

Pour afficher le contenu d'une variable d'environnement :

echo $PATH

Pour le modifier :

PATH=$PATH:~/bin

Ajouter ~/bin à la variable d'environnement PATH dans .bashrc (vi ~/.bashrc) si ce répertoire n'était pas déjà présent dans la variable PATH.

Ajouter un alias, par exemple :

alias l='ls -lh'



Installation d'autres logiciels

Liste à installer :

tilda 

gparted

kernel-devel

geany geany-plugins-spellcheck

htop glances iotop iftop atop sysstat lshw

wget telnet firewall-config chromium

libreoffice xournal

filezilla

gimp krita inkscape vlc

gcc automake autoconf

git diffuse

httpd ncurses-devel

mariadb-server mariadb-devel mariadb
http://silico.biotoul.fr/enseignement/m2bbs/fedora/mysql-workbench-community-8.0.17-1.fc29.x86_64.rpm

php phpMyAdmin php-bcmath php-gd php-geshi php-mbstring php-mcrypt php-pdo

conda
http://silico.biotoul.fr/enseignement/m2bbs/fedora/rstudio-1.2.1335-x86_64.rpm
http://silico.biotoul.fr/enseignement/m2bbs/fedora/jdk-6u24-linux-amd64.rpm
http://silico.biotoul.fr/enseignement/m2bbs/fedora/sqldeveloper-18.2.0.183.1748-1.noarch.rpm

On pourra copier/coller cette liste dans un fichier rpms.to.install.2019-20.txtet ensuite lancer l'installation :

dnf install $(cat rpms.to.install.2019-20.txt)


depuis le code source

Exemple avec HMMER http://hmmer.org/

Procédure typique configure make install.

En général, on dispose d'une archive du code au format .tar.gz ou .tgz

On vérifie le contenu de l'archive

tar tzf hmmer...tar.gz

ou avec la dernière version

tar tf hmmer...tar.gz

Cela permet de voir ce qui va être extrait (option t. On vérifie que c'est bien dans un sous-répertoire sinon l'extraction va créer un tas de fichiers dans le répertoire courant (auquel cas on créé un répertoire et on se place dedans pour faire l'extraction).

Remarque : il y a plusieurs méthodes de compression/décompression (ici z pour gzip, sinon j pour bzip2 extension .tar.bz2, ... cf. man tar ). La dernière version de tar identifie automatique de quel format il s'agit.

Extraction du contenu :

tar xzf hmmer...tar.gz

ou avec la dernière version

tar xf hmmer...tar.gz
  • ./configure permet de tester l'environnement et de configurer la compilation, notamment où installer les fichiers et où trouver les librairies partagées. ./configure --help pour voir toutes les options. Si l'on ne dispose pas des droits administrateur, on ne peut pas l'installer ailleurs que dans son espace utilisateur. En général, il suffit de spécifier ./configure --PREFIX=~/destination.
  • make lance la compilation
  • make test ou make check (parfois optionnel ou absent) vérifie le bon fonctionnement de ce qui a été compilé
  • make install (habituellement en tant qu'administrateur) installe les fichiers sur le système.

Si le script ./configure se plaint de ne pas de disposer de compilateur C. Il faut donc l'installer.

dnf list gcc
$root dnf install gcc

D'habitude, les programmes d'HMMER sont installéq dans /usr/local/bin. Vérification :

ll /usr/local/bin

depuis un dépôt

Les plus utilisés sont les gestionnaires git et subversion. Ils permettent notamment de faire le suivi de modifications de code source.

git est normalement déjà installé.

$guest git clone https://github.com/jahendrie/cheat.git
$guest cd cheat
$guest cp -r data ~/.cheat
$guest mkdir ~/bin
$guest cp src/cheat.sh ~/bin/cheat
$guest cheat -L
$guest cheat dnf

Remarque : cet outil est aussi disponible via pip install --user cheat

Installation/configuration de services et pare-feu

Commandes :

  • systemctl pour systemd (sur des systèmes plus anciens : chkconfig et service)

La commande systemctl permet de gérer quels services sont démarrés ou pas avec le système.

Pour afficher la liste des services :

systemctl list-unit-files

Pour le seveur ssh (sshd) qui permet de se connecter à distance :

systemctl status sshd

On voit qu'il apparaît mais n'est pas activé au démarrage.

Démarrage :

systemctl start sshd

Vérification :

systemctl status sshd
ssh localhost

Pour qu'il soit lancé au démarrage :

systemctl enable sshd

Vérification :

systemctl list-unit-files | grep sshd

Essayez de vous connecter sur l'ordinateur de votre voisin ou voisine.

apache/httpd

Y a-t-il un serveur web ? Essayer http://localhost dans un navigateur.

systemctl status httpd

Pour changer la configuration du serveur Web, il faut éditer les fichiers dans /etc/httpd puis redémarrer le service

systemctl restart httpd

ou recharger la configuration

systemctl reload httpd


Essayez d'utiliser le seveur Web de votre voisin ou voisine. Normalement, le parefeu est actif et bloque le port utilisé par le serveur Web, protégeant ainsi l'accès à la machine.

Configuration du firewall

Etat du firewall :

systemctl status firewalld

ou

firewall-cmd --state

Documentation : https://fedoraproject.org/wiki/Firewalld

C'est maintenant avec firewall-config. Il faudrait que les services suivants soient accessibles dans la Configuration permanente :

  • http (80 par défaut) et https (443)
  • mysql
  • nfs
  • ssh

Remarque : on peut aussi utiliser la commande shell firewall-cmd.

Par exemple, pour autoriser l'accès au serveur Web (port 80 par défaut) :

firewall-cmd --permanent --add-service=http

ou par numéro de port

firewall-cmd --permanent --add-port=80/tcp

Quand une règle est ajoutée de manière permanente, il faut recharger les règles pour la rendre active (runtime) :

firewall-cmd --reload

Documentation de Fedora : https://fedoraproject.org/wiki/Firewalld?rd=FirewallD

MySQL/MariaDB

Remarque : Dans les versions plus récente de fedora, mysql est remplacé par un fork nommé MariaDB qui s'utilise exactement de la même manière (avec les mêmes commandes mysql, mysqladmin, etc.).

$root dnf install mariadb-server mariadb-devel mariadb

Démarrage du serveur

$root systemctl start mariadb

Configuration du serveur : il faut faire certains paramétrage juste après l'installation du serveur (mot de passe, et autres) :

$root /usr/bin/mysql_secure_installation

Pour les question suivantes :

  • Enter current password for root (enter for none): ne rien mettre + entrée
  • Set root password? [Y/n] y
  • Remove anonymous users? [Y/n] y
  • Disallow root login remotely? [Y/n] y
  • Remove test database and access to it? [Y/n] n
  • Reload privilege tables now? [Y/n] y

Démarrage au boot

$root systemctl enable mariadb

Remarque : Un site assez efficace pour installer et configurer des logiciels et serveurs sur Red Hat, CentOS, Fedora est http://www.if-not-true-then-false.com/ ; par exemple pour MariaDB: http://www.if-not-true-then-false.com/2013/install-mariadb-on-fedora-centos-rhel/ vous trouverez les commandes précédentes et aussi d'autres informations : création d'une base, ajout d'un utilisateur pouvant se connecter à distance, configuration du firewall pour ouverture le port réseau pour se connecter à distance au serveur, ...

Test du bon fonctionnement :

$root mysql -uroot -p
MariaDB [(none)]> show databases;
MariaDB [(none)]> use mysql
MariaDB [mysql]> show tables;

Ctrl + D ou \q ou \quit pour quitter.

Interface Web d'administration et de gestion : phpMyAdmin


Il faut donc installer PHP.

PHP

dnf install php.x86_64 phpMyAdmin  php-bcmath.x86_64 php-gd.x86_64 php-geshi.noarch php-mbstring.x86_64 php-mcrypt.x86_64 php-pdo.x86_64 
systemctl restart httpd

Aller à la page http://localhost/phpMyAdmin

Ou bien test manuel, en créant dans le répertoire /var/www/html/ les fichiers :

  • phpinfo.php
<?php
  phpinfo();
?>
test http://localhost/phpinfo.php
  • mysql.php
<?php
$dbh = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=test', 'user', 'password');
var_dump($dbh);
?>
test http://localhost/mysql.php


Arrêt ici 1er jour (9h30 - 17h30) 06 sep 2016

Environnement de développement python/R

Utilisation de conda qui permet de créer différents environnement avec différentes versions de python, de R, ou de leurs librairies (parfois certaines libs sont en conflits ou ne fonctionnent pas si certaines autres sont installées).

environnements

Création d'un nouvel environnement (qui utilise la version 3.7 de python)

conda create --name devenv python=3.7

Liste des environnements

conda env list

Test de la version de python

python --version

Activation d'un environnement

conda activate devenv

Test de la version de python

python --version

Pour quitter l'environnement

conda deactivate

channels

Comme pour les rpm, il existe différents dépôts pour les modules python ou les librairies R.

Ajout :

conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda 

packages

Liste de packages installés :

conda list -n devenv

Recherche du package cheat:

conda search cheat

Installation

conda install cheat

Création ou modification d'un cheatsheet nommé conda cheat -e conda

# install
dnf install conda

# links
https://opensource.com/article/19/4/managing-python-packages

# ENVS
####################################
conda info --envs
conda env list

# lists installed packages
conda list -n python3 

# remove environment
conda remove --name myenv --all

# create env
conda create --name devenv python=3.7

conda create --name newly_created_env --clone existing_env

# activate/deactivate
conda activate devenv

conda deactivate


# CHANNELS
#####################################
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda 

# PACKAGES
######################################
conda list

conda search

conda install cheat

Visualisation

cheat conda

R, librairies et RStudio

$root dnf install -y R.x86_64 

Ensuite, pour les librairies R, on utilise, selon les librairies :

R libraries

TO DO: modifier pour leur faire prendre en main conda

En cas de problème, par exemple si une librairie est dite non disponible, par exemple pour la version de R trop récente, essayer à partir d'un autre site miroir :

chooseCRANmirror()

et choisir un autre site. Cela peut aussi être dû à des erreurs de connexion en https, dans ce cas sélectionner le dernier HTTP mirrors

CRAN

  • lattice
  • reshape et/ou reshape2
  • dplyr
  • tidyr
  • ggplot2

Bioconductor

  • chipseq
  • GenomicRanges
  • edgeR
  • DESeq2
  • mixOmics
  • R-StringDB


prérequis :

$root dnf install libxml2-devel mesa-libGL-devel mesa-libGLU-devel
$root dnf install R-RCurl libcurl-devel

packages CRAN R nécessaires :

$root R
R> install.packages( c('lattice','ggplot2','reshape2','rgl','dplyr','tidyr') )

Pour RMarkdown, il faut mettre à jour certaines librairies :

R> install.packages(c('evaluate', 'formatR', 'highr', 'markdown', 'yaml', 'htmltools', 'caTools', 'bitops', 'knitr', 'rmarkdown'), repos='https://cran.univ-paris1.fr/')

packages Bioconductor R nécessaires :

R> source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
R> biocLite( c('chipseq','GenomicRanges','edgeR','genefilter','geneplotter','DESeq2','mixOmics', 'STRINGdb', 'RNeo4j') )

RStudio

Le RPM est à télécharger sur le site RStudio : https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download puis

$root dnf -y install rstudio-1.1.456-x86_64.rpm

Documents utiles pour RStudio et RMarkdown sur http://rmarkdown.rstudio.com/ et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html (RMarkdown cheatsheet et RMarkdown reference guide)

Prérequis pour générer du PDF car il manque, entre autres, un fichier de style framed.sty :

$root dnf install texlive-framed texlive-titling

Perl et BioPerl

Modules Perl : on utilise dnf (préférable pour les mises à jour)

dnf list perl-*
$root dnf install perl-CPAN

ou le module CPAN

$root  perl -MCPAN -e shell
cpan> m Bio::Perl

Installation de BioPerl

$root git clone https://github.com/bioperl/bioperl-live.git
$root cd bioperl-live
$root perl Build.PL
$root ./Build test
$root ./Build install

Test

$guest perl
#!/bin/perl -w
use Bio::Seq;
$seq_obj = Bio::Seq->new(-seq => 'aaaatgggggggggggccccgtt',
                        -alphabet => 'dna' );
use Data::Dumper;
print Dumper($seq_obj);
Ctrl-D


Autres logiciels spécifiques

Zotero

A partir de https://www.zotero.org : Cliquer sur Download puis installer l'application stand-alone (à gauche). Elle est fournit au format tar :

cd ~/Downloads
tar tf Zotero-5.0.55_linux-x86_64.tar.bz2
tar xf Zotero-5.0.55_linux-x86_64.tar.bz2
cd Zotero_linux-x86_64
./zotero

Et ensuite, installer le plug-in firefox (à doite).


samtools

prérequis : curses.h

pour trouver le rpm à installer :

dnf provides */curses.h

c'est bien sûr ncurses-devel donc :

$root dnf install ncurses-devel


La dernière version à récupérer sur http://www.htslib.org/download/

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
tar xf samtools-1.9.tar.bz2 
cd samtools-1.9
make
$root make install

tabix

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.9/htslib-1.9.tar.bz2
tar xjf htslib-1.9.tar.bz2
cd htslib-1.9
./configure
make
$root make install

bwa

Chez sourceforge, la liste des versions disponibles : https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/

On récupère la dernière :

tar tf bwa-0.7.17.tar.bz2
tar xf bwa-0.7.17.tar.bz2
cd bwa-0.7.17
make
cd ~/bin
ln -s ~/Downloads/bwa-0.7.17/bwa
cd
bwa
ldd ~/bin/bwa # vérification des librairies utilisées

MACS2

Prérequis:
A lire dans https://github.com/taoliu/MACS puis le ISNTALL. Il faut apparemment Python 2.7, Numpy (>=1.6) gcc, Cython (>=0.18).

pip -V
pip2.7 list


Pour Cython, il faut aller sur http://cython.org qui nous indique de l'installer avec PyPI -- http://pypi.python.org/pypi/Cython/ -- et donc avec la commande pip :

$root pip2.7 install Cython --install-option="--no-cython-compile"

Installation :
Et encore d'après le README, on utilise ensuite pip pour installer MACS2, mais avant cela il manque encore une librarie (python-devel) :

$root dnf install python-devel
$guest pip2.7 install --user MACS2

fastqc

Le site http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

Les liens de téléchargements http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

Les instructions pour l'installation http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/INSTALL.txt

Il faut notamment java >= 1.6

$guest wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
unzip -l fastqc_v0.11.5.zip
unzip fastqc_v0.11.5.zip # car tout est dans un sous-répertoire
cd FastQC
chmod +x fastqc
./fastqc

Ca marche !

cd
mv Downloads/FastQC ~/bin/
cd ~/bin
ln -s FastQC/fastqc

Java

Téléchargement de Java 1.6 d'Oracle depuis http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/java-archive-downloads-javase6-419409.html mais cela nécessite de s'enregistrer.

Il faut installer le paquet une fois téléchargé pour l'installation

$root dnf install jdk-6u24-linux-amd64.rpm

Cela installe Java dans /usr/java

Ensuite, il faut configurer le système pour choisir la nouvelle version d'installée avec la commande alternatives.

which java                 # on obtient /usr/bin/java
ll /usr/bin/java           # on obtient quelque chose comme lrwxrwxrwx 1 root root 22 10 juil.  2015 /usr/bin/java -> /etc/alternatives/java
ll /etc/alternatives/java  # donne quelque chose comme lrwxrwxrwx 1 root root 30 10 juil.  2015 /etc/alternatives/java -> /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.102-1.b14.fc23.x86_64/jre/bin/java

Pour sélectionner entre différentes version

$root alternatives --config java

On obtient quelque chose comme

  Selection    Command
-----------------------------------------------
*+ 1           java-1.8.0-openjdk.x86_64 (/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.144-5.b01.fc25.x86_64/jre/bin/java)
Enter to keep the current selection[+], or type selection number: 

Pour ajouter une alternative (la version que l'on vient d'installer) :

alternatives --install /usr/bin/java java /usr/java/jdk1.6.0_24/bin/java 16024

Puis

alternatives --config java

nous propose

  Selection    Command
-----------------------------------------------
*+ 1           java-1.8.0-openjdk.x86_64 (/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.144-5.b01.fc25.x86_64/jre/bin/java)
   2           /usr/java/jdk1.6.0_24/bin/java
Enter to keep the current selection[+], or type selection number: 2

Ensuite faire pareil pour le compilateur java (javac)

alternatives --install /usr/bin/javac javac /usr/java/jdk1.6.0_24/bin/javac 16024
alternatives --config javac

Pour la commande alternatives, voir le manuel man alternatives. pour --install l'ordre des paramètres est :

alternatives --install  link  name  path  priority
  • link est la commande à installer (obtenue avec de which java)
  • name est le nom de l'alternative utilisée dans alternatives --config par exemple
  • path est le chemin de l'exécutable (que l'on vient d'installer)
  • priority est utilisée lors des mises à jour ou d'installations de logiciels qui remplace la commande. Par défaut, la priorité la plus forte est utilisée. Ainsi, si on installe jdk7u32 (1.7.0.32), la priorité devrait être plus importante (17032).

SQLDevelopper

Prendre Linux RPM dans la liste de la page http://www.oracle.com/technetwork/developer-tools/sql-developer/downloads/index.html

A exécuter la première fois en ligne de commande pour renseigner le chemin d'accès au JDK :

$guest sqldeveloper

Apparaît

Oracle SQL Developer
Copyright (c) 2005, 2018, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.

Type the full pathname of a JDK installation (or Ctrl-C to quit), the path 
will be stored in /home/guest/.sqldeveloper/18.2.0/product.conf

Trouver le répertoire racine du JDK 1.8

$root alternatives --config javac

OpenJDK est installé par défaut dans

ll /usr/lib/jvm/

Donc, le répertoire racine est

/usr/lib/jvm/java-1.8.0


IGV (Integrated Genomics Viewer)

Soit par Java Web Start, soit en téléchargeant l'application (en tant qu'utilisateur et non root) depuis http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/ :

$guest wget http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.4/IGV_2.4.10.zip
$guest unzip -l IGV_2.4.10.zip
$guest unzip IGV_2.4.10.zip
$guest cd IGV_2.4.10
$guest ./igv.sh
$guest cd ~/bin
$guest ln -s ~/Downloads/IGV_2.4.10/igv.sh igv


Python modules

python 3 + libs : theano, matplotlib, keras

$root dnf install python3-theano python3-matplotlib
$guest pip3 install --user keras
pip2.7 install --user keras
pip2.7 install --user scikit-learn
pip2.7 install --user scipy
pip2.7 install --user cycli


Arrêt ici 2èmé jour (9h30 - 18h00) 07 sep 2016


GNA

Genetic Network Analyzer Disponible https://team.inria.fr/ibis/genetic-network-analyzer-gna/

Téléchargement

$guest wget http://ibis.inrialpes.fr/people/dejong/GNA/executables/GNA_unix_8_7_1_1.sh
$guest sh GNA_unix_8_7_1_1.sh


Charlie

Site de téléchargement : http://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Charlie#download

$guest wget www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/track/download.php?id=28 -O setup_charliev2_0.jar
java -version

Si ce n'est pas la dernière (1.8), passez à la dernière.

Puis, faire l'installation, par exemple dans ~/bin/Charlie-2.0

$guest java -jar setup_charliev2_0.jar

Si l'on choisit de l'installer dans /home/guest/bin/Charlie

Et vérifier l'installation

$guest cd ~/bin/Charlie
$guest ./run.sh

COPASI

Site http://copasi.org/

Téléchargements : http://copasi.org/Download//

From binaries:

wget https://github.com/copasi/COPASI/releases/download/Build-197/COPASI-4.24.197-Linux-64bit.tar.gz
tar tf COPASI-4.24.197-Linux-64bit.tar.gz
tar xf COPASI-4.24.197-Linux-64bit.tar.gz
cd COPASI-4.24.197-Linux-64bit/
ll
ll bin/
bin/CopasiUI


Et création du lien symbolique pour le lancer de n'importe où :

mv COPASI-4.24.197-Linux-64bit ~/bin/
ln -s ~/bin/COPASI-4.24.197-Linux-64bit/bin/CopasiUI ~/bin/COPASI
cd
COPASI

Snoopy

$guest wget http://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/track/download.php?id=206 -O snoopy-stable-linux.tgz
$guest tar tf snoopy-stable-linux.tgz 
$guest tar xf snoopy-stable-linux.tgz 
$guest cd snoopy2
$guest ./bin/snoopy
$guest ldd ./bin/snoopy
# Problème : il manque des librairies partagées
$guest ls -lh lib
$guest export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/Downloads/snoopy2/lib
$guest ./bin/snoopy

il manque encore libpng12.so.0, qui le fournit ?

$root dnf provides */libpng12.so
$root dnf install libpng12-devel

Ca fonctionne, on créé le lien symbolique et on le déplace dans bin et on ajoute le chemin des librairies dans ~/.bashrc :

$guest cd ..
$guest mv snoopy2 ~/bin
$guest ln -s ~/bin/snoopy2/bin/snoopy ~/bin/

Dans geany ajouter la ligne suivante au fichier .bashrc (geany ~/.bashrc)

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/bin/snoopy2/lib

Test :

source ~/.bashrc # pour utiliser le nouveau .bashrc
snoopy

VirtualBox

Site: https://www.virtualbox.org et pour les téléchargements pour linux https://www.virtualbox.org/wiki/Linux_Downloads

Remarque : VirtualBox est disponible sur le dépôt de Fedora mais ne correspond pas tout à fait à la même version.

VirtualBox 5.2.18 pour Fedora 26-27-28

$guest wget https://download.virtualbox.org/virtualbox/5.2.18/VirtualBox-5.2-5.2.18_124319_fedora26-1.x86_64.rpm
$root dnf install VirtualBox-5.2-5.2.18_124319_fedora26-1.x86_64.rpm
$guest VirtualBox

En le lançant en ligne de commande, il y a un message indiquant qu'il manque des paquets :

$root dnf install kernel-* elfutils-libelf-devel

Et ensuite, il faut reconfigurer VirtualBox

$root /sbin/vboxconfig

pymol

Site https://www.pymol.org/

$root dnf install pymol


VMD

cd vmd-1.9.2
less README
$root ./configure
$root cd src
$root make install
$guest vmd


Qt 4.8

Avec dnf :

$root dnf list qt
$root dnf info qt
$root dnf install qt

Gromacs

avec dnf

dnf list gromacs
$root dnf install gromacs


GinSim

Site : http://ginsim.org/downloads

Téléchargement puis test :

$guest wget http://ginsim.org/sites/default/files/GINsim-2.4.jar
$guest java -jar GINsim-2.4.jar 

Création d'un script pour le lancer en ligne de commande :

$guest mv GINsim-2.4.jar ~/bin/
$guest cd ~/bin
$guest echo '#!/bin/bash' > ginsim
$guest echo 'java -jar ~/bin/GINsim-2.4.jar' >> ginsim
$guest chmod +x ginsim

Test

cd
ginsim

Glpk (ou lp_solve)

Site https://www.gnu.org/software/glpk/#downloading

Téléchargement et compilation

$guest latest=glpk-4.63
wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/$latest.tar.gz
tar tf $latest.tar.gz
tar xf $latest.tar.gz
cd $latest
./configure
make
make check

Si pas d'erreur

$root make install

Google Chrome

Chromium, la version FOSS (free an dopen source software) est disponible dans le dépôt Fedroa :

$root dnf list chromium

Autant utiliser celle-là quand elle suffit :

$root dnf install chromium

Et sinon, il faut se rendre sur le site de google https://www.google.fr/chrome/browser/desktop/ et accepter et sélectionner la version rpm 64bits.

Mauve/progressiveMauve

Site : http://darlinglab.org/mauve/download.html

$guest cd ~/Downloads
wget http://darlinglab.org/mauve/snapshots/2015/2015-02-13/linux-x64/mauve_linux_snapshot_2015-02-13.tar.gz
cd ~/bin
tar tf ~/Downloads/mauve_linux_snapshot_2015-02-13.tar.gz
tar xf ~/Downloads/mauve_linux_snapshot_2015-02-13.tar.gz
ln -s mauve_snapshot_2015-02-13/Mauve

OptFlux

Télécharger la version 3 depuis le site http://www.optflux.org/ ou bien https://sourceforge.net/projects/optflux/files/LatestRelease/

$guest wget https://sourceforge.net/projects/optflux/files/LatestRelease/OptFlux-3.4.0-linux-x64-installer.run/download -O OptFlux-installer.run
$guest chmod +x OptFlux-installer.run
./OptFlux-installer.run

Si le répertoire de destination choisi pour l'installation est ~/bin/OptFlux-3.4.0, on peut créer un script bash pour le lancer directement :

$guest cd ~/bin
echo '#!/bin/bash
D=$(pwd)
cd ~/bin/OptFlux-3.4.0
./optflux.sh
cd $D
' > optflux
chmod +x optflux 

Test :

$guest cd
optflux

hapflk

Installation avec pip

$guest pip search hapflk
$guest pip install --user hapflk

admixture

Site : https://www.genetics.ucla.edu/software/admixture/index.html

$guest cd ~/Downloads
wget https://www.genetics.ucla.edu/software/admixture/binaries/admixture_linux-1.3.0.tar.gz
tar tf admixture_linux-1.3.0.tar.gz
cd ~/bin
tar xf ~/Downloads/admixture_linux-1.3.0.tar.gz
ln -s admixture_linux-1.3.0/admixture

Test

cd
admixture

Cytoscape

Site : https://cytoscape.org

$guest cd ~/Downloads
wget http://chianti.ucsd.edu/cytoscape-3.6.1/Cytoscape_3_6_1_unix.sh
sh Cytoscape_3_6_1_unix.sh

Si le répertoire d'installation choisi est ~/bin/Cytoscape_v3.6.1

$guest cd ~/bin/Cytoscape_v3.6.1
 ln -s Cytoscape_v3.6.1/Cytoscape

Test

cd
Cytoscape

igraph/R-igraph

Avec dnf

$root dnf install igraph igraph-devel
R
install.packages('igraph')

Apparemment, il manque la librairie glpk

$root dnf provides */libglpk.so
$root dnf list glpk-devel
$root dnf install glpk-devel
ll /lib64/libglpk*

Autres librairies R

$root dnf -y install gsl-devel
$root R
install.packages(c('Biostrings','BSgenome','BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3','BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3.masked','knitr','MotifDb','seqLogo','motifStack','IRanges','GenomicRanges','GenomicFeatures','TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene','ShortRead','ggplot2','Rqc','pasillaBamSubset','MMDiffBamSubset','GenomeInfoDb','Rsamtools','GenomicAlignments','AnnotationDbi','org.Dm.eg.db','drosophila2.db','drosophila2probe','drosophila2cdf','hom.Dm.inp.db','GO.db','rtracklayer','AnnotationHub','biomaRt','SRAdb','GEOquery','Gviz') )
source('https://bioconductor.org/biocLite.R')
biocLite(c('Biostrings','BSgenome','BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3','BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3.masked','knitr','MotifDb','seqLogo','motifStack','IRanges','GenomicRanges','GenomicFeatures','TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene','ShortRead','ggplot2','Rqc','pasillaBamSubset','MMDiffBamSubset','GenomeInfoDb','Rsamtools','GenomicAlignments','AnnotationDbi','org.Dm.eg.db','drosophila2.db','drosophila2probe','drosophila2cdf','hom.Dm.inp.db','GO.db','rtracklayer','AnnotationHub','biomaRt','SRAdb','GEOquery','Gviz') )


Remarque : Il peut-être pertinent de ne pas effectuer les mises à jours de R après l'installation de toutes les librairies. En effet, une nouvelle version de R peut entraîner la nécessité de réinstaller les librairies pour qu'elles soient en adéquation avec la nouvelle version de R, ce qui peut retarder le démarrage d'un atelier.

Test

library(Biostrings)
library(BSgenome)
library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3)
library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3.masked)
library(knitr)
library(MotifDb,verbose=F)
library(seqLogo)
library(motifStack)
library(IRanges)
library(GenomicRanges)
library(GenomicFeatures)
library(TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene)
library(ShortRead)
library(ggplot2)
library(Rqc)
library(pasillaBamSubset)
library(MMDiffBamSubset)
library(GenomeInfoDb)
library(Rsamtools)
library(GenomicAlignments)
library(AnnotationDbi)
library(org.Dm.eg.db)
library(drosophila2.db)
library(drosophila2probe)
library(drosophila2cdf)
library(hom.Dm.inp.db)
library(GO.db)
library(rtracklayer)
library(AnnotationHub)
library(biomaRt)
library(SRAdb)
library(GEOquery)
library(Gviz)

Autre environnement linux

Pour installer et utiliser un autre environnement linux que cinnamon, on peut regarder ceux disponibles :

dnf grouplist -v hidden | grep desktop


GNOME3

$root dnf groupinstall gnome-desktop

KDE Plasma

$root dnf install @kde

De manière plus générale, on peut les installer de différentes manières.

Avec le nom affiché :

$root dnf groupinstall "KDE Plasma Workspaces"

Avec le diminutif entre parenthèses

$root dnf install @mate-desktop-environment

Pour changer d'environnement, il faudra bien sûr quitter sa session (et éventuellement redémarrer).

Imprimante/Scanner

L'installation dépend de la distribution ainsi que de la manière dont est gérée la file d'impression. Pour les systèmes les plus récents, l'installation n'est pas trop difficile mais pour ce qui est des imprimantes exotiques cela se gère au cas par cas.

Pour la salle P0, l'imprimante est une imprimante réseau (HP LaserJet M425dn).

Pour l'installer sur Fedora 25, à partir de la configuration :

  • Ajouter une imprimante
  • Network Printer
    • AppSocket/HP JetDirect
    • Host 195.220.42.131 ou printer s'il est présent dans /etc/hosts
    • Port: 9100
    • Connections: AppSocket/HP JetDirect
  • Driver: HP (recommended)
    • HP DeskJet 400 - CUPS+Gutenprint v5.2.14 Simplified ...

Ne pas imprimer la page de test sinon on va avoir 18 fois la même chose.

Interface Web de gestion de m'imprimante : http://printer/


Scanner


Configuration du PC intervenant

création du répertoire

mkdir /home/share
chmod 777 /home/share

installer samba

dnf list samba samba-client

éditer /etc/samba/smb.conf

[global]
 workgroup = WORKGROUP
 security = user
 passdb backend = tdbsam
 hosts allow = 195.220.42.131
 map to guest = Bad User
 printing = cups
 printcap name = cups
 load printers = yes
 cups options = raw

[Share]
 path = /home/share
 writable = yes
 guest ok = yes
 guest only = yes
 create mode = 0777
 directory mode = 0777

Activer le service et ouvrir le port

firewall-cmd --add-service=samba --permanent 
firewall-cmd --reload 
systemctl start smb nmb 
systemctl enable smb nmb 

Configuration du client

installer autofs

dnf list autofs

ajouter à /etc/auto.master

/share  /etc/auto.share

créer /etc/auto.share

scan	195.220.42.2:/home/share

Activer le service

systemctl start autofs
systemctl enable autofs

Tester

ls -l /share/scan/


Sauvegardes et restaurations

dd

Pour des tables de partition de type dos :

  • sauvegarde du Master Boot Record (MBR = secteur de démarrage)
dd if=/dev/sda of=mbr.dd bs=512 count=1
  • copie physique d'une partition
dd if=/dev/sda1 of=sda1.dd

Il y a aussi l'utilitaire dédié sfdisk mais il ne gère pas les tables de partition de type gpt :

backup:

sfdisk --dump /dev/sda > sda.partitions

restore (attention, peut rendre le disque inutilisable si mauvais fichier/device ou mauvaise manipulation):

sfdisk /dev/sda < sda.partitions

Pour les tables de type gpt :

backup :

sgdisk -b sda.partitions /dev/sda

restore (attention, peut rendre le disque inutilisable si mauvais fichier/device ou mauvaise manipulation):

sgdisk -l sda.partitions /dev/sda

tar

tar (tape archive)

avec l'option p pour préserver les permission (rwx), et on exclut certains répertoires (ex: home) pour ne garder que le systèmes (sans les répertoires spéciaux comme /proc ou /sys). Remarque : Il faudra recréer ces répertoires lors de la restauration.

  • On créé un répertoire pour l'archive
mkdir /mnt/backup
cd /mnt/backup
  • /dev/sda1 montée sur /boot
tar cpjf boot.sda1.tar.bz2 /boot
  • /dev/sda2 montée sur /
tar cpjf rootfs.sda2.tar.bz2  \
                       --exclude=/proc \
                       --exclude=/mnt \
                       --exclude=/sys \
                       --exclude=/lost+found \
                       --exclude=/media \
                       --exclude=/home \
                      /
  • /dev/sda4 montée sur /home
tar cpjf home.sda4.tar.bz2 /home

rsync

rsync permet de "synchroniser" un fichier ou une sous-arborescence de répertoire, c'est-à-dire faire un miroir exact ou bien recopier seulement ce qui a été modifié, ou bien rajouter ce qui a été modifié, ..., et ceci éventuellement entre deux machines.

Cela peut être utile pour faire une sauvegarde de ces données personnelles :

rsync --dry-run \
     --archive --hard-links --delete --acls --xattrs --one-file-system \
     --itemize-changes --stats -h \
     --exclude='*/.thumbnails' --exclude='*/Cache' --exclude='*/.cache' --exclude='*/.gvfs' 
     /home/ /mnt/home_backup/

NFS (Network File System)

Côté serveur, on "exporte" un répertoire (et sa sous-arborescence).

Paquets nécessaires :

dnf list nfs-utils nfs-utils-lib

Le répertoire partagé pour cet exemple est le répertoire sur l'ordi de l'intervenant qui accueille les scans : scan@intervnant:/home/share

Fichier de configuration : /etc/exports sur intervenant

/home/share  195.220.42.0/255.255.255.0(rw,no_root_squash)

Cela indique que ce répertoire là peut-être contacté par un client nfs depuis toute machine du sous-réseau (toute machine dont l'IP commence par 195.220.42.).

Démarrage (manuel) du service

$root systemctl start nfs

Au démarrage du système

$root systemctl enable nfs


Côté client :

dnf list nfs-utils nfs-utils-lib

Création du répertoire où est monté l'export nfs pour cet exemple.

$root mkdir /mnt/scan

Montage de l'export nfs avec la commande mount

$root mount intervenant:/home/share /mnt/scan

En cas de succès, le contenu de /mnt/scan correspond à ce qu'il y a sur pc4. S'il y a des fichiers et/ou répertoires dans /mnt/scan du client (celui qui fait mount), ils ne sont plus accessibles après le montage.

En cas d'échec, on peut désactiver le pare-feu

$root firewall-config

Pour débugger (option -v)

$root mount -v intervenant:/home/share /mnt/scan

Pour démonter le répertoire :

$root umount /mnt/scan

Pour consulter les montages actifs :

mount

Pour simplifier l'opération de montage/démontage, on peut l'ajouter au fichier /etc/fstab.

Avertissement : si le fichier /etc/fstab n'est pas bon, le système peut ne plus démarrer et il faudra le réparer (avec un liveCD par exemple).

Edition de /etc/fstab et ajout de la ligne :

intervenant:/home/share   /mnt/scan   noauto,rw,intr,nfsver=3    0  0

A tester avant de redémarrer avec :

$root umount /mnt/scan # s'il était monté
$root mount -a
$root mount | grep scan

Si scan apparaît ou qu'on obtient une erreur avec mount -a il y a un problème à régler.

Options :

  • noauto : ne demande pas le montage au démarrage. C'est préférable car si mummer n'est pas allumée, le démarrage de votre ordi pourrait ne pas marcher.
  • rw : droits en lecture et en écriture
  • intr : permet au requête NFS d'être interrompue si on perd le serveur ou qu'il ne peut être contacter
  • nfsver= : spécifie quelle version du protocole utiliser

Si le fichier fstab est bon on peut monter/démonter le répertoire comme suit :

$root mount /mnt/scan
$root umount /mnt/scan

Arrêt ici, 3ème jour (9h30-17h30 12 septembre 2016).


fonts/police de caractères

Les fonts sont dans le répertoire /usr/share/fonts ou aussi dans ~/.fonts.

Pour en ajouter, il suffit de les copier dans un de ces répertoires. Pour que les changements/ajouts soient effectifs, il faut soit se déconnecter et ouvrir une nouvelle session, soit pour certaines applications :

fc-cache -f -v

fonts Microsoft

Récupérer les fonts sur http://corefonts.sourceforge.net

 wget http://corefonts.sourceforge.net/msttcorefonts-2.5-1.spec

Si besoin :

 $root dnf list rpm-build cabextract ttmkfdir

et build

 $root rpmbuild -bb msttcorefonts-2.5-1.spec

vérifier où elles ont été créées et

 $root dnf install /root/rpmbuild/RPMS/noarch/msttcorefonts-2.5-1.noarch.rpm

fonts pour la programmation

Un article du site opensource.com en décrivant certaines : https://opensource.com/article/17/11/how-select-open-source-programming-font?utm_medium=Email&utm_campaign=weekly&sc_cid=701f2000000tmCUAAY

Firacode

site: https://github.com/tonsky/FiraCode

 mkdir ~/.local/share/fonts 
 unzip  ~/Downloads/FiraCode_1.204.zip  ttf/*
 mv ttf/* ~/.local/share/fonts
 rmdir ttf
 fc-cache -f

A ajouter/à faire

  • différencier les commandes root/user
  • photo du groupe pour le site

Liens et autres

  • nohup et disown -h PID
# install R CRAN xlsx @inagua
$root R CMD javareconf

[10:03 root@linux pseudo]$ R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/java/latest/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_131
Java home path   : /usr/java/latest
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -m64 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/java/latest/include -I/usr/java/latest/include/linux  -I/usr/local/include   -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-cc1 -m64 -mtune=generic  -c conftest.c -o conftest.o
g++ -m64 -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,-z,relro -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld -o conftest.so conftest.o -L/usr/java/latest/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib64/R/lib -lR


JAVA_HOME        : /usr/java/latest
Java library path: $(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib64/R
Done.

[10:04 root@linux pseudo]$ R

R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> install.packages("xlsx")

Réinstallation de grub

Contexte : la machine ne démarre plus → démarrer depuis une clé usb et reconstruire la config grub2 et la réinstaller sur le disque

Dans les étapes suivantes, après avoir

  • démarré depuis un liveUSB,
  • on monte les partitions du disque qui contient le système (ici stockées dans les variables $root_fs, $boot_part, $var_part). La variable $drvpart correspond à l'endroit où on effectue les montages.
  • on monte avec l'option bind les répertoires de ce que voit l'OS (dev, sys et proc) sur $drvpath
  • on change la racine du système de fichier (donc on n'est plus sur l'OS de la clé mais sur l'OS du disque de la machine que l'on répare)
  • on réinstalle grub2 sur le disque (ici dans la variable $sdX)
drv_path=/mnt/os   # endroit où sont montées les partitions du système à réparer
mkdir $drv_path
 
# disque et partition à réparer
drv=/dev/sdX         # remplacer X par la bonne lettre (a, b, c, ...)
rootfs_part=${drv}2  # remplacer le 2 par le bon numéro de partition
boot_part=${drv}1    # remplacer le 1
var_part=${drv}4     # remplacer le 4
 
# montages
mount $rootfs_part $drv_path
mount $boot_part $drv_path/boot
mount $var_part $drv_path/var
 
mount --bind /dev  $drv_path/dev
mount --bind /sys  $drv_path/sys
mount --bind /proc $drv_path/proc
 
chroot $drv_path # on change la racine du système de fichier pour la situer sur le disque à réparer
 
# generate config
cp /boot/grub2/grub.cfg /boot/grub2/grub.cfg.bak-$(date +%Y.%m.%d--%Hh%Mm%S.%N) # sauvegarde l'ancien
grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg
 
# install bootloader
grub2-install $drv
# if regenerate drivers needed:
# dracut --regenerate-all --force
 
exit # on sort c'est-à-dire que l'on revient à la racine du système de fichiers de la clé
 
# démontage de l'ensemble
umount $drvpath/dev
umount $drvpath/sys
umount $drvpath
 
umount $var_part
umount $boot_part
umount $rootfs_part