M2P Bioinfo - Projet Transcriptome

From silico.biotoul.fr

Vous trouverez sur la machine 195.220.42.133 (de Maud) 3 fichiers .gpr dans une archive tar à analyser. Pour récupérer les fichiers (et si le serveur Web est lancé) :

http://195.220.42.133/expr_data_projet_EColi_tig.tar.gz

et sinon

scp -r guest@195.220.42.133:/var/www/expr_data_projet_EColi_tig.tar.gz ./

Il s'agit de 3 puces obtenues pour E. coli correspondant à 3 réplicats où l'on a comparé la souche sauvage et un mutant knock-out (la sauvage étant le canal Cy3). Le travail à réaliser est une analyse différentielle de ces puces comme effectuée en TD. Le document à rendre comprend :

• les lignes de commandes R intercalées avec les résultats et graphiques obtenus
• les fichiers annexes utilisés (targets, types de spot, ...)
• la caractérisation des gènes différentiellement exprimés identifiés.

Concernant l'analyse, le document devra comprendre les étapes suivantes et la justification des choix effectués au moyen de graphiques ou autres statistiques :

• fonction et taux de filtrage,
• analyse du bruit de fond (éventuellement sélection des puces/données à utiliser),
• normalisation et choix des méthodes utilisées (distribution des intensités, MA-plot, ...),
• identification des gènes différentiellement exprimés et volcano plot.

Il vous faudra aussi joindre un fichier contenant la liste des gènes différentiellement exprimés.

Date limite de remise du travail : 20 décembre

Remarque : Les données que vous manipulez n'ont pas encore été rendues publiques. Il vous est donc interdit de les diffuser.