Revision as of 16:44, 3 September 2015

Autres logiciels spécifiques

Zotero : Installer le plug-in firefox à partir de https://www.zotero.org

boost 1.55.0 http://www.boost.org/users/history/version_1_55_0.html

yum install boost.x86_64 boost-devel.x86_64

abyss (dernière version) http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/

prérequis: yum install sqlite-devel.x86_64

samtools (dernière version) http://samtools.sourceforge.net/

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.2/samtools-1.2.tar.bz2
tar tjf samtools-1.2.tar.bz2
tar xjf samtools-1.2.tar.bz2
cd samtools-1.2
make
# curses.h introuvable !
yum provides */curses.h
yum install ncurses-devel.x86_64

tabix (dernière version) http://www.htslib.org/download/

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.2.1/htslib-1.2.1.tar.bz2
tar tjf ...

bwa (dernière version) http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/

tar tjf bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2

vérification des librairies partagées

ldd bwa.kit/bwa

snpEff 3.6 core http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html

vérification du contenu de l'archive

unzip -l snpEff_latest_core.zip

extraction du contenu

unzip snpEff_latest_core.zip

test

cd snpEff
java -jar snpEff.jar

Scala IDE : http://scala-ide.org/download/sdk.html

cd snoopy2
./bin/snoopy
ldd ./bin/snoopy
# Problème : il manque des librairies partagées
ls -lh lib
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/Downloads/snoopy2/lib
./bin/snoopy

pymol
VMD
VirtualBox (Oracle pas rpmfusion)

Imprimante

L'installation dépend de la distribution ainsi que de la manière dont est gérée la file d'impression. Pour les systèmes les plus récents, l'installation n'est pas trop difficile mais pour ce qui est des imprimantes exotiques cela se gère au cas par cas.

Pour la salle P0, l'imprimante est connecté sur le serveur vulcain qui gère donc la file d'impression. L'installation est détaillée sur la page : Salle P0 HP LasetJet 2420d

@@ Line 1: / Line 1: @@
-Objectifs :
-* Installation et configuration d'un système linux (partitionnement de disque, bootloader, configuration réseau, ...)
-* Installation et configuration de logiciels (via un gestionnaire, via une procédure propriétaire, via configure/make/make test/make install)
-* Installation et configuration de services (serveurs Web, bases de données)
-* Sauvegarde/restauration d'un système ou de données
-* Installation et configuration d'un cluster
-Distributions linux populaires :
-* http://centos.org/
-* http://fedoraproject.org/
-* http://www.ubuntu.com/
-Principales étapes d'une installation typique :
-* récupération d'un live cd ou usb
-* gravure ou préparation du live media
-* démarrage du système depuis ce live media
-* procédure d'installation sur la machine. En général, les paramètres sont réduits au minimum pour faciliter l'adoption du système mais nous verrons que l'on peut organiser l'espace disque, la configuration réseau et les logiciels installés.
-* redémarrage du système
-* SELinux
-* installation des dernières mises à jour
-er jour (7h) : liveCD, configuration réseau, partionnement de disque, installation sur HD, service httpd, mises à jour
-'''Lien :''' rappel de certaines commandes linus [[Linux_tips]]
-= Démarrage du liveCD/DVD =
-Démarrer le PC avec le liveCD.
-'''Remarque :''' Il se peut que l'ordinateur démarre à partir du disque dur. Pour ''booter'' depuis le CD, il faut parfois accéder au menu de boot. On y accède le plus souvent avec la touche Esc, F2, F10, F12 ou delete (dépend de chaque ordi). On obtient alors soit le menu de démarrage soit le paramétrage du [[wikipedia:BIOS|BIOS]].
-Avant de procéder à l'installation, on peut explorer les fonctionnalités offertes par le liveCD. Il s'agit d'un vrai système linux et permet notamment de réparer un système défectueux (par exemple, réinstaller le bootloader, modifier le montage des partitions, ...).
-La première chose à faire est de passer en clavier français. On peut faire ça à partir de l'interface graphique, ou bien taper la commande
- # en mode graphique (server X = runlevel 5)
- setxkbmap fr
- # en mode texte (= runlevel 4)
- loadkeys fr
-* Déterminer les partitions du disque dur (normalement <tt>/dev/sda</tt>).
-* s'il y en a, et qu'elles ne sont pas montées, monter (commande mount) les dans des répertoires dans <tt>/mnt</tt> pour explorer les systèmes de fichiers qu'elles contiennent.
-* exercices :
-** création, formatage, montage, démontage, suppression de partitions aux différents format et utilisation de LVM
-** configuration manuelle du réseau
-= Installation du système =
-Après avoir démarré le liveCD, il suffit de lancer l'assistant d'installation. Choisissez la langue pour l’assistant, le clavier ; régler la date et l'heure.
-== Configuration réseau ==
-Pour le protocole IPv4, il faut obtenir une adresse IP valide. Ceci se fait le plus souvent via le protocole [[wikipedia:Dynamic_Host_Configuration_Protocol|DHCP]], ou bien manuellement.
-Principe du DHCP : au démarrage du système (ou bien lorsque le câble réseau est branché), l'ordinateur demande à un serveur DHCP sur le réseau de lui attribuer une IP disponible et de lui fournir certains paramètres comme la passerelle (gateway), le masque de sous-réseau (netmask) et le(s) serveur(s) de noms ([[wikipedia:Domain_Name_System|DNS]]).
-Il n'y a pas de serveur DHCP configuré pour la P0. Entrez donc l'IP en fonction de la machine que vous utilisez :
-.220.42.132 blast
-.220.42.133 fasta
-.220.42.134 mauve
-.220.42.135 meme
-.220.42.136 glam
-.220.42.137 hmmer
-.220.42.138 mummer
-.220.42.139 trimal
-.220.42.140 phyml
-.220.42.141 mafft
-.220.42.142 muscle
-.220.42.143 paml
-.220.42.144 newbler
-.220.42.145 gna
-et pour le reste les paramètres sont les mêmes pour tout le monde :
- subnet mask: 255.255.255.0
- gateway: 195.220.42.1
- DNS1: 195.220.59.2
- DNS2: 195.220.59.6
-'''Remarques :''' Plage d'adresses réservées à la salle P0 (pas de DHCP) : 195.220.42.131 .. 195.220.42.146 (la dernière correspond au routeur wifi).
-'''Commandes et fichiers :'''
- ifconfig hostname nslookup getent ifup ifdown whois
- /etc/sysconfig/network /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-INTERFACE /etc/hosts /etc/resolve.conf
-== Partitionnement du/des disque(s) ==
-Sujet déjà évoqué dans [[Linux_tips#File_systems_.26_partitions:_fdisk.2C_gdisk.2C_parted.2C_mount.2C_lsof.2C_mkfs|Linux tips - fs & partitions]]
-Pour stocker des données sur un disque, celui-ce doit d'abord être partitionné. Puis, une partition formatée (création du système de fichiers), et ensuite la partition doit être montée en un point du système de fichier.
-Les disques se trouvent en général dans <tt>/dev/sdX</tt> ; X étant une lettre, a pour le premier disque, b pour le second, ... et les partitions dans <tt>/dev/sdaX</tt> ; X étant le n° de partition, 1 pour la première, ''etc.''
-Le choix du partitionnement du disque est peut-être l'étape la plus délicate pour les néophytes. Il se fait très tôt (à l'installation) mais peut être modifié par la suite. Cela reste une opération sensible car il existe toujours un risque de perdre les données d'une partition voire le système.
-Pour la taille des différentes partitions, cela dépend de la distribution linux. Le mieux est de se référer aux recommandations habituellement trouvées dans le guide d'administration. Par exemple pour fedora18, il est recommandé de créer au moins 4 partitions : http://docs.fedoraproject.org/en-US/Fedora/18/html/Installation_Guide/s2-diskpartrecommend-x86.html
-* swap partition
-* /boot partition
-* / partition
-* /home partition
-La partition /boot est souvent à part et contient les fichiers nécessaires aux toutes premières étapes de démarrage du système. C'est donc en général une partition primaire au format <tt>ext</tt>. Les autres peuvent être des partition primaires/étendues ou bien gérées par [[wikipedia:Logical_Volume_Manager_(Linux)|LVM]].
-Il est en général judicieux d'avoir une partition séparée pour /home qui contient les répertoires utilisateurs. En effet, lors d'une réinstallation du système, il est courant de formater la partition / ce qui aurait pour effet d'effacer toutes les données utilisateurs si elles ne sont pas sur une autre partition.
-Pour aujourd'hui, on utilisera le paramétrage suivant :
-* 1: 500Mb ext4 /boot
-* 2: 100Gb ext4 /
-* 3:   4Gb swap (pour pouvoir suspendre/hiberner la machine, il faut au une taille au moins égale à la RAM)
-* 4: ce qui re reste pour /home
-'''Commandes et fichiers :'''
- fdisk parted palimpsest (ou gnome-disks) mkfs[.ext4|.ext3|.ext2|.ntfs|...] resize2fs resizepart pvdisplay pvcreate vgdisplay vgcreate lvdisplay lvcreate mount umount ...
- /etc/fstab /etc/mtab /proc/partitions /dev/sd* /dev/hd* /dev/mapper/* /dev/disk/
-== SELinux ==
-SELinux (pour Security Enhanced Linux) permet de renforcer la sécurité. En pratique, il bloque souvent des accès et peut être déroutant lors de la configuration/installation de la machine. Par exemple à une époque (à vérifier aujourd'hui), il bloquait les connexions de apache vers mysql (pour un site web dynamique php qui se connectait à une base de données) et la cause de l'impossibilité de connexion a mis du temps à être décelée.
-Pour le désactiver :
- vi /etc/selinux/config
-Remplacer :
- SELINUX=enforcing
-par :
- SELINUX=disabled
-Sauvergarder et quitter (<tt><Esc>:wq</tt> dans vi)
-Puis redémarrer la machine.
-== Variables d'environnement ==
-Le sccript <tt>~/.bashrc</tt> est chargé par tout processus bash à son démarrage. Cela permet de personnaliser certaines choses comme par exemple
-* la variable PATH qui contient une liste de répertoires où son recherchée les commandes
-* les alias qui permettent de définir des commandes en raccourcis d'autres
-Pour afficher le contenu d'une variable d'environnement :
- echo $PATH
-Pour le modifier :
- PATH=$PATH:~/bin
-Ajouter ~/bin à la variable d'environnement PATH dans .bashrc (<tt>vi ~/.bashrc</tt>).
-Ajouter un alias, par exemple :
- alias l='ls -lh'
-== Installation des dernières mises à jour ==
-Lors d'une installation via LiveCD/DVD/USB, il est recommandé de faire les mises à jour après installation du systèmes (puis régulièrement).
-Avec les systèmes RedHat (CentOs, fedora, RHEL, ...), ceci est géré avec les utilitaires package-kit/yum :
- root> yum list updates
- root> yum update
-== gestionnaire de paquets ==
-A partir d'une ou plusieurs sources, ils permettent d'installer et de maintenir à jour le système et les logiciels installés.
-* dnf (fedora >= 22)
-* yum (fedora <22, centos)
-* rpm
-* apt (ubuntu)
-=== yum ===
-Quand on connait le nom. Affichage de la disponibilité (et de la version) : Exemple avec les paquets de développement du noyau (nécessaires pour compiler certains logiciels)
- yum list kernel-devel
-* Si il apparaît dans ''Installed Packages'' : rien à faire à moins qu'il y ait une version plus récente :
- yum update kernel-devel
-* Si il apparaît dans ''Available Packages'' :
- yum install kernel-devel
-Quand on ne connaît pas le nom du paquet : <tt>search</tt>. Cela a pour effet de chercher dans la description.
- yum search apache
-Pour obtenir la description :
- yum info httpd
-Pour chercher quels paquets contiennent un fichier donné :
- yum provides */sbin/httpd
-=== Ajout d'une source : EPEL (Extra Packages for Enterprise Linux) ===
-Afficher le contenu d'un rpm
- rpm -qpl http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
-Installation
- rpm -Uvh http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
-On peut maintenant installer geany :
- yum list geany
- yum install geany.x86_64
-= Installation d'autres logiciels =
-process monitor
- yum install htop
-net
- yum install wget telnet
-libreoffice
- yum install libreoffice
-transfer de fichier
- yum install filezilla
-image manipulation (équivalent de photoshop et illustrator en FOSS)
- yum install gimp.x86_64 inkscape.x86_64
-== depuis le code source ==
-Exemple avec HMMER http://hmmer.janelia.org/
-Procédure typique ''configure make install''.
-En général, on dispose d'une archive du code au format .tar.gz ou .tgz
-On vérifie le contenu de l'archive
- tar tzf hmmer...tar.gz
-Cela permet de voir ce qui va être extrait (option <tt>t</tt>. On vérifie que c'est bien dans un sous-répertoire sinon l'extraction va créer un tas de fichiers dans le répertoire courant (auquel cas on créé un répertoire et on se place dedans pour faire l'extraction).
-'''Remarque :''' il y a plusieurs méthodes de compression/décompression (ici z pour gzip, sinon j pour bzip2 extension .tar.bz2, ... cf. <tt>man tar</tt> ).
-Extraction du contenu :
- tar xzf hmmer...tar.gz
-* <tt>./configure</tt> permet de tester l'environnement et de configurer la compilation, notamment où installer les fichiers et où trouver les librairies partagées. <tt>./configure --help</tt> pour voir toutes les options. Si l'on ne dispose pas des droits administrateur, on ne peut pas l'installer ailleurs que dans son espace utilisateur. En général, il suffit de spécifier <tt>./configure --PREFIX=~/destination</tt>.
-* <tt>make</tt> lance la compilation
-* <tt>make test</tt> ou <tt>make check</tt> (parfois optionnel ou absent) vérifie le bon fonctionnement de ce qui a été compilé
-* <tt>make install</tt> (habituellement en tant qu'administrateur) installe les fichiers sur le système.
-Le script ./configure devrait se plaindre de ne pas de disposer de compilateur C. Il faut donc l'installer.
- yum list gcc
- yum install gcc
-== depuis un dépôt ==
-Les plus utilisés sont les gestionnaires git et svn. Ils permettent notamment de faire le suivi de modifications de code source.
- root# yum install git
- user# git clone https://github.com/jahendrie/cheat.git
- cd cheat
- less install
- user# cp -r data ~/.cheat
- mkdir ~/bin
- cp src/cheat.sh ~/bin/cheat
- cheat -L
- cheat yum
-= Installation/configuration de services =
-Commandes :
-* <tt>chkconfig</tt> et <tt>service</tt> (CentOS, vieilles fedora)
-* <tt>systemctl</tt> (fedora plus récentes)
-La commande <tt>chkconfig</tt> permet de gérer quels services sont disponibles dans quel [[wikipedia:runlevel|runlevel]]
-Sans paramètre, elle liste les services installés :
- chkconfig
-On voit que apache (httpd) n'apparaît pas. Y a-t-il un serveur web ? Essayer http://localhost dans un navigateur.
-Installation :
- yum install httpd
-Démarrage
- service httpd start
-Etat
- service httpd status
-Si l'on redémarre la machine le service n'est pas automatiquement démarré :
- chkconfig --list httpd
-On voit que tout est à off
-Pour qu'il soit lancé au démarrage :
- chkconfig httpd on
-Vérification :
- chkconfig --list httpd
-== apache/httpd ==
-Pour changer la configuration du serveur Web, il faut éditer les fichiers dans /etc/httpd puis redémarrer le service
- service httpd restart
-ou recharger la configuration
- service httpd reload
-<!--
- chkconfig service systemctl
- http://www.webmin.com/
- firewall-config
- ping
- traceroute
- route
- telnet
--->
-== mysql ==
-'''Remarque :''' Dans les versions plus récente de fedora, mysql est remplacé par un ''fork'' nommé mariadb qui s'utilise exactement de la même manière (avec les mêmes commandes mysql, mysqladmin, etc.).
- yum install mysql.x86_64 mysql-devel.x86_64 mysql-server.x86_64
-Démarrage
- service mysqld start
-Changement du mot de passe administrateur
- root# mysqladmin -u root password 'bioinfo'
- root# mysqladmin -u root -h localhost.localdomain password 'bioinfo' -p
-Démarrage au boot
- chkconfig mysqld on
-Interface Web d'administration et de gestion
- yum install php phpMyAdmin
- service httpd restart
-Aller à la page http://localhost/phpMyAdmin
-Ou bien test manuel, en créant dans le répertoire <tt>/var/www/html/</tt> les fichiers :
-* phpinfo.php
- <?php
-   phpinfo();
-: test http://localhost/phpinfo.php
-* mysql.php
- <?php
- $dbh = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=test', 'root', 'bioinfo');
- var_dump($dbh);
-: test http://localhost/mysql.php
-<!--
-Installation : http://www.if-not-true-then-false.com/2010/install-mysql-on-fedora-centos-red-hat-rhel/
-Veillez à bien faire la partie MySQL secure installation pour un serveur en production (dans votre futur job). Pour un serveur non critique faire au moins le changement du mot de passe comme indiqué un peu avant la partie 7.
- mysqladmin -u root password 'bioinfo'
--->
-<!--
-'''Remarque :''' chkconfig a été remplacé par systemctl
-liste des services :
- systemctl list-unit-files
-activer un service au démarrage de la machine :
- systemctl enable mysqld.service
-désactiver un service au démarrage de la machine :
- systemctl disable mysqld.service
-Pour afficher les logs:
- journalctl -xn
-Regarder dans /var/log/
-* messages pb systèmes
-* httpd/error_log erreur de script CGI/PHP
-* secure.log
-* Xorg.0.log
-== apache ==
- yum install httpd
- chkconfig httpd on
--->
-== R ==
- yum install R.x86_64
-Ensuite, pour les librairies R, on utilise
-* yum
-* CRAN: R> install.packages(...)
-* Bioconductor: source("http://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite(...)
-== Perl ==
-Modules Perl : on utilise yum ou le CPAN
-* yum list perl-*
-Prérequis BioPerl:
- yum install perl-YAML perl-Term-ReadLine-Gnu perl-Test-Most perl-CPAN-DistNameInfo
-* ou le CPAN:
- yum install perl-CPAN
- perl -MCPAN -e shell
- m BioPerl
- install LWP
- d /bioperl/
- install CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz
 = Autres logiciels spécifiques =
@@ Line 402: / Line 4: @@
 ----
 <!-- Raphael Mourad 2015 -->
+* boost 1.55.0 http://www.boost.org/users/history/version_1_55_0.html
+: yum install boost.x86_64 boost-devel.x86_64
 * abyss (dernière version) http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/
+: prérequis:  yum install sqlite-devel.x86_64
 * samtools (dernière version) http://samtools.sourceforge.net/
+ wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.2/samtools-1.2.tar.bz2
+ tar tjf samtools-1.2.tar.bz2
+ tar xjf samtools-1.2.tar.bz2
+ cd samtools-1.2
+ make
+ # curses.h introuvable !
+ yum provides */curses.h
+ yum install ncurses-devel.x86_64
 * tabix (dernière version) http://www.htslib.org/download/
+ wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.2.1/htslib-1.2.1.tar.bz2
+ tar tjf ...
 * bwa (dernière version) http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/
+ tar tjf bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2
+: vérification des librairies partagées
+ ldd bwa.kit/bwa
 * snpEff 3.6 core http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html
-* boost 1.55.0 http://www.boost.org/users/history/version_1_55_0.html
+: vérification du contenu de l'archive
+ unzip -l snpEff_latest_core.zip
+: extraction du contenu
+ unzip snpEff_latest_core.zip
+: test
+ cd snpEff
+ java -jar snpEff.jar
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 <!-- David Bouyssié 2015 -->
@@ Line 414: / Line 38: @@
 <!-- Mathias Weyder 2015 -->
 * COPASI : http://www.copasi.org/tiki-index.php?page=DownloadNonCommercial&structure=Download
-* Snoopy : http://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy#downloads (il y a une version CentOS)
+* Snoopy : http://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy#downloads
+ cd snoopy2
+ ./bin/snoopy
+ ldd ./bin/snoopy
+ # Problème : il manque des librairies partagées
+ ls -lh lib
+ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/Downloads/snoopy2/lib
+ ./bin/snoopy
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 <!-- Georges 2015 -->
@@ Line 438: / Line 69: @@
 Pour la salle P0, l'imprimante est connecté sur le serveur vulcain qui gère donc la file d'impression. L'installation est détaillée sur la page :
 [http://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/index.php/Salle#Printer_HP_LaserJet_2420d Salle P0 HP LasetJet 2420d]
-= configuration du router wifi =
-cf. [http://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/index.php/Salle#Router_Wifi_NETGEAR_WNR3500_v2 Configuration router Wifi]
-= Sauvegardes et restaurations =
-== dd ==
-Pour des tables de partition de type dos :
-* sauvegarde du Master Boot Record (MBR = secteur de démarrage)
- dd if=/dev/sda of=mbr.dd bs=512 count=1
-* copie physique d'une partition
- dd if=/dev/sda1 of=sda1.dd
-Il y a aussi l'utilitaire dédié sfdisk mais il ne gère pas les tables de partition de type gpt :
-backup:
- sfdisk --dump /dev/sda > sda.partitions
-restore (attention, peut rendre le disque inutilisable si mauvais fichier/device ou mauvaise manipulation):
- sfdisk /dev/sda < sda.partitions
-Pour les tables de type gpt :
-backup :
- sgdisk -b sda.partitions /dev/sda
-restore (attention, peut rendre le disque inutilisable si mauvais fichier/device ou mauvaise manipulation):
- sgdisk -l sda.partitions /dev/sda
-== tar ==
-tar (tape archive)
-avec l'option ''p'' pour préserver les permission (rwx), et on exclut certains répertoires (ex: home) pour ne garder que le systèmes (sans les répertoires spéciaux comme /proc ou /sys). '''Remarque :''' Il faudra recréer ces répertoires lors de la restauration.
- mkdir /clone
- cd /clone
- tar cpjf rootfs.tar.bz2  \
-                        --exclude=/proc \
-                        --exclude=/mnt \
-                        --exclude=/sys \
-                        --exclude=/lost+found \
-                        --exclude=/media \
-                        --exclude=/home \
-                        --exclude=/clone \
-                        --exclude=/run/media/guest \
-                       /
-== rsync ==
-rsync permet de "synchroniser" un fichier ou une sous-arborescence de répertoire, c'est-à-dire faire un miroir exact ou bien recopier seulement ce qui a été modifié, ou bien rajouter ce qui a été modifié, ..., et ceci éventuellement entre deux machines.
-Cela peut être utile pour faire une sauvegarde de ces données personnelles :
- rsync --dry-run \
-      --archive --hard-links --delete --acls --xattrs --one-file-system \
-      --itemize-changes --stats -h \
-      --exclude='*/.thumbnails' --exclude='*/Cache' --exclude='*/.cache' --exclude='*/.gvfs'
-      /home/ /mnt/home_backup/

M2BBS - Atelier Système

From silico.biotoul.fr

Revision as of 16:44, 3 September 2015

Autres logiciels spécifiques

Imprimante