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| - | = Objectifs = | + | = NFS (Network File System) = |
| - | * Installation et configuration d'un système linux (partitionnement de disque, bootloader, configuration réseau, ...)
| + | |
| - | * Installation et configuration de logiciels (via un gestionnaire, via une procédure propriétaire, via configure/make/make test/make install)
| + | |
| - | * Installation et configuration de services (serveurs Web, bases de données)
| + | |
| - | * Sauvegarde/restauration d'un système ou de données
| + | |
| - | * Installation et configuration d'un cluster
| + | |
| | | | |
| - | Distributions linux populaires :
| + | '''Côté serveur''', on "exporte" un répertoire (et sa sous-arborescence). |
| - | * http://centos.org/
| + | |
| - | * http://fedoraproject.org/
| + | |
| - | * http://www.ubuntu.com/
| + | |
| | | | |
| - | Principales étapes d'une installation typique :
| + | Paquets nécessaires : |
| - | * récupération d'un live cd ou usb
| + | dnf list nfs-utils nfs-utils-lib |
| - | * gravure ou préparation du live media
| + | |
| - | * démarrage du système depuis ce live media
| + | |
| - | * procédure d'installation sur la machine. En général, les paramètres sont réduits au minimum pour faciliter l'adoption du système mais nous verrons que l'on peut organiser l'espace disque, la configuration réseau et les logiciels installés.
| + | |
| - | * redémarrage du système
| + | |
| - | * SELinux (Security Enhanced Linux)
| + | |
| - | * installation des dernières mises à jour
| + | |
| | | | |
| - | 1er jour (7h) : liveCD, configuration réseau, partionnement de disque, installation sur HD, service httpd, mises à jour
| + | Le répertoire partagé pour cet exemple est le répertoire sur l'ordi de David qui accueille les scans : guest@mummer:/home/guest/scan |
| | | | |
| | + | Fichier de configuration : <tt>/etc/exports</tt> sur mummer |
| | + | /home/guest/scan 195.220.42.0/255.255.255.0(rw,no_root_squash) |
| | | | |
| - | '''Lien :''' rappel de certaines commandes linus [[Linux_tips]] | + | Cela indique que ce répertoire là peut-être contacté par un client nfs depuis toute machine du sous-réseau (toute machine dont l'IP commence par 195.220.42.). |
| | | | |
| - | = Démarrage du liveCD/DVD =
| + | Démarrage (manuel) du service |
| | + | root> systemctl start nfs |
| | | | |
| - | '''Création LiveCD'''<br/>
| + | Au démarrage du système |
| - | Pour 2016-17, il s'agit de Fedora core 22 64bits (https://dl.fedoraproject.org/pub/fedora/linux/releases/22/). La dernière est la 24 mais avec les versions les plus récentes, il y a souvent (chaque année) certains logiciels ne s'installent pas. Pour créer un tel CD/DVD, il faut télécharger son image : un fichier <tt>.iso</tt> correspondant à une image de CD au format iso9660 contenant tout le système de fichiers. Pour le graver sur un CD (ou DVD), il faut utiliser un logiciel qui permet de graver une image (''burn ISO'' ou ''burn disc image'') tel que [https://fr.wikipedia.org/wiki/Brasero_(logiciel) Brasero]
| + | root> systemctl enable nfs |
| - | sous [https://www.gnome.org/ GNOME] apparemment il existe sur [https://technet.microsoft.com/en-us/magazine/dd451080.aspx Windows depuis le 7 un outil qui permet de faire ça] et sinon il en existe des gratuits.
| + | |
| | | | |
| - | '''Remarque :''' Il se peut que l'ordinateur démarre à partir du disque dur. Pour ''booter'' depuis le CD, il faut parfois accéder au menu de boot. On y accède le plus souvent avec la touche Esc, F2, F10, F12 ou delete (dépend de chaque ordi). On obtient alors soit le menu de démarrage soit le paramétrage du [[wikipedia:BIOS|BIOS]].
| |
| | | | |
| - | '''Création d'un LiveUSB'''<br/> | + | '''Côté client''' : |
| - | Il aussi est possible de créer une clé (ou disque) USB. Cela a l'avantage d'être plus rapide (à créer et pour installer le système). Par contre, cela modifie les partitions du support et pour les clés USB, cela les détériore parfois : elles ne fonctionnent plus sur un ou plusieurs ordinateurs, voire aucun et il est difficile voire impossible de les réparer.
| + | dnf list nfs-utils nfs-utils-lib |
| | | | |
| - | https://fedoraproject.org/wiki/How_to_create_and_use_Live_USB
| + | Création du répertoire où est monté l'export nfs pour cet exemple. |
| | + | root> mkdir /mnt/scan |
| | | | |
| - | '''Démarrer le PC avec le liveCD'''<br/> | + | Montage de l'export nfs avec la commande mount |
| - | Avant de procéder à l'installation, on peut explorer les fonctionnalités offertes par le liveCD. Il s'agit d'un vrai système linux et permet notamment de réparer un système défectueux (par exemple, réinstaller le bootloader, modifier le montage des partitions, ...).
| + | root> mount mummer:/home/guest/scan /mnt/scan |
| | | | |
| - | La première chose à faire est de passer en clavier français. On peut faire ça à partir de l'interface graphique, ou bien taper la commande
| + | En cas de succès, le contenu de /mnt/scan correspond à ce qu'il y a sur mummer. S'il y a des fichiers et/ou répertoires dans /mnt/scan du client (celui qui fait mount), ils ne sont plus accessibles après le montage. |
| - | # en mode graphique (server X = runlevel 5)
| + | |
| - | setxkbmap fr
| + | |
| | | | |
| - | # en mode texte (= runlevel 3)
| + | En cas d'échec, on peut désactiver le pare-feu |
| - | loadkeys fr | + | root> firewall-config |
| | | | |
| - | * Déterminer les partitions du disque dur (normalement <tt>/dev/sda</tt>).
| + | Pour débugger (option <tt>-v</tt>) |
| - | * s'il y en a, et qu'elles ne sont pas montées, monter (commande <tt>mount</tt>) dans des répertoires dans <tt>/mnt</tt> (à créer, par exemple <tt>/mnt/sda1</tt>) pour explorer les systèmes de fichiers qu'elles contiennent.
| + | root> mount -v mummer:/home/guest/scan /mnt/scan |
| - | * exercices :
| + | |
| - | ** création, formatage, montage, démontage, suppression de partitions aux différents formats et notions de LVM
| + | |
| - | ** configuration manuelle du réseau
| + | |
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| - | = Installation du système =
| + | Pour démonter le répertoire : |
| | + | root> umount /mnt/scan |
| | | | |
| - | Après avoir démarré le liveCD, il suffit de lancer l'assistant d'installation. Choisissez la langue pour l’assistant, le clavier ; régler la date et l'heure.
| + | Pour consulter les montages actifs : |
| | + | mount |
| | | | |
| - | == Configuration réseau ==
| + | Pour simplifier l'opération de montage/démontage, on peut l'ajouter au fichier '''<tt>/etc/fstab</tt>'''. |
| | | | |
| - | Pour le protocole IPv4, il faut obtenir une adresse IP valide. Ceci se fait le plus souvent via le protocole [[wikipedia:Dynamic_Host_Configuration_Protocol|DHCP]], ou bien manuellement.
| + | '''Avertissement :''' si le fichier /etc/fstab n'est pas bon, '''le système peut ne plus démarrer''' et il faudra le réparer (avec un liveCD par exemple). |
| | | | |
| - | Principe du DHCP : au démarrage du système (ou bien lorsque le câble réseau est branché), l'ordinateur demande à un serveur DHCP sur le réseau de lui attribuer une IP disponible et de lui fournir certains paramètres comme la passerelle (gateway), le masque de sous-réseau (netmask) et le(s) serveur(s) de noms ([[wikipedia:Domain_Name_System|DNS]]).
| + | Edition de /etc/fstab et ajout de la ligne : |
| | + | mummer:/home/guest/scan /mnt/scan noauto,rw,intr,nfsver=3 0 0 |
| | | | |
| - | Il n'y a pas de serveur DHCP configuré pour la P0. Entrez donc l'IP en fonction de la machine que vous utilisez :
| + | A tester avant de redémarrer avec : |
| - | 195.220.42.131 printer | + | root> umount /mnt/scan # s'il était monté |
| - | 195.220.42.132 blast | + | root> mount -a |
| - | 195.220.42.133 fasta
| + | root> mount | grep scan |
| - | 195.220.42.134 mauve
| + | |
| - | 195.220.42.135 meme
| + | |
| - | 195.220.42.136 glam
| + | |
| - | 195.220.42.137 hmmer
| + | |
| - | 195.220.42.138 mummer
| + | |
| - | 195.220.42.139 trimal
| + | |
| - | 195.220.42.140 phyml
| + | |
| - | 195.220.42.141 cytoscape
| + | |
| - | 195.220.42.146 router enseignant | + | |
| | | | |
| - |
| + | Si scan apparaît ou qu'on obtient une erreur avec <tt>mount -a</tt> il y a un problème à régler. |
| - | | + | |
| - | et pour le reste les paramètres sont les mêmes pour tout le monde :
| + | |
| - | subnet mask: 255.255.255.0
| + | |
| - | gateway: 195.220.42.1
| + | |
| - | DNS1: 195.220.59.2
| + | |
| - | DNS2: 195.220.59.6
| + | |
| - | | + | |
| - | Il semblerait que ces deux DNS fonctionnent mal. Depuis la rentrée 2015, il a été ajouté le DNS de google 8.8.8.8
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| - | | + | |
| - | '''Remarques :''' Plage d'adresses réservées à la salle P0 (pas de DHCP) : 195.220.42.131 .. 195.220.42.146 ; la première correspond à l'imprimante et la dernière correspond au routeur wifi (cf. tableau), il ne faut donc pas les utiliser. | + | |
| - | | + | |
| - | '''Commandes et fichiers :'''
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| - | ifconfig hostname nslookup getent ifup ifdown whois
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| - | /etc/sysconfig/network /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-INTERFACE /etc/hosts /etc/resolve.conf
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| - | | + | |
| - | * Linux network configuration explained on [https://opensource.com/life/16/6/how-configure-networking-linux?sc_cid=70160000000lcFwAAI opensource.com]
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| - | | + | |
| - | == Partitionnement du/des disque(s) ==
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| - | Sujet déjà évoqué dans [[Linux_tips#File_systems_.26_partitions:_fdisk.2C_gdisk.2C_parted.2C_mount.2C_lsof.2C_mkfs|Linux tips - fs & partitions]]
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| - | | + | |
| - | Pour stocker des données sur un disque, celui-ce doit d'abord être partitionné. Puis, une partition formatée (création du système de fichiers), et ensuite la partition doit être montée en un point du système de fichier.
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| - | Les disques se trouvent en général dans <tt>/dev/sdX</tt> ; X étant une lettre, a pour le premier disque, b pour le second, ... et les partitions dans <tt>/dev/sdaX</tt> ; X étant le n° de partition, 1 pour la première, ''etc.''
| + | |
| - | | + | |
| - | Le choix du partitionnement du disque est peut-être l'étape la plus délicate pour les néophytes. Il se fait très tôt (à l'installation) mais peut être modifié par la suite. Cela reste une opération sensible car il existe toujours un risque de perdre les données d'une partition voire le système.
| + | |
| - | | + | |
| - | Pour la taille des différentes partitions, cela dépend de la distribution linux. Le mieux est de se référer aux recommandations habituellement trouvées dans le guide d'administration. Par exemple pour fedora18, il est recommandé de créer au moins 4 partitions : http://docs.fedoraproject.org/en-US/Fedora/18/html/Installation_Guide/s2-diskpartrecommend-x86.html
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| - | * <tt>swap</tt> partition
| + | |
| - | * <tt>/boot</tt> partition
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| - | * <tt>/</tt> partition
| + | |
| - | * <tt>/home</tt> partition
| + | |
| - | | + | |
| - | La partition /boot est souvent à part et contient les fichiers nécessaires aux toutes premières étapes de démarrage du système. C'est donc en général une partition primaire au format <tt>ext</tt>. Les autres peuvent être des partition primaires/étendues ou bien gérées par [[wikipedia:Logical_Volume_Manager_(Linux)|LVM]].
| + | |
| - | | + | |
| - | Il est en général judicieux d'avoir une partition séparée pour /home qui contient les répertoires utilisateurs. En effet, lors d'une réinstallation du système, il est courant de formater la partition / ce qui aurait pour effet d'effacer toutes les données utilisateurs si elles ne sont pas sur une autre partition.
| + | |
| - | | + | |
| - | Pour aujourd'hui, on utilisera le paramétrage suivant :
| + | |
| - | * 1: 500Mb ext4 /boot
| + | |
| - | * 2: 100Gb ext4 /
| + | |
| - | * 3: 4Gb swap (pour pouvoir suspendre/hiberner la machine, il faut au une taille au moins égale à la RAM)
| + | |
| - | * 4: ce qui re reste pour /home
| + | |
| - | | + | |
| - | '''Commandes et fichiers :'''
| + | |
| - | fdisk parted palimpsest (ou gnome-disks) mkfs[.ext4|.ext3|.ext2|.ntfs|...] resize2fs resizepart pvdisplay pvcreate vgdisplay vgcreate lvdisplay lvcreate mount umount ...
| + | |
| - | /etc/fstab /etc/mtab /proc/partitions /dev/sd* /dev/hd* /dev/mapper/* /dev/disk/
| + | |
| - | | + | |
| - | == gestionnaire de paquets ==
| + | |
| - | | + | |
| - | A partir d'une ou plusieurs sources, ils permettent d'installer et de maintenir à jour le système et les logiciels installés.
| + | |
| - | | + | |
| - | * dnf (fedora >= 22)
| + | |
| - | * yum (fedora <22, centos)
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| - | * rpm
| + | |
| - | * apt (ubuntu)
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| - | | + | |
| - | dnf et yum peuvent être utilisés en parallèle mais mieux vaut n'en utiliser qu'un http://dnf.readthedocs.io/en/latest/user_faq.html
| + | |
| - | | + | |
| - | Ajout des sources de RPM fusion :
| + | |
| - | <!--root> dnf install http://download1.rpmfusion.org/free/fedora/rpmfusion-free-release-22.noarch.rpm http://download1.rpmfusion.org/nonfree/fedora/rpmfusion-nonfree-release-22.noarch.rpm-->
| + | |
| - | <source lang='bash'>
| + | |
| - | root> dnf install http://download1.rpmfusion.org/free/fedora/rpmfusion-free-release-$(rpm -E %fedora).noarch.rpm http://download1.rpmfusion.org/nonfree/fedora/rpmfusion-nonfree-release-$(rpm -E %fedora).noarch.rpm
| + | |
| - | </source>
| + | |
| - | | + | |
| - | === dnf ===
| + | |
| - | | + | |
| - | Quand on connait le nom. Affichage de la disponibilité (et de la version) : Exemple avec les paquets de développement du noyau (nécessaires pour compiler certains logiciels)
| + | |
| - | dnf list kernel-devel
| + | |
| - | * Si il apparaît dans ''Installed Packages'' : rien à faire à moins qu'il y ait une version plus récente :
| + | |
| - | dnf upgrade kernel-devel
| + | |
| - | * Si il apparaît dans ''Available Packages'' :
| + | |
| - | dnf install kernel-devel
| + | |
| - | | + | |
| - | | + | |
| - | Quand on ne connaît pas le nom du paquet : <tt>search</tt>. Cela a pour effet de chercher dans la description.
| + | |
| - | dnf search apache
| + | |
| - | | + | |
| - | Pour obtenir la description :
| + | |
| - | dnf info httpd
| + | |
| - | | + | |
| - | Pour chercher quels paquets contiennent un fichier donné :
| + | |
| - | dnf provides */sbin/httpd
| + | |
| - | | + | |
| - | Pour fedora avant la 22 et CentOS, c'est exactement la même chose mais avec yum, exemple :
| + | |
| - | yum list kernel-devel
| + | |
| - | | + | |
| - | Afficher le contenu d'un rpm
| + | |
| - | rpm -qpl http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
| + | |
| - | | + | |
| - | == Installation des dernières mises à jour ==
| + | |
| - | Lors d'une installation via LiveCD/DVD/USB, il est recommandé de faire les mises à jour après installation du systèmes (puis régulièrement).
| + | |
| - | | + | |
| - | Avec les systèmes RedHat (CentOs, fedora, RHEL, ...), ceci est géré avec les RPM (RedHat Package Manager) et les logiciels package-kit/software et les utilitaires rpm/yum/dnf :
| + | |
| - | root> dnf list upgrades
| + | |
| - | root> dnf upgrade
| + | |
| - | | + | |
| - | == SELinux ==
| + | |
| - | | + | |
| - | SELinux (pour Security Enhanced Linux) permet de renforcer la sécurité. En pratique, il bloque souvent des accès et peut être déroutant lors de la configuration/installation de la machine. Par exemple à une époque (à vérifier aujourd'hui), il bloquait les connexions de apache vers mysql (pour un site web dynamique php qui se connectait à une base de données) et la cause de l'impossibilité de connexion a mis du temps à être décelée.
| + | |
| - | | + | |
| - | Pour le désactiver :
| + | |
| - | vi /etc/selinux/config
| + | |
| - | Remplacer :
| + | |
| - | SELINUX=enforcing
| + | |
| - | par :
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| - | SELINUX=disabled
| + | |
| - | Sauvergarder et quitter (<tt><Esc>:wq<Enter></tt> dans vi)
| + | |
| - | | + | |
| - | Puis redémarrer la machine.
| + | |
| - | | + | |
| - | == Variables d'environnement ==
| + | |
| - | | + | |
| - | Le sccript <tt>~/.bashrc</tt> est chargé par tout processus bash à son démarrage. Cela permet de personnaliser certaines choses comme par exemple
| + | |
| - | * la variable PATH qui contient une liste de répertoires où sont recherchées les commandes
| + | |
| - | * les alias qui permettent de définir des commandes en raccourcis d'autres
| + | |
| - | | + | |
| - | Pour afficher le contenu d'une variable d'environnement :
| + | |
| - | echo $PATH
| + | |
| - | | + | |
| - | Pour le modifier :
| + | |
| - | PATH=$PATH:~/bin
| + | |
| - | | + | |
| - | Ajouter ~/bin à la variable d'environnement PATH dans .bashrc (<tt>vi ~/.bashrc</tt>).
| + | |
| - | | + | |
| - | Ajouter un alias, par exemple :
| + | |
| - | alias l='ls -lh'
| + | |
| | | | |
| | + | Options : |
| | + | * <tt>noauto</tt> : ne demande pas le montage au démarrage. C'est préférable car si mummer n'est pas allumée, le démarrage de votre ordi pourrait ne pas marcher. |
| | + | * <tt>rw</tt> : droits en lecture et en écriture |
| | + | * <tt>intr</tt> : permet au requête NFS d'être interrompue si on perd le serveur ou qu'il ne peut être contacter |
| | + | * <tt>nfsver=</tt> : spécifie quelle version du protocole utiliser |
| | | | |
| | + | Si le fichier fstab est bon on peut monter/démonter le répertoire comme suit : |
| | + | root> mount /mnt/scan |
| | + | root> umount /mnt/scan |
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| | <!-- | | <!-- |
| - | === CentOS seulement - Ajout d'une source : EPEL (Extra Packages for Enterprise Linux) ===
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| - | Afficher le contenu d'un rpm
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| - |
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| - | rpm -qpl http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
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| - |
| |
| - | Installation
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| - | rpm -Uvh http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
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| - |
| |
| - | On peut maintenant installer geany :
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| - | yum list geany
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| - | yum install geany.x86_64
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| - | -->
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| - |
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| - | = Installation d'autres logiciels =
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| - |
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| - | Il peut être plus simple de tout mettre dans un script et de le lancer en tant que <tt>root</tt> mais il faut vérifier avant que les commandes sont bonnes :
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| - | <source lang='bash'>
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| - | #!/bin/bash
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| - |
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| - | # dnf RPMs #
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| - | ############
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| - | echo kernel-devel
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| - | echo dnf -y install kernel-devel
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| - | dnf -y install kernel-devel
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| - | echo
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| - |
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| - | echo geany
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| - | echo dnf -y install geany-plugins-spellcheck.x86_64 geany.x86_64 geany-plugins-geanyprj.x86_64
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| - | dnf -y install geany-plugins-spellcheck.x86_64 geany.x86_64 geany-plugins-geanyprj.x86_64
| |
| - | echo
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| - |
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| - | echo process monitor
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| - | echo dnf -y install htop glances
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| - | dnf -y install htop glances
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| - | echo
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| - |
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| - | echo net
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| - | echo dnf -y install wget telnet firewall-config
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| - | dnf -y install wget telnet
| |
| - | echo
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| - |
| |
| - | echo libreoffice
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| - | echo dnf -y install libreoffice
| |
| - | dnf -y install libreoffice
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| - | echo
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| - |
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| - | echo transfer de fichier
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| - | echo dnf -y install filezilla
| |
| - | dnf -y install filezilla
| |
| - | echo
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| - |
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| - | echo "image manipulation (équivalent de photoshop et illustrator en FOSS)"
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| - | echo dnf -y install gimp.x86_64 inkscape.x86_64
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| - | dnf -y install gimp.x86_64 inkscape.x86_64
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| - | echo
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| - |
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| - | echo compilateur C
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| - | echo dnf -y install gcc automake autoconf
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| - | dnf -y install gcc
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| - | echo
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| - |
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| - | echo gnome configuration
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| - | echo dnf -y install gnome-tweak-tool
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| - | dnf -y install gnome-tweak-tool
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| - | echo
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| - |
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| - | echo system configuration/administration
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| - | echo dnf -y install cockpit
| |
| - | dnf -y install cockpit
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| - | echo
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| - |
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| - |
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| - |
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| - | </source>
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| - | Vous pouvez aussi copier/coller une à une les commandes <tt>dnf</tt> ou utiliser le script fourni dans les liens à la fin de cette page.
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| - |
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| - | == depuis le code source ==
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| - | Exemple avec HMMER http://hmmer.org/
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| - | Procédure typique ''configure make install''.
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| - | En général, on dispose d'une archive du code au format .tar.gz ou .tgz
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| - | On vérifie le contenu de l'archive
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| - | tar tzf hmmer...tar.gz
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| - | Cela permet de voir ce qui va être extrait (option <tt>t</tt>. On vérifie que c'est bien dans un sous-répertoire sinon l'extraction va créer un tas de fichiers dans le répertoire courant (auquel cas on créé un répertoire et on se place dedans pour faire l'extraction).
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| - |
| |
| - | '''Remarque :''' il y a plusieurs méthodes de compression/décompression (ici z pour gzip, sinon j pour bzip2 extension .tar.bz2, ... cf. <tt>man tar</tt> ).
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| - | Extraction du contenu :
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| - | tar xzf hmmer...tar.gz
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| - | * <tt>./configure</tt> permet de tester l'environnement et de configurer la compilation, notamment où installer les fichiers et où trouver les librairies partagées. <tt>./configure --help</tt> pour voir toutes les options. Si l'on ne dispose pas des droits administrateur, on ne peut pas l'installer ailleurs que dans son espace utilisateur. En général, il suffit de spécifier <tt>./configure --PREFIX=~/destination</tt>.
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| - | * <tt>make</tt> lance la compilation
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| - | * <tt>make test</tt> ou <tt>make check</tt> (parfois optionnel ou absent) vérifie le bon fonctionnement de ce qui a été compilé
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| - | * <tt>make install</tt> (habituellement en tant qu'administrateur) installe les fichiers sur le système.
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| - | Si le script ./configure se plaint de ne pas de disposer de compilateur C. Il faut donc l'installer.
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| - | dnf list gcc
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| - | dnf install gcc
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| - | == depuis un dépôt ==
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| - | Les plus utilisés sont les gestionnaires ''git'' et ''subversion''. Ils permettent notamment de faire le suivi de modifications de code source.
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| - | git est normalement déjà installé.
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| - | user# git clone https://github.com/jahendrie/cheat.git
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| - | cd cheat
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| - | user# cp -r data ~/.cheat
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| - | mkdir ~/bin
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| - | cp src/cheat.sh ~/bin/cheat
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| - | cheat -L
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| - | cheat dnf
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| - |
| |
| - | = Installation/configuration de services =
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| - |
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| - | Commandes :
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| - | * <tt>chkconfig</tt> et <tt>service</tt> (CentOS, vieilles fedora)
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| - | * <tt>systemctl</tt> (fedora plus récentes)
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| - |
| |
| - | La commande <tt>systemctl</tt> permet de gérer quels services sont démarrés ou pas avec le système.
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| - |
| |
| - | Pour afficher la liste des services :
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| - | systemctl list-unit-files
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| - |
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| - | Pour le seveur Web apache (httpd) :
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| - | systemctl status httpd
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| - |
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| - | On voit qu'il apparaît mais n'est pas activé au démarrage. Y a-t-il un serveur web ? Essayer http://localhost dans un navigateur.
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| - |
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| - | Démarrage
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| - | systemctl start httpd
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| - |
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| - | Pour qu'il soit lancé au démarrage :
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| - | systemctl enable httpd
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| - |
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| - | Vérification :
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| - | systemctl list-unit-files | grep httpd
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| - |
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| - |
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| - | == apache/httpd ==
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| - |
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| - | Pour changer la configuration du serveur Web, il faut éditer les fichiers dans /etc/httpd puis redémarrer le service
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| - | systemctl restart httpd
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| - | ou recharger la configuration
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| - | systemctl reload httpd
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| - |
| |
| - | <!--
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| - |
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| - | http://www.webmin.com/
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| - |
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| - | firewall-config
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| - |
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| - | ping
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| - |
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| - | traceroute
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| - |
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| - | route
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| - |
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| - | telnet
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| - | -->
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| - |
| |
| - | == MySQL ==
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| - |
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| - | '''Remarque :''' Dans les versions plus récente de fedora, mysql est remplacé par un ''fork'' nommé [https://mariadb.org/ MariaDB] qui s'utilise exactement de la même manière (avec les mêmes commandes mysql, mysqladmin, etc.).
| |
| - |
| |
| - | dnf install mariadb-server.x86_64 mariadb-libs.x86_64 mariadb-devel.x86_64 mariadb.x86_64
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| - |
| |
| - | Démarrage du serveur
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| - | systemctl start mariadb
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| - |
| |
| - | Configuration du serveur : il faut faire certains paramétrage juste après l'installation du serveur (mot de passe, et autres) :
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| - | /usr/bin/mysql_secure_installation
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| - |
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| - | Pour les question suivantes :
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| - | * Enter current password for root (enter for none): '''ne rien mettre + entrée'''
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| - | * Set root password? [Y/n] '''y'''
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| - | * Remove anonymous users? [Y/n] '''y'''
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| - | * Disallow root login remotely? [Y/n] '''y'''
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| - | * Remove test database and access to it? [Y/n] '''n'''
| |
| - | * Reload privilege tables now? [Y/n] '''y'''
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| - |
| |
| - | Démarrage au boot
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| - | systemctl enable mariadb
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| - |
| |
| - | '''Remarque :''' Un site assez efficace pour installer et configurer des logiciels et serveurs sur Red Hat, CentOS, Fedora est http://www.if-not-true-then-false.com/ ; par exemple pour MariaDB: http://www.if-not-true-then-false.com/2013/install-mariadb-on-fedora-centos-rhel/ vous trouverez les commandes précédentes et aussi d'autres informations : création d'une base, ajout d'un utilisateur pouvant se connecter à distance, configuration du firewall pour ouverture le port réseau pour se connecter à distance au serveur, ...
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| - |
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| - | Test du bon fonctionnement :
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| - | root> mysql -uroot -pbioinfo
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| - | MariaDB [(none)]> show databases;
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| - | MariaDB [(none)]> use mysql
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| - | MariaDB [mysql]> show tables;
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| - |
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| - | <tt>Ctrl + D</tt> ou <tt>\q</tt> ou <tt>\quit</tt> pour quitter.
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| - |
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| - | Interface Web d'administration et de gestion : '''phpMyAdmin'''
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| - |
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| - | Il faut donc installer '''PHP'''.
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| - |
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| - | == PHP ==
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| - |
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| - | dnf install php.x86_64 phpMyAdmin php-bcmath.x86_64 php-gd.x86_64 php-geshi.noarch php-mbstring.x86_64 php-mcrypt.x86_64 php-pdo.x86_64
| |
| - | systemctl restart httpd
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| - |
| |
| - | Aller à la page http://localhost/phpMyAdmin
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| - |
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| - | Ou bien test manuel, en créant dans le répertoire <tt>/var/www/html/</tt> les fichiers :
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| - | * phpinfo.php
| |
| - | <?php
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| - | phpinfo();
| |
| - | : test http://localhost/phpinfo.php
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| - | * mysql.php
| |
| - | <?php
| |
| - | $dbh = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=test', 'root', 'bioinfo');
| |
| - | var_dump($dbh);
| |
| - | : test http://localhost/mysql.php
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| - |
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| - |
| |
| - | <!--
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| - | Installation : http://www.if-not-true-then-false.com/2010/install-mysql-on-fedora-centos-red-hat-rhel/
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| - |
| |
| - | Veillez à bien faire la partie MySQL secure installation pour un serveur en production (dans votre futur job). Pour un serveur non critique faire au moins le changement du mot de passe comme indiqué un peu avant la partie 7.
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| - | mysqladmin -u root password 'bioinfo'
| |
| - | -->
| |
| - | <!--
| |
| - | '''Remarque :''' chkconfig a été remplacé par systemctl
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| - |
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| - |
| |
| - | liste des services :
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| - | systemctl list-unit-files
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| - |
| |
| - | activer un service au démarrage de la machine :
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| - | systemctl enable mysqld.service
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| - |
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| - | désactiver un service au démarrage de la machine :
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| - | systemctl disable mysqld.service
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| - |
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| - | Pour afficher les logs:
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| - | journalctl -xn
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| - |
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| - | Regarder dans /var/log/
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| - | * messages pb systèmes
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| - | * httpd/error_log erreur de script CGI/PHP
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| - | * secure.log
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| - | * Xorg.0.log
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| - |
| |
| - | == apache ==
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| - |
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| - | yum install httpd
| |
| - | chkconfig httpd on
| |
| - | -->
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| - |
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| - | Arrêt ici 1er jour (9h30 - 17h30) 06 sep 2016
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| - |
| |
| - | == R, librairies et RStudio ==
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| - | dnf install R.x86_64
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| - |
| |
| - | Ensuite, pour les librairies R, on utilise
| |
| - | * dnf
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| - | * CRAN: R> install.packages(...)
| |
| - | * Bioconductor: source("http://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite(...)
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| - |
| |
| - | === R libraries ===
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| - |
| |
| - | En cas de problème, par exemple si une librairie est dite non disponible, par exemple pour la version de R trop récente, essayer à partir d'un autre site miroir :
| |
| - | chooseCRANmirror()
| |
| - | et choisir un autre site. Cela peut aussi être dû à des '''erreurs de connexion en https''', dans ce cas sélectionner le dernier ''HTTP mirrors''
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| - |
| |
| - | CRAN
| |
| - | * lattice
| |
| - | * reshape et/ou reshape2
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| - | * dplyr
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| - | * tidyr
| |
| - | * ggplot2
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| - |
| |
| - | Bioconductor
| |
| - | * chipseq
| |
| - | * GenomicRanges
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| - | * edgeR
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| - | * DESeq2
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| - | * mixOmics
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| - |
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| - |
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| - | prérequis :
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| - | dnf install libxml2-devel mesa-libGL-devel mesa-libGLU-devel
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| - |
| |
| - | packages CRAN R nécessaires :
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| - |
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| - | root> R
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| - | R> install.packages( c('lattice','ggplot2','reshape2','rgl','dplyr','tidyr') )
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| - |
| |
| - | Pour RMarkdown, il faut mettre à jour certaines librairies :
| |
| - | R> install.packages(c('evaluate', 'formatR', 'highr', 'markdown', 'yaml', 'htmltools', 'caTools', 'bitops', 'knitr', 'rmarkdown'), repos='https://cran.univ-paris1.fr/')
| |
| - |
| |
| - | packages Bioconductor R nécessaires :
| |
| - | R> source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
| |
| - | R> biocLite( c('chipseq','GenomicRanges','edgeR','genefilter','geneplotter','DESeq2','mixOmics') )
| |
| - |
| |
| - | ===RStudio===
| |
| - | wget https://download1.rstudio.org/rstudio-0.99.903-x86_64.rpm
| |
| - | dnf -y install rstudio-0.99.903-x86_64.rpm
| |
| - |
| |
| - | Documents utiles pour RStudio et RMarkdown sur http://rmarkdown.rstudio.com/ et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html ([https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2016/03/rmarkdown-cheatsheet-2.0.pdf RMarkdown cheatsheet] et [https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf RMarkdown reference guide])
| |
| - |
| |
| - | Prérequis pour générer du PDF:
| |
| - | dnf install texlive-framed texlive-titling
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| - |
| |
| - | == Perl et BioPerl ==
| |
| - | Modules Perl : on utilise yum ou le CPAN
| |
| - | * dnf list perl-*
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| - |
| |
| - | Prérequis BioPerl:
| |
| - | dnf install perl-YAML perl-Term-ReadLine-Gnu perl-Test-Most perl-CPAN-DistnameInfo
| |
| - |
| |
| - | * ou le CPAN:
| |
| - | dnf install perl-CPAN
| |
| - | perl -MCPAN -e shell
| |
| - | m BioPerl
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| - | install LWP
| |
| - | d /bioperl/
| |
| - | install CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz
| |
| - |
| |
| - |
| |
| - | Conseil concernant les questions lors de la 1ère configuration de CPAN :
| |
| - | * Would you like to configure as much as possible automatically? [yes] '''yes'''
| |
| - |
| |
| - | Conseils concernant les questions lors de l'installation de LWP :
| |
| - | * Should I do external tests?
| |
| - | : These test will detect if there are network problems and fail soft,
| |
| - | : so please disable them only if you definitely don't want to have any
| |
| - | : network traffic to external sites. [Y/n] '''n'''
| |
| - | * These tests *will* *fail* if you do not have network connectivity. [n] '''n'''
| |
| - |
| |
| - | Conseils concernant les questions lors de l'installation de BioPerl :
| |
| - | * Do you want to run the Bio::DB::GFF or Bio::DB::SeqFeature::Store live database tests? y/n [n] '''n'''
| |
| - | * Install [a]ll BioPerl scripts, [n]one, or choose groups [i]nteractively? [a] '''a'''
| |
| - | * Do you want to run tests that require connection to servers across the internet
| |
| - | : (likely to cause some failures)? y/n [n] '''n'''
| |
| - | * Do you want to install 'xml_pp' (XML pretty printer)? [y] '''y'''
| |
| - | * Do you want to install 'xml_grep' (XML grep - grep XML files using XML::Twig's subset of XPath)? [y] '''y'''
| |
| - | * Do you want to install 'xml_split' (split big XML files)? [y] '''y'''
| |
| - | * Do you want to install 'xml_merge' (merge back files created by xml_split)? [y] '''y'''
| |
| - | * Do you want to install 'xml_spellcheck' (spellcheck XML files skipping tags)? [y] '''y'''
| |
| - | * Configuring G/GO/GOZER/mod_perl-1.31.tar.gz with Makefile.PL
| |
| - | : Enter `q' to stop search
| |
| - | : Please tell me where I can find your apache src
| |
| - | : [../apache_x.x/src] '''q'''
| |
| - |
| |
| - | = Configuration du firewall =
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| - |
| |
| - |
| |
| - | C'est maintenant avec <tt>firewall-config</tt>. Il faudrait que les services suivants soient accessibles dans la '''Configuration permanente''' :
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| - | * http et https
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| - | * mysql
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| - | * nfs
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| - | * ssh
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| - |
| |
| - | = Autres logiciels spécifiques =
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| - |
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| - | == Zotero ==
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| - |
| |
| - | A partir de https://www.zotero.org : Cliquer sur Download puis Installer le plug-in firefox (à gauche).
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| - |
| |
| - | == boost 1.55.0 ==
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| - |
| |
| - | * download boost 1.55 (and not an other version) from http://www.boost.org/users/history/version_1_55_0.html
| |
| - | * then, untar (tar xjf ... for .tar.bz2 or tar xzf for .tar.gz)
| |
| - | * then, cd boost_1_55...
| |
| - | root> ./bootstrap.sh
| |
| - | root> ./b2 install
| |
| - |
| |
| - | == abyss ==
| |
| - |
| |
| - | * prérequis:
| |
| - | dnf install sqlite-devel.x86_64
| |
| - | git clone https://github.com/sparsehash/sparsehash
| |
| - | cd sparsehash/
| |
| - | ./configure
| |
| - | make
| |
| - | make check
| |
| - | make install
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| - |
| |
| - |
| |
| - | * abyss version : version 1.5.2 http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.5.2
| |
| - |
| |
| - | wget https://github.com/bcgsc/abyss/releases/download/1.5.2/abyss-1.5.2.tar.gz
| |
| - | tar xzf abyss-1.5.2.tar.gz
| |
| - | cd abyss-1.5.2/
| |
| - | ./configure
| |
| - | make
| |
| - | make install
| |
| - |
| |
| - | == samtools ==
| |
| - |
| |
| - | prérequis : curses.h
| |
| - |
| |
| - | pour trouver le rpm à installer :
| |
| - | dnf provides */curses.h
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| - |
| |
| - | c'est bien sûr ncurses-devel donc :
| |
| - | dnf install ncurses-devel
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| - |
| |
| - |
| |
| - | La dernière version à récupérer sur http://www.htslib.org/download/
| |
| - | wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2
| |
| - | tar xjf samtools-1.3.1.tar.bz2
| |
| - | cd samtools-1.3.1
| |
| - | make
| |
| - | make install
| |
| - |
| |
| - | == tabix ==
| |
| - | * dernière version à récupérer sur http://www.htslib.org/download/
| |
| - | wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.3.1/htslib-1.3.1.tar.bz2
| |
| - | tar xjf htslib-1.3.1.tar.bz2
| |
| - | cd htslib-1.3.1
| |
| - | ./configure
| |
| - | make
| |
| - | make install
| |
| - |
| |
| - | == bwa ==
| |
| - |
| |
| - | Chez ''sourceforge'', la liste des versions disponibles : https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/
| |
| - |
| |
| - | On récupère la dernière :
| |
| - | wget downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.15.tar.bz2
| |
| - | tar tjf bwa-0.7.15.tar.bz2
| |
| - | tar xjf bwa-0.7.15.tar.bz2
| |
| - | cd bwa-0.7.15
| |
| - | make
| |
| - | cd ~/bin
| |
| - | ln -s ~/install/bwa-0.7.15/bwa
| |
| - | cd
| |
| - | bwa
| |
| - | ldd ~/bin/bwa # vérification des librairies utilisées
| |
| - |
| |
| - | == MACS2 ==
| |
| - |
| |
| - | '''Prérequis:'''<br/>
| |
| - | A lire dans https://github.com/taoliu/MACS puis le README. Il faut apparemment Python 2.7, Numpy (>=1.6) gcc, Cython (>=0.18).
| |
| - |
| |
| - | pip list
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| - |
| |
| - | numy 1.9.2 est installé. Mise à jour de pip, un peu vieux :
| |
| - | pip install --upgrade pip
| |
| - |
| |
| - | Pour Cython, il faut aller sur http://cython.org qui nous indique de l'installer avec PyPI -- http://pypi.python.org/pypi/Cython/ -- et donc avec la commande pip :
| |
| - | pip install Cython --install-option="--no-cython-compile"
| |
| - |
| |
| - | '''Installation :'''<br/>
| |
| - | Et encore d'après le README, on utilise ensuite pip pour installer MACS2, mais avant cela il manque encore une librarie (python-devel) :
| |
| - | dnf install python-devel
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| - | pip install MACS2
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| - |
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| - | == fastqc ==
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| - |
| |
| - | Le site http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
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| - |
| |
| - | Les liens de téléchargements http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
| |
| - |
| |
| - | Les instructions pour l'installation http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/INSTALL.txt
| |
| - |
| |
| - | Il faut notamment java >= 1.6
| |
| - |
| |
| - | guest> wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
| |
| - | unzip -l fastqc_v0.11.5.zip
| |
| - | unzip fastqc_v0.11.5.zip # car tout est dans un sous-répertoire
| |
| - | cd FastQC
| |
| - | chmod +x fastqc
| |
| - | ./fastqc
| |
| - |
| |
| - | Ca marche !
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| - |
| |
| - | cd
| |
| - | mv Downloads/FastQC ~/bin/
| |
| - | cd ~/bin
| |
| - | ln -s FastQC/fastqc
| |
| - |
| |
| - | == Java ==
| |
| - |
| |
| - | Téléchargement de Java 1.6 d'Oracle depuis http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/java-archive-downloads-javase6-419409.html car la plus récente nécessite de s'enregistrer. Donc afin d'éviter enregistrement jdk6u24 a été pris http://download.oracle.com/otn/java/jdk/6u24-b07/jdk-6u24-linux-x64-rpm.bin
| |
| - |
| |
| - | Il faut lancer l'exécutable une fois téléchargé pour l'installation
| |
| - | root> ./jdk-6u24-linux-x64-rpm.bin
| |
| - |
| |
| - | Cela installe Java dans <tt>/usr/java</tt>
| |
| - |
| |
| - | Ensuite, il faut configurer le système pour choisir la nouvelle version d'installée avec la commande <tt>alternatives</tt>.
| |
| - | which java # on obtient /usr/bin/java
| |
| - | ll /usr/bin/java # on obtient quelque chose comme lrwxrwxrwx 1 root root 22 10 juil. 2015 /usr/bin/java -> /etc/alternatives/java
| |
| - | ll /etc/alternatives/java # donne quelque chose comme lrwxrwxrwx 1 root root 30 10 juil. 2015 /etc/alternatives/java -> /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.102-1.b14.fc23.x86_64/jre/bin/java
| |
| - |
| |
| - | Pour sélectionner entre différentes version
| |
| - | root> alternatives --config java
| |
| - |
| |
| - | On obtient quelque chose comme
| |
| - | Selection Command
| |
| - | -----------------------------------------------
| |
| - | *+ 1 /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.102-1.b14.fc23.x86_64/jre/bin/java
| |
| - |
| |
| - | Enter to keep the current selection[+], or type selection number:
| |
| - |
| |
| - | Pour ajouter une alternative (la version que l'on vient d'installer) :
| |
| - | alternatives --install /usr/bin/java java /usr/java/jdk1.6.0_24/bin/java 16024
| |
| - |
| |
| - | Puis
| |
| - | alternatives --config java
| |
| - |
| |
| - | nous propose
| |
| - | Selection Command
| |
| - | -----------------------------------------------
| |
| - | *+ 1 /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.102-1.b14.fc23.x86_64/jre/bin/java
| |
| - | 2 /usr/java/jdk1.6.0_24/jre/bin/java
| |
| - | Enter to keep the current selection[+], or type selection number: '''2'''
| |
| - |
| |
| - | Ensuite faire pareil pour le compilateur java (javac)
| |
| - | alternatives --install /usr/bin/'''javac''' '''javac''' /usr/java/jdk1.6.0_24/bin/'''javac''' 16024
| |
| - | alternatives --config '''javac'''
| |
| - |
| |
| - | Pour la commande alternatives, voir le manuel <tt>man alternatives</tt>. pour <tt>--install</tt> l'ordre des paramètres est :
| |
| - | alternatives --install link name path priority
| |
| - |
| |
| - | * link est la commande à installer (obtenue avec de <tt>which java</tt>)
| |
| - | * name est le nom de l'alternative utilisée dans <tt>alternatives --config</tt> par exemple
| |
| - | * path est le chemin de l'exécutable (que l'on vient d'installer)
| |
| - | * priority est utilisée lors des mises à jour ou d'installations de logiciels qui remplace la commande. Par défaut, la priorité la plus forte est utilisée. Ainsi, si on installe jdk7u32 (1.7.0.32), la priorité devrait être plus importante (17032).
| |
| - |
| |
| - | == IGV (Integrated Genomics Viewer) ==
| |
| - |
| |
| - | Soit par Java Web Start, soit en téléchargeant l'application (en tant qu'utilisateur et non root) :
| |
| - | wget http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/IGV_2.3.81.zip
| |
| - | unzip -l IGV_2.3.81.zip
| |
| - | unzip IGV_2.3.81.zip
| |
| - | cd IGV_2.3.81
| |
| - | ./igv.sh
| |
| - | cd ~/bin
| |
| - | ln -s ~/Downloads/IGV_2.3.81/igv.sh igv
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| - |
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| - | == snpEff ==
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| - |
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| - | wget http://downloads.sourceforge.net/project/snpeff/snpEff_latest_core.zip
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| - | unzip -l snpEff_latest_core.zip
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| - | unzip snpEff_latest_core.zip
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| - | cd snpEff/
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| - |
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| - | Là, il faut java >= 1.7
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| - |
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| - | root> alternatives --config java
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| - | guest> java -jar snpEff.jar
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| - |
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| - | == Python modules ==
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| - | python 3 + libs : theano, matplotlib
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| - | dnf install python3-theano python3-matplotlib
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| - |
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| - | Arrêt ici 2èmé jour (9h30 - 18h00) 07 sep 2016
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| - |
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| - | == Scala IDE ==
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| - |
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| - | <!-- David Bouyssié 2015 -->
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| - |
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| - | * Scala IDE : http://scala-ide.org/download/sdk.html
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| - |
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| - | Téléchargement et extraction du .tar.gz puis lancement sans problème de eclipse. L'ensemble a été déplacé dans /home/guest/bin/eclipse-4.4.1
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| - |
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| - | lancement depuis n'importe où pour l'utilisateur guest :
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| - | eclipse
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| - |
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| - | == GNA ==
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| - | Nécessite Java 1.6, pour sélectionner la version de java :
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| - | root> alternatives --config java
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| - |
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| - | Installé dans /home/guest/bin/GNA_8.4.0
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| - |
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| - | Le script de lancement a dû être modifié car la mauvaise version de java était utilisée (cf. lignes 383-384 du fichier genetic_network_analyzer)
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| - |
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| - | Pour le lancer de n'importe où (guest) :
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| - | GNA
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| - |
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| - | == COPASI ==
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| - |
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| - | Site http://copasi.org/
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| - |
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| - | Téléchargements : http://copasi.org/Download//
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| - |
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| - | From binaries:
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| - | wget https://github.com/copasi/COPASI/releases/download/Build-104/COPASI-4.16.104-Linux-64bit.tar.gz
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| - | tar tzf COPASI-4.16.104-Linux-64bit.tar.gz COPASI-4.16.104-Linux-64bit/
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| - | tar xzf COPASI-4.16.104-Linux-64bit.tar.gz COPASI-4.16.104-Linux-64bit/
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| - | cd COPASI-4.16.104-Linux-64bit/
| |
| - | ll
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| - | ll bin/
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| - | bin/CopasiUI
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| - |
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| - | Erreur, il manque une librairie sur le système : ''/home/guest/Downloads/COPASI-4.16.104-Linux-64bit/share/copasi/lib/CopasiUI: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory''
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| - |
| |
| - | Recherche du paquet à installer :
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| - | root> dnf provides */libpng12.so.0
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| - |
| |
| - | Il faut donc installer libpng12 :
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| - | root> dnf install libpng12
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| - |
| |
| - | Ca marche donc il est déplacé dans /home/guest/bin/
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| - | mv ~/Downloads/COPASI-4.16.104-Linux-64bit ~/bin/
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| - |
| |
| - | Et création du lien symbolique pour le lancer de n'importe où :
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| - | ln -s ~/bin/COPASI-4.16.104-Linux-64bit/bin/CopasiUI ~/bin/COPASI
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| - | cd
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| - | COPASI
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| - |
| |
| - | == Snoopy ==
| |
| - | * Snoopy : http://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy#downloads
| |
| - | wget http://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/track/download.php?id=176 -O snoopy-stable-linux-ubuntu64-2016-07-03.tgz
| |
| - | tar tzf snoopy-stable-linux-ubuntu64-2016-07-03.tgz
| |
| - | tar xzf snoopy-stable-linux-ubuntu64-2016-07-03.tgz
| |
| - | cd snoopy2
| |
| - | ./bin/snoopy
| |
| - | ldd ./bin/snoopy
| |
| - | # Problème : il manque des librairies partagées
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| - | ls -lh lib
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| - | export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/Downloads/snoopy2/lib
| |
| - | ./bin/snoopy
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| - |
| |
| - | Ca fonctionne, on créé le lien symbolique et on le déplace dans bin et on ajoute le chemin des librairies dans ~/.bashrc :
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| - | cd ..
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| - | mv snoopy2 ~/bin
| |
| - | ln -s ~/bin/snoopy2/bin/snoopy ~/bin/
| |
| - |
| |
| - | Dans geany ajouter la ligne suivante au fichier .bashrc (geany ~/.bashrc)
| |
| - | export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/bin/snoopy2/lib
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| - |
| |
| - | Test :
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| - | bash # pour utiliser le nouveau .bashrc
| |
| - | snoopy
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| - |
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| - | == VirtualBox ==
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| - |
| |
| - | Site: https://www.virtualbox.org et pour les téléchargements pour linux https://www.virtualbox.org/wiki/Linux_Downloads
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| - |
| |
| - | VirtualBox 5.1.4 pour Fedora 22
| |
| - | wget http://download.virtualbox.org/virtualbox/5.1.4/VirtualBox-5.1-5.1.4_110228_fedora22-1.x86_64.rpm
| |
| - | dnf install VirtualBox-5.1-5.1.4_110228_fedora22-1.x86_64.rpm
| |
| - |
| |
| - | En le lançant en ligne de commande, il y a un message indiquant qu'il manque des paquets :
| |
| - | root> dnf install kernel-*
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| - |
| |
| - | Et ensuite, il faut reconfigurer VirtualBox
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| - | root> /sbin/vboxconfig
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| - |
| |
| - | == pymol ==
| |
| - |
| |
| - | Site https://www.pymol.org/
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| - |
| |
| - | root> dnf install freeglut-devel glew-devel
| |
| - | root> python setup.py build install
| |
| - |
| |
| - |
| |
| - | <!--
| |
| - | Click on '''Download'''
| |
| - |
| |
| - | Click in section '''Students and Instructors''' on http://pymol.org/educational/ then you will be brought to a regitration form.
| |
| - |
| |
| - | * pymol (Pb de compilation)
| |
| - | yum install freeglut.x86_64 freeglut-devel.x86_64 python-pmw python-devel.x86_64 glew.x86_64 glew-devel.x86_64
| |
| - | -->
| |
| - |
| |
| - | == VMD ==
| |
| - |
| |
| - | cd vmd-1.9.2
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| - | less README
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| - | root> ./configure
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| - | root> cd src
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| - | root> make install
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| - | guest> vmd
| |
| - |
| |
| - | <!--
| |
| - | Problem: download needs login, thus registration almost probably a licence
| |
| - |
| |
| - | Site http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
| |
| - |
| |
| - | Download page http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD
| |
| - | -->
| |
| - |
| |
| - | == Qt 4.8 ==
| |
| - |
| |
| - | Il est déjà installé avec cette version (au 12 septembre 2016) :
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| - | dnf list qt # ou
| |
| - | dnf info qt
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| - |
| |
| - | == Gromacs ==
| |
| - |
| |
| - | avec dnf
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| - | dnf list gromacs
| |
| - | root> dnf install gromacs
| |
| - |
| |
| - | == Webmin ==
| |
| - | * Webmin (interface web pour l'administration du système)
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| - |
| |
| - | Installer le paquet puis aller sur https://localhost:10000
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| - |
| |
| - | == Imprimante/Scanner ==
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| - |
| |
| - | L'installation dépend de la distribution ainsi que de la manière dont est gérée la file d'impression. Pour les systèmes les plus récents, l'installation n'est pas trop difficile mais pour ce qui est des imprimantes exotiques cela se gère au cas par cas.
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| - |
| |
| - | Pour la salle P0, l'imprimante est une imprimante réseau (HP LaserJet M425dn). Pour l'installer sous CentOS6.7:
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| - | yum install cups system-config-printer
| |
| - | service cups start
| |
| - | Puis dans le menu System - Administration - Printing : connect (localhost), add network printer - AppSocket/HP JetDirect (IP: 195.220.42.131, port: 9100), HP - LaserJet PCL 4/5 (recommended)
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| - |
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| - |
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| - |
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| - | '''Scanner'''
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| - | * Configurer pour l'ordi de David mummer (il faut qu'il soit allumé).
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| - | * Sur le scanner faire ''Numériser'' puis ''Numériser vers un ordi''
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| - | * le fichier PDF se retrouve sur mummer
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| - | * pour le récupérer via nautilus
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| - | ** Connect to server...
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| - | ** smb://mummer
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| - | ** aller dans le répertoire scan (utilisateur guest avec son mot de passe)
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| - |
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| - |
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| - |
| |
| - | <!--
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| - | connecté sur le serveur vulcain qui gère donc la file d'impression. L'installation est détaillée sur la page :
| |
| - | [http://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/index.php/Salle#Printer_HP_LaserJet_2420d Salle P0 HP LasetJet 2420d]
| |
| - | -->
| |
| - |
| |
| - | = Sauvegardes et restaurations =
| |
| - |
| |
| - | == dd ==
| |
| - | Pour des tables de partition de type dos :
| |
| - | * sauvegarde du Master Boot Record (MBR = secteur de démarrage)
| |
| - | dd if=/dev/sda of=mbr.dd bs=512 count=1
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| - |
| |
| - | * copie physique d'une partition
| |
| - | dd if=/dev/sda1 of=sda1.dd
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| - |
| |
| - | Il y a aussi l'utilitaire dédié sfdisk mais il ne gère pas les tables de partition de type gpt :
| |
| - |
| |
| - | backup:
| |
| - | sfdisk --dump /dev/sda > sda.partitions
| |
| - |
| |
| - | restore (attention, peut rendre le disque inutilisable si mauvais fichier/device ou mauvaise manipulation):
| |
| - | sfdisk /dev/sda < sda.partitions
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| - |
| |
| - | Pour les tables de type gpt :
| |
| - |
| |
| - | backup :
| |
| - | sgdisk -b sda.partitions /dev/sda
| |
| - |
| |
| - | restore (attention, peut rendre le disque inutilisable si mauvais fichier/device ou mauvaise manipulation):
| |
| - | sgdisk -l sda.partitions /dev/sda
| |
| - |
| |
| - | == tar ==
| |
| - | tar (tape archive)
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| - |
| |
| - | avec l'option ''p'' pour préserver les permission (rwx), et on exclut certains répertoires (ex: home) pour ne garder que le systèmes (sans les répertoires spéciaux comme /proc ou /sys). '''Remarque :''' Il faudra recréer ces répertoires lors de la restauration.
| |
| - |
| |
| - | * On créé un répertoire pour l'archive
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| - | mkdir /mnt/backup
| |
| - | cd /mnt/backup
| |
| - |
| |
| - | * /dev/sda1 montée sur /boot
| |
| - | tar cpjf boot.sda1.tar.bz2 /boot
| |
| - |
| |
| - | * /dev/sda2 montée sur /
| |
| - | tar cpjf rootfs.sda2.tar.bz2 \
| |
| - | --exclude=/proc \
| |
| - | --exclude=/mnt \
| |
| - | --exclude=/sys \
| |
| - | --exclude=/lost+found \
| |
| - | --exclude=/media \
| |
| - | --exclude=/home \
| |
| - | /
| |
| - |
| |
| - | * /dev/sda4 montée sur /home
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| - | tar cpjf home.sda4.tar.bz2 /home
| |
| - |
| |
| - | == rsync ==
| |
| - | rsync permet de "synchroniser" un fichier ou une sous-arborescence de répertoire, c'est-à-dire faire un miroir exact ou bien recopier seulement ce qui a été modifié, ou bien rajouter ce qui a été modifié, ..., et ceci éventuellement entre deux machines.
| |
| - |
| |
| - | Cela peut être utile pour faire une sauvegarde de ces données personnelles :
| |
| - | rsync --dry-run \
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| - | --archive --hard-links --delete --acls --xattrs --one-file-system \
| |
| - | --itemize-changes --stats -h \
| |
| - | --exclude='*/.thumbnails' --exclude='*/Cache' --exclude='*/.cache' --exclude='*/.gvfs'
| |
| - | /home/ /mnt/home_backup/
| |
| - |
| |
| - | = NFS (Network File System) =
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| - |
| |
| - | '''Côté serveur''', on "exporte" un répertoire (et sa sous-arborescence).
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| - |
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| - | Paquets nécessaires :
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| - | dnf list nfs-utils nfs-utils-lib
| |
| - |
| |
| - | Répertoire partagé pour cet exemple :
| |
| - | mkdir /partage
| |
| - |
| |
| - | Fichier de configuration : <tt>/etc/exports</tt>
| |
| - | /partage 195.220.42.0/255.255.255.0(rw,no_root_squash)
| |
| - |
| |
| - | Démarrage (manuel) des services
| |
| - | service rpcbind start
| |
| - | service nfs start
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| - |
| |
| - | Au démarrage du système
| |
| - | chkconfig rpcbind on
| |
| - | chkconfig nfs on
| |
| - |
| |
| - |
| |
| - | '''Côté client''' :
| |
| - | yum install nfs-utils nfs-utils-lib
| |
| - |
| |
| - | Répertoire où est monté l'export nfs pour cet exemple
| |
| - | mkdir /mnt/nfs.24
| |
| - |
| |
| - | Montage de l'export nfs
| |
| - | mount 195.220.42.24:/partage /mnt/nfs.24
| |
| - |
| |
| - | En cas d'échec, on peut désactiver le pare-feu
| |
| - | service iptables stop
| |
| - |
| |
| - | Pour débugger (option <tt>-v</tt>)
| |
| - | mount -v 195.220.42.24:/partage /mnt/nfs.24
| |
| - |
| |
| | == automount / autofs == | | == automount / autofs == |
| | | | |
| Line 1,090: |
Line 122: |
| | Pour cette exemple, l'export de Mélany est monté automatiquement sur le répertoire /p0/138 | | Pour cette exemple, l'export de Mélany est monté automatiquement sur le répertoire /p0/138 |
| | ll /p0/138 | | ll /p0/138 |
| - | | + | --> |
| - | = oublis =
| + | |
| - | * LVM puis parted, gparted
| + | |
| - | * gnome software / packages / yumex /
| + | |
| - | * packages installed with dnf: htop, glances, gimp, inkscape, tweak-tool...
| + | |
| - | * photo du groupe pour le site
| + | |
| - | | + | |
| - | = A ajouter =
| + | |
| - | | + | |
| - | * jupyter
| + | |
| - | * Sun Grid Engine (now Oracle ?)
| + | |
| - | * backup CentOS and restore in Virtual machines
| + | |
| - | * Neo4j
| + | |
| - | * cytoscape ?
| + | |
| - | * igraph ?
| + | |
| - | * scikitlearn ...
| + | |
| - | * firebug, dictionnaries?
| + | |
| - | | + | |
| - | = Liens et autres =
| + | |
| - | * Extensions de Gnome http://extensions.gnome.org
| + | |
| - | * eBooks sur enseignant:Documents
| + | |
Le répertoire partagé pour cet exemple est le répertoire sur l'ordi de David qui accueille les scans : guest@mummer:/home/guest/scan
Cela indique que ce répertoire là peut-être contacté par un client nfs depuis toute machine du sous-réseau (toute machine dont l'IP commence par 195.220.42.).
En cas de succès, le contenu de /mnt/scan correspond à ce qu'il y a sur mummer. S'il y a des fichiers et/ou répertoires dans /mnt/scan du client (celui qui fait mount), ils ne sont plus accessibles après le montage.
