M1 MABS BBS Math TD Proba
From silico.biotoul.fr
(Difference between revisions)
m (Created page with '= Loi hypergéométrique = <math>p=\sum^{min(q,t)}_{k=c}\frac{C^k_t\times C^{q-k}_{g-t}}{C^q_g}</math> appliquée à la sur-représentation d'une annotation dans un ensemble de …') |
m (→Vraissemblance) |
||
Line 27: | Line 27: | ||
<math>P(A/B) = \frac{P(A \cap B)}{P(B)} = \frac{P(B/A) \times P(A)}{P(B)}</math> | <math>P(A/B) = \frac{P(A \cap B)}{P(B)} = \frac{P(B/A) \times P(A)}{P(B)}</math> | ||
- | [[Media:Maths Proba Alignement RBS.txt|Alignement]] de séquences RBS | + | [[Media:Bsubtilis_RBS.fasta|Séquences]] upstream du codon start chez ''B. subtilis''. |
+ | |||
+ | [[Media:Maths Proba Alignement RBS.txt|Alignement]] de séquences RBS de ''B. subtilis''. | ||
[[Media:Maths Proba Sequence test.txt|Séquence]] test | [[Media:Maths Proba Sequence test.txt|Séquence]] test |
Revision as of 07:35, 28 October 2011
Loi hypergéométrique
appliquée à la sur-représentation d'une annotation dans un ensemble de gènes, c'est-à-dire à la comparaison de 2 ensembles :
- c: nombre de gènes communs
- q: nombre de gènes du premier ensemble (query par exemple gènes différentiellement exprimés ou co-exprimés)
- t: nombre de gènes du deuxième ensemble (target par exemple gènes annotatés 'biosynthèse des acides aminés')
- g: nombre de gènes dans le génome
A quoi correspondent ? et ?
Rappel : Combinaisons:
- Calculer la p-valeur pour c=30, q=100, t=300 et g=20000
- Quelle est le plus grand nombre x pour lequel vous pouvez calculer x! ?
Vraissemblance
Rappel :
Séquences upstream du codon start chez B. subtilis.
Alignement de séquences RBS de B. subtilis.
Séquence test