M1 MABS BBS Math TD Proba
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Revision as of 07:38, 28 October 2011
Loi hypergéométrique
appliquée à la sur-représentation d'une annotation dans un ensemble de gènes, c'est-à-dire à la comparaison de 2 ensembles :
- c: nombre de gènes communs
- q: nombre de gènes du premier ensemble (query par exemple gènes différentiellement exprimés ou co-exprimés)
- t: nombre de gènes du deuxième ensemble (target par exemple gènes annotatés 'biosynthèse des acides aminés')
- g: nombre de gènes dans le génome
A quoi correspondent ? et ?
Rappel : Combinaisons:
- Calculer la p-valeur pour c=30, q=100, t=300 et g=20000
- Quelle est le plus grand nombre x pour lequel vous pouvez calculer x! ?
Vraissemblance
Rappel :
Séquences upstream du codon start chez B. subtilis.
Conservation du motif RBS. Pour s'en convaincre, on peut utiliser WebLogo.
Alignement de séquences RBS de B. subtilis.
Séquence test