Controle Continu 2015 2016
From silico.biotoul.fr
(Created page with '=== Controle Continu Décembre 2015, Durée Examen 2h === Veuillez indiquez vos réponses sur la feuille d'examen. Pensez a indiquer vos noms et prénoms == Exercice I == 1) …') |
(→Exercice I) |
||
Line 6: | Line 6: | ||
== Exercice I == | == Exercice I == | ||
- | 1) Combien de séquence protéique STE12 du champignon Colletotrichum higginsianum sont disponibles dans la base de données RefSeq du NCBI ? | + | 1) Combien de séquence protéique STE12 du champignon ''Colletotrichum higginsianum'' sont disponibles dans la base de données RefSeq du NCBI ? |
2) Indiquez votre requête | 2) Indiquez votre requête | ||
Line 14: | Line 14: | ||
*b) Quelle est la nature de cette séquence? | *b) Quelle est la nature de cette séquence? | ||
*c) Quelle est la fonction de cette séquence ? | *c) Quelle est la fonction de cette séquence ? | ||
- | *d) Schématisez l’architecture de cette séquence ? | + | *d) Schématisez l’architecture de cette séquence ? |
+ | |||
+ | == Exercice II == | ||
+ | |||
+ | Soit les séquences Seq1 et Seq2. | ||
+ | |||
+ | |||
+ | >SEQ1 | ||
+ | |||
+ | CTCGAGTCTTGGCTCATTCTTCTTTCACTAGCCTGAACTGTTCCTTTTGCGTTACTTCTTGTCTCATACA | ||
+ | TTCTGATACTGCGTATCAAGTCACTCTCTAAAGAAACAAGCAACCAATCATCACCACCACCAACAAACCA | ||
+ | GCAAACATCTCTGCCAAGATGGTCTCTTACCTCTTCGTGCTCGGCGCCCTGGCTTCTGTTGCCATCGCCT | ||
+ | CCCCCGTCCCCGAGCTCAAGGCCCGCGCCAGCTGCACCTTCACCGATGCTGCCTCTGCCATCAAGGGCAA | ||
+ | GGCCAGCTGCACCACCATCGTCCTCAACAATATTGCGGTCCCTGCCGGCACCACCCTCGACATGACCGGC | ||
+ | CTCAAGTCTGGCACTCACGTAAGTTTCTCTCTCTCTCTCAGTCTCATTATCTGTTCCTAGAGACATCCAC | ||
+ | CAACACACCCTTCAACAGGTCACCTTCCAAGGCAAAACCACCTTCGGCTACAAGGAGTGGGAGGGCCCCC | ||
+ | TCATCTCCTTCTCCGGCTCCAACGTCGTCATCGACGGCGCCTCCGGCCACTCCATCGACTGCCAGGGCTC | ||
+ | CCGCTGGTGGGACTCCAAGGGCGGCAACGGCGGCAAGACCAAGCCCAAGTTCTTCTACGCCCACAGCCTC | ||
+ | AAGGACTCGACCATCAGGGGCCTCCACACGCTCAACACCCCCGTCCAGGCCTTCTCCATCAACGGCGCCG | ||
+ | CCAACCTCGGCGTCTACGACGTCTCCGTCGACAACTCGGCCGGCGACTCCGCCGGCGGCCACAACACCGA | ||
+ | CGCCTTCGACGTCGGCTCCTCCACCGGCGTCTACATCTCTGGCGCCGACGTCAAGAACCAGGACGACTGC | ||
+ | CTCGCCGTCAACTCGGGCACCAATATTACCTTCACCGGCGGCACCTGCTCCGGCGGCCACGGTCTTTCCA | ||
+ | TCGGCTCCGTTGGCGGCCGCAAGGATAATGTCGTCAAGAGCGTCAGCATCACCAACTCCAAGATTATCAA | ||
+ | CTCGGATAACGGCGTGCGTATCAAGACCGTGGCCGGCGCTACTGGTCCCGTTTCCGACATCACCTACTCG | ||
+ | GGCATCACCCTCTCCAACATCGCCAAGTACGGCATCGTCATCGAACAGGACTACGAGAACGGTTCTCCCA | ||
+ | CCGGCAAGCCCACCTCCGGTGTCCCTATTTCCGGCCTCACCCTCAGCAAGATCAGCGGTTCCGTCTCCTC | ||
+ | CTCCGCCACCCCCGTTTACATCCTCTGCGCCTCCTGCACCAACTGGAAGTGGTCCGGCGTCAGCGTCACC | ||
+ | GGCGGCAAGAAGTCCTCCAAGTGCACCGGTATCCCCAGCGGGAGCGGTGCTGCTTGCTAAGCGGCTGAGT | ||
+ | CTTTACGCGCGGACTCGGGGTGAGCGCTCAATCTCTCACACCTATATAGGTACACACACAAACATACTGC | ||
+ | GGACTTGGTCGGTCGACACACGGTCTCCGGGGCTAGTTTTCTCCCTTGAGGAGCACAAGACACCGCTCGC | ||
+ | GGAGTGAAGCTGGACTGTCTTTCTTGTAATTAATTGGGTCCTGTCTGAGGTGTCCGTCCATCCCTCCCTG | ||
+ | GGGATGCAAATATTTCCTGTATATATTTCCTTTACTCCCCTCGTCTCCTTCTTCGACGAGGGTGGTGGAA | ||
+ | CAAACATAGCTTGATCCAAATTGATGTGCTTTGGACGCAATTTCGCTGCCGTCTTTCCCGTGCCGGTAAT | ||
+ | CTACAAGGAACCGTGGTCTG | ||
+ | |||
+ | >SEQ2 | ||
+ | |||
+ | TCGGCGCCCTGGCTTCTGTTGCCATCGCCTCCCCCGTCCCCGAGCTCAAGGCCCGCGCCA | ||
+ | GCTGCACCTTCACCGATGCTGCCTCTGCCATCAAGGGCAAGGCCAGCTGCACCACCATCG | ||
+ | TCCTCAACAATATTGCGGTCCCTGCCGGCACCACCCTCGACATGACCGGCCTCAAGTCTG | ||
+ | GCACTCACGTAAGTTTCTCT | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | 1) Quel type d’alignement pouvez-vous faire pour comparer ces 2 séquences ? Expliquez. | ||
+ | |||
+ | 2) Quelle(s) hypothèse(s) vous pouvez faire sur la nature de ces 2 séquences ? | ||
+ | |||
+ | 3) À quoi correspond le pourcentage de similarité ? | ||
+ | |||
+ | 4) La séquence seq1 est-elle codante ? Si oui, quelle est la fonction de la protéine associée ? Expliquez. | ||
+ | |||
+ | |||
+ | == Exercice III == | ||
+ | |||
+ | Récupérer la séquence CAA65843.1. | ||
+ | |||
+ | 1) Représentez l’architecture de cette séquence. | ||
+ | |||
+ | 2) A quoi correspond le lien croise ‘db_xref="InterPro:IPR000177’ ? | ||
+ | |||
+ | 3) Les données sur cette séquences ont–elles été validées par un annotateur expert ? Justifiez votre réponse | ||
== Exercice II == | == Exercice II == |
Revision as of 09:40, 14 December 2015
Contents |
Controle Continu Décembre 2015, Durée Examen 2h
Veuillez indiquez vos réponses sur la feuille d'examen. Pensez a indiquer vos noms et prénoms
Exercice I
1) Combien de séquence protéique STE12 du champignon Colletotrichum higginsianum sont disponibles dans la base de données RefSeq du NCBI ?
2) Indiquez votre requête
3) On s'intéresse maintenant à la séquence KNG52032
- a) A quel organisme appartient cette séquence ?
- b) Quelle est la nature de cette séquence?
- c) Quelle est la fonction de cette séquence ?
- d) Schématisez l’architecture de cette séquence ?
Exercice II
Soit les séquences Seq1 et Seq2.
>SEQ1
CTCGAGTCTTGGCTCATTCTTCTTTCACTAGCCTGAACTGTTCCTTTTGCGTTACTTCTTGTCTCATACA TTCTGATACTGCGTATCAAGTCACTCTCTAAAGAAACAAGCAACCAATCATCACCACCACCAACAAACCA GCAAACATCTCTGCCAAGATGGTCTCTTACCTCTTCGTGCTCGGCGCCCTGGCTTCTGTTGCCATCGCCT CCCCCGTCCCCGAGCTCAAGGCCCGCGCCAGCTGCACCTTCACCGATGCTGCCTCTGCCATCAAGGGCAA GGCCAGCTGCACCACCATCGTCCTCAACAATATTGCGGTCCCTGCCGGCACCACCCTCGACATGACCGGC CTCAAGTCTGGCACTCACGTAAGTTTCTCTCTCTCTCTCAGTCTCATTATCTGTTCCTAGAGACATCCAC CAACACACCCTTCAACAGGTCACCTTCCAAGGCAAAACCACCTTCGGCTACAAGGAGTGGGAGGGCCCCC TCATCTCCTTCTCCGGCTCCAACGTCGTCATCGACGGCGCCTCCGGCCACTCCATCGACTGCCAGGGCTC CCGCTGGTGGGACTCCAAGGGCGGCAACGGCGGCAAGACCAAGCCCAAGTTCTTCTACGCCCACAGCCTC AAGGACTCGACCATCAGGGGCCTCCACACGCTCAACACCCCCGTCCAGGCCTTCTCCATCAACGGCGCCG CCAACCTCGGCGTCTACGACGTCTCCGTCGACAACTCGGCCGGCGACTCCGCCGGCGGCCACAACACCGA CGCCTTCGACGTCGGCTCCTCCACCGGCGTCTACATCTCTGGCGCCGACGTCAAGAACCAGGACGACTGC CTCGCCGTCAACTCGGGCACCAATATTACCTTCACCGGCGGCACCTGCTCCGGCGGCCACGGTCTTTCCA TCGGCTCCGTTGGCGGCCGCAAGGATAATGTCGTCAAGAGCGTCAGCATCACCAACTCCAAGATTATCAA CTCGGATAACGGCGTGCGTATCAAGACCGTGGCCGGCGCTACTGGTCCCGTTTCCGACATCACCTACTCG GGCATCACCCTCTCCAACATCGCCAAGTACGGCATCGTCATCGAACAGGACTACGAGAACGGTTCTCCCA CCGGCAAGCCCACCTCCGGTGTCCCTATTTCCGGCCTCACCCTCAGCAAGATCAGCGGTTCCGTCTCCTC CTCCGCCACCCCCGTTTACATCCTCTGCGCCTCCTGCACCAACTGGAAGTGGTCCGGCGTCAGCGTCACC GGCGGCAAGAAGTCCTCCAAGTGCACCGGTATCCCCAGCGGGAGCGGTGCTGCTTGCTAAGCGGCTGAGT CTTTACGCGCGGACTCGGGGTGAGCGCTCAATCTCTCACACCTATATAGGTACACACACAAACATACTGC GGACTTGGTCGGTCGACACACGGTCTCCGGGGCTAGTTTTCTCCCTTGAGGAGCACAAGACACCGCTCGC GGAGTGAAGCTGGACTGTCTTTCTTGTAATTAATTGGGTCCTGTCTGAGGTGTCCGTCCATCCCTCCCTG GGGATGCAAATATTTCCTGTATATATTTCCTTTACTCCCCTCGTCTCCTTCTTCGACGAGGGTGGTGGAA CAAACATAGCTTGATCCAAATTGATGTGCTTTGGACGCAATTTCGCTGCCGTCTTTCCCGTGCCGGTAAT CTACAAGGAACCGTGGTCTG
>SEQ2
TCGGCGCCCTGGCTTCTGTTGCCATCGCCTCCCCCGTCCCCGAGCTCAAGGCCCGCGCCA GCTGCACCTTCACCGATGCTGCCTCTGCCATCAAGGGCAAGGCCAGCTGCACCACCATCG TCCTCAACAATATTGCGGTCCCTGCCGGCACCACCCTCGACATGACCGGCCTCAAGTCTG GCACTCACGTAAGTTTCTCT
1) Quel type d’alignement pouvez-vous faire pour comparer ces 2 séquences ? Expliquez.
2) Quelle(s) hypothèse(s) vous pouvez faire sur la nature de ces 2 séquences ?
3) À quoi correspond le pourcentage de similarité ?
4) La séquence seq1 est-elle codante ? Si oui, quelle est la fonction de la protéine associée ? Expliquez.
Exercice III
Récupérer la séquence CAA65843.1.
1) Représentez l’architecture de cette séquence.
2) A quoi correspond le lien croise ‘db_xref="InterPro:IPR000177’ ?
3) Les données sur cette séquences ont–elles été validées par un annotateur expert ? Justifiez votre réponse