Examen terminal
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Instructions
Comme pour l'examen intermédiaire, commencez par créer un fichier texte sur le bureau (Open-Office ou Bloc Note) s'intitulant par "NOM_prenom_terminal" (exemple GAULIN_Elodie_terminal.rtf) Ce fichier comportera vos réponses à l'examen, il devra être :
- adressé par mail à l'adresse suivante gaulin@lrsv.ups-tlse.fr
- conservé sur votre bureau dans un répertoire intitulé "Harmonisation Connaissances"
!! ATTENTION !! Tout manquement à cette règle sera sanctionné à hauteur de 2 points sur la note finale.
!! CONSEILS!!
Envoyez 5 minutes avant la fin de l’examen votre fichier de réponse :
- mettez-vous en copie du mail afin de garder une trace de votre travail
- laissez l’ordinateur allumé pour vérifier la présence du fichier dans le répertoire "Harmonisation Connaissances"
Vous êtes responsables de l’envoi du fichier en fin d’examen. Etant donné qu’il est facile d’antidater un fichier ainsi que son envoi, tout fichier non reçu en fin de séance recevra une note de 0/20.
Ressources
Vous trouverez ci-dessous une sélection des sites Internet qui vous seront nécessaires pour l'examen:
- Génopôle Toulouse
- EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
- NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
- Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
- PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
- Institut Pasteur
- Protein Data Bank (PDB)
- EMBOSS.
Exercice 1 (Question de cours)
- 1.1 Utiliser la méthode de programmation dynamique pour déterminer l’alignement global optimal entre les deux séquences suivantes :
Séquence 1 : GTCCATG Séquence 2 : CCAC Système de scores : identité = 0, substitution = +1, indel = +2 (Utilisation pour le calcul d’un score de distance) Remplir la matrice de programmation dynamique et produire l’alignement final. Quel est le score de cet alignement ?
- 1.2 Expliquer pourquoi la pénalité des indels doit être plus importante que la pénalité des substitutions.
