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Contents 1 Instructions 2 Ressources 3 Exercice 1 4 Exercice 2 5 Exercice 3

Instructions

Comme pour l'examen intermédiaire, commencez par créer un fichier texte sur le bureau (Open-Office ou Bloc Note) s'intitulant par "NOM_prenom_terminal" (exemple GAULIN_Elodie_terminal.rtf) Ce fichier comportera vos réponses à l'examen, il devra être :

- adressé par mail à l'adresse suivante gaulin@lrsv.ups-tlse.fr

- conservé sur votre bureau dans un répertoire intitulé "Harmonisation Connaissances"

!! ATTENTION !! Tout manquement à cette règle sera sanctionné à hauteur de 2 points sur la note finale.

!! CONSEILS!! Envoyez 5 minutes avant la fin de l’examen votre fichier de réponse :
- mettez-vous en copie du mail afin de garder une trace de votre travail
- laissez l’ordinateur allumé pour vérifier la présence du fichier dans le répertoire "Harmonisation Connaissances" Vous êtes responsables de l’envoi du fichier en fin d’examen. Etant donné qu’il est facile d’antidater un fichier ainsi que son envoi, tout fichier non reçu en fin de séance recevra une note de 0/20.

Ressources

Vous trouverez ci-dessous une sélection des sites Internet qui vous seront nécessaires pour l'examen:

• Génopôle Toulouse
• EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
• NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
• Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
• PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
• Institut Pasteur
• Protein Data Bank (PDB)
• EMBOSS.

Exercice 1

• 1.1 Utiliser la méthode de programmation dynamique pour déterminer l’alignement global optimal entre les deux séquences suivantes :

Séquence 1 : GTCCATG
Séquence 2 : CCAC
Système de scores : identité = 0, substitution = +1, indel = +2 (Utilisation pour le calcul d’un score de distance)
Remplir la matrice de programmation dynamique et produire l’alignement final. Quel est le score de cet alignement ?

• 1.2 Expliquer pourquoi la pénalité des indels doit être plus importante que la pénalité des substitutions.

Exercice 2

Parmi les questions suivantes, indiquez sur votre copie, lesquelles sont VRAIES:

• 1. Blast est un programme d’alignement global
• 2. Blast calcule une E-value : une valeur comprise entre 0 et 1
• 3. Blast calcule une E-value reflétant le nombre attendu d’alignements significatifs de score supérieur ou égal à celui obtenu entre la séquence requête et la séquence de la banque.
• 4. La programmation dynamique est une méthode utilisée uniquement pour réaliser un alignement global entre 2 séquences
• 5. Le numéro d’accession d’une séquence est définitif.
• 6. Le pourcentage de similarité est toujours supérieur ou égal au pourcentage d’identité
• 7. PUBMED est une méthode pour prédire les sites actifs d’une protéine
• 8. G-A-[ILV]-X-D est une signature PROSITE
• 9. Un motif protéique ne peut pas être présent dans un domaine fonctionnel
• 10. ENTREZ permet d'identifier des structures protéiques
• 11. Il existe des banques de données dites de connaissances
• 12. Le dot-plot permet de visualiser les régions répétées présentes dans une séquence

Exercice 3

Alignement 1 seq1 1 -----MEAVVVDAGSKLLKAGIALPDQSPSLVMPSKMKLEVEDGQM-GDG---AVVEEVVQPVVRGFVK 60 ..|:|||.||.:.|||.| .|.:|..|.||....:...|.| |.| ::|.:.:| seq2 1 MCDEDVAALVVDNGSGMCKAGFA-GDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQ-------- 60
Alignement 2 seq1 1 ME-----AVVVDAGSKLLKAGIA---LPDQS--PSLV-MPSKMK-LEVEDGQMG--DGAVV-EEVVQPVVRGFVK 60 |: |:|||.||.:.|||.| .| :: ||:| .| ::. :.| | || | ::| :| :| seq2 1 MCDEDVAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAP-RAVFPSIVGRP-RHQGVMV--G-MGQKD-SYVGDE-AQ-------- 60