M1 MABS BBS Math TD Proba
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(Created page with '= Loi hypergéométrique = <math>p=\sum^{min(q,t)}_{k=c}\frac{C^k_t\times C^{q-k}_{g-t}}{C^q_g}</math> appliquée à la sur-représentation d'une annotation dans un ensemble de …')
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(Created page with '= Loi hypergéométrique = <math>p=\sum^{min(q,t)}_{k=c}\frac{C^k_t\times C^{q-k}_{g-t}}{C^q_g}</math> appliquée à la sur-représentation d'une annotation dans un ensemble de …')
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Revision as of 21:51, 27 October 2011
Loi hypergéométrique
appliquée à la sur-représentation d'une annotation dans un ensemble de gènes, c'est-à-dire à la comparaison de 2 ensembles :
- c: nombre de gènes communs
- q: nombre de gènes du premier ensemble (query par exemple gènes différentiellement exprimés ou co-exprimés)
- t: nombre de gènes du deuxième ensemble (target par exemple gènes annotatés 'biosynthèse des acides aminés')
- g: nombre de gènes dans le génome
A quoi correspondent ? et ?
Rappel : Combinaisons:
- Calculer la p-valeur pour c=30, q=100, t=300 et g=20000
- Quelle est le plus grand nombre x pour lequel vous pouvez calculer x! ?
Vraissemblance
Rappel :
Alignement de séquences RBS d'E. coli.
Séquence test