M1 MABS BBS Math TD Proba
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+ | [[Media:Bsubtilis_RBS.fasta|Séquences]] upstream du codon start chez ''B. subtilis''. | ||
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+ | Conservation du motif RBS. Pour s'en convaincre, on peut utiliser [http://weblogo.threeplusone.com/ WebLogo]. | ||
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+ | [[Media:Maths Proba Alignement RBS.txt|Alignement]] de séquences RBS de ''B. subtilis''. | ||
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+ | [[Media:Maths Proba Sequence test.txt|Séquence]] test | ||
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= Loi hypergéométrique = | = Loi hypergéométrique = | ||
<math>p=\sum^{min(q,t)}_{k=c}\frac{C^k_t\times C^{q-k}_{g-t}}{C^q_g}</math> | <math>p=\sum^{min(q,t)}_{k=c}\frac{C^k_t\times C^{q-k}_{g-t}}{C^q_g}</math> | ||
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* Quelle est le plus grand nombre <math>x</math> pour lequel vous pouvez calculer <math>x!</math> ? | * Quelle est le plus grand nombre <math>x</math> pour lequel vous pouvez calculer <math>x!</math> ? | ||
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Revision as of 16:48, 17 October 2013
Vraissemblance
Rappel :
Séquences upstream du codon start chez B. subtilis.
Conservation du motif RBS. Pour s'en convaincre, on peut utiliser WebLogo.
Alignement de séquences RBS de B. subtilis.
Séquence test
Loi hypergéométrique
appliquée à la sur-représentation d'une annotation dans un ensemble de gènes, c'est-à-dire à la comparaison de 2 ensembles :
- c: nombre de gènes communs
- q: nombre de gènes du premier ensemble (query par exemple gènes différentiellement exprimés ou co-exprimés)
- t: nombre de gènes du deuxième ensemble (target par exemple gènes annotatés 'biosynthèse des acides aminés')
- g: nombre de gènes dans le génome
A quoi correspondent ? et ?
Rappel : Combinaisons:
- Calculer la p-valeur pour c=30, q=100, t=300 et g=20000
- Quelle est le plus grand nombre x pour lequel vous pouvez calculer x! ?