M1 Traitement de Donnees Biologiques - Transcriptome - Oryza sativa
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Revision as of 10:39, 16 October 2016
Dans ce TP, nous allons analyser les données de transciptome obtenues sur Oryza sativa par microarray. Le déroulement des analyses suit les travaux de Jujita et al. publiés en 2010(pmid:21062870). Il vous est conseillé de prendre connaissance de l'article, tout du moins son résumé avant de commencer le TP.
Récupération des données
Les données relatives à l'analyse ont été mises à disposition sur la banque GEO et sont accessibles avec l'identifiant GSE14304.
Il s'agit de 98 hybridations réalisées avec un microarray de la société Affymetrix ayant l'identifiant GPL2025] comportant 57 381 spots correspondant à 51 279 transcrits d'Oryza sativa japonica et indica.
La quantité de données étant un peu volumineuse pour ce TP, nous allons travailler sur certaines conditions en particulier ; celles spécifiées dans la publication : les gènes différentiellement exprimés entre les stades P1 et P3.
