From silico.biotoul.fr

Revision as of 16:09, 4 September 2015

Autres logiciels spécifiques

• Zotero : Installer le plug-in firefox à partir de https://www.zotero.org

• boost 1.55.0 http://www.boost.org/users/history/version_1_55_0.html

yum install boost.x86_64 boost-devel.x86_64

• abyss (dernière version) http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/

prérequis: yum install sqlite-devel.x86_64

• samtools (dernière version) http://samtools.sourceforge.net/

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.2/samtools-1.2.tar.bz2
tar tjf samtools-1.2.tar.bz2
tar xjf samtools-1.2.tar.bz2
cd samtools-1.2
make
# curses.h introuvable !
yum provides */curses.h
yum install ncurses-devel.x86_64

• tabix (dernière version) http://www.htslib.org/download/

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.2.1/htslib-1.2.1.tar.bz2
tar tjf ...

• bwa (dernière version) http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/

tar tjf bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2

vérification des librairies partagées

ldd bwa.kit/bwa

• snpEff 3.6 core http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html

vérification du contenu de l'archive

unzip -l snpEff_latest_core.zip

extraction du contenu

unzip snpEff_latest_core.zip

test

cd snpEff
java -jar snpEff.jar

• Scala IDE : http://scala-ide.org/download/sdk.html

• COPASI : http://www.copasi.org/tiki-index.php?page=DownloadNonCommercial&structure=Download
• Snoopy : http://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy#downloads

cd snoopy2
./bin/snoopy
ldd ./bin/snoopy
# Problème : il manque des librairies partagées
ls -lh lib
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/Downloads/snoopy2/lib
./bin/snoopy

• VirtualBox (Oracle pas rpmfusion)
• pymol (Pb de compilation)

yum install freeglut.x86_64 freeglut-devel.x86_64 python-pmw python-devel.x86_64 glew.x86_64 glew-devel.x86_64

• VMD (registration and licence ?)

• Webmin (interface web pour l'administration du système)

Imprimante

L'installation dépend de la distribution ainsi que de la manière dont est gérée la file d'impression. Pour les systèmes les plus récents, l'installation n'est pas trop difficile mais pour ce qui est des imprimantes exotiques cela se gère au cas par cas.

Pour la salle P0, l'imprimante est connecté sur le serveur vulcain qui gère donc la file d'impression. L'installation est détaillée sur la page : Salle P0 HP LasetJet 2420d