M2BBS - Atelier Système
From silico.biotoul.fr
Autres logiciels spécifiques
- Zotero : Installer le plug-in firefox à partir de https://www.zotero.org
- yum install boost.x86_64 boost-devel.x86_64
- abyss (dernière version) http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/
- prérequis: yum install sqlite-devel.x86_64
- samtools (dernière version) http://samtools.sourceforge.net/
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.2/samtools-1.2.tar.bz2 tar tjf samtools-1.2.tar.bz2 tar xjf samtools-1.2.tar.bz2 cd samtools-1.2 make # curses.h introuvable ! yum provides */curses.h yum install ncurses-devel.x86_64
- tabix (dernière version) http://www.htslib.org/download/
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.2.1/htslib-1.2.1.tar.bz2 tar tjf ...
- bwa (dernière version) http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/
tar tjf bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2
- vérification des librairies partagées
ldd bwa.kit/bwa
- snpEff 3.6 core http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html
- vérification du contenu de l'archive
unzip -l snpEff_latest_core.zip
- extraction du contenu
unzip snpEff_latest_core.zip
- test
cd snpEff java -jar snpEff.jar
- Scala IDE : http://scala-ide.org/download/sdk.html
- COPASI : http://www.copasi.org/tiki-index.php?page=DownloadNonCommercial&structure=Download
- Snoopy : http://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy#downloads
cd snoopy2 ./bin/snoopy ldd ./bin/snoopy # Problème : il manque des librairies partagées ls -lh lib export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/Downloads/snoopy2/lib ./bin/snoopy
- VirtualBox (Oracle pas rpmfusion)
- pymol (Pb de compilation)
yum install freeglut.x86_64 freeglut-devel.x86_64 python-pmw python-devel.x86_64 glew.x86_64 glew-devel.x86_64
- VMD (registration and licence ?)
Imprimante
L'installation dépend de la distribution ainsi que de la manière dont est gérée la file d'impression. Pour les systèmes les plus récents, l'installation n'est pas trop difficile mais pour ce qui est des imprimantes exotiques cela se gère au cas par cas.
Pour la salle P0, l'imprimante est connecté sur le serveur vulcain qui gère donc la file d'impression. L'installation est détaillée sur la page : Salle P0 HP LasetJet 2420d