M2P Bioinfo - Projet Transcriptome
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* les lignes de commandes R intercalées avec les résultats et graphiques obtenus | * les lignes de commandes R intercalées avec les résultats et graphiques obtenus | ||
* les fichiers annexes utilisés (targets, types de spot, ...) | * les fichiers annexes utilisés (targets, types de spot, ...) | ||
Revision as of 16:11, 7 December 2010
Vous trouverez sur le disque dur réseau (195.220.42.25) 3 fichiers .gpr à analyser. Pour copier les fichiers :
scp -r GUEST@195.220.42.25:/shares/internal/PUBLIC/Transcriptome ./
Il s'agit de 3 puces obtenues pour E. coli correspondant à 3 réplicats où l'on a comparé la souche sauvage et un mutant knock-out (la sauvage étant le canal Cy3). Le travail à réaliser est une analyse différentielle de ces puces comme effectuée en TD. Le document à rendre comprend :
- les lignes de commandes R intercalées avec les résultats et graphiques obtenus
- les fichiers annexes utilisés (targets, types de spot, ...)
- la caractérisation des gènes différentiellement exprimés identifiés.
Concernant l'analyse, le document devra comprendre les étapes suivantes et la justification des choix effectués au moyen de graphiques ou autres statistiques :
- fonction et taux de filtrage,
- analyse du bruit de fond (éventuellement sélection des puces/données à utiliser),
- normalisation et choix des méthodes utilisées (distribution des intensités, MA-plot, ...),
- identification des gènes différentiellement exprimés et volcano plot.
Il vous faudra aussi joindre un fichier contenant la liste des gènes différentiellement exprimés.
Remarque : Les données que vous manipulez n'ont pas encore été rendues publiques. Il vous est donc interdit de les diffuser.
