TD3 Bioanalyse21
From silico.biotoul.fr
(→Exercice 1 : recherche de protéines homologues à BCL2 humaine) |
(→Exercice 1 : recherche de protéines homologues à BCL2 humaine) |
||
| Line 9: | Line 9: | ||
=Exercice 1 : recherche de protéines homologues à BCL2 humaine= | =Exercice 1 : recherche de protéines homologues à BCL2 humaine= | ||
| - | '''1/''' Récupérer la protéine codée par l'ARNm humain NM_000633, et faites un BLASTP au [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI] contre la banque SwissProt | + | '''1/''' Récupérer la protéine codée par l'ARNm humain NM_000633, et faites un BLASTP au [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI] contre la banque SwissProt |
| - | (Colonne de droite : Popular resources => BLAST => Protein BLAST) | + | (Colonne de droite : Popular resources => BLAST => Protein BLAST) <br> |
'''2/''' Regardez l'alignement avec la séquence BCL2-like protein 1 de poulet Q07816 | '''2/''' Regardez l'alignement avec la séquence BCL2-like protein 1 de poulet Q07816 | ||
| Line 26: | Line 26: | ||
>gi|231632|sp|P10415.2|BCL2_HUMAN RecName: Full=Apoptosis regulator Bcl-2 <br> | >gi|231632|sp|P10415.2|BCL2_HUMAN RecName: Full=Apoptosis regulator Bcl-2 <br> | ||
| + | |||
devient :<br> | devient :<br> | ||
>BCL2_HUMAN | >BCL2_HUMAN | ||
Revision as of 09:20, 12 January 2021
OBJECTIFS
- Comprendre le résultat du programme BLAST - Utiliser un programme d'alignement multiple, et identifier des zones conservées, générer un Logo - Ecrire une signature protéique (pattern) - Rechercher dans une banque protéique des séquences qui possèdent cette signature
Exercice 1 : recherche de protéines homologues à BCL2 humaine
1/ Récupérer la protéine codée par l'ARNm humain NM_000633, et faites un BLASTP au NCBI contre la banque SwissProt
(Colonne de droite : Popular resources => BLAST => Protein BLAST)
2/ Regardez l'alignement avec la séquence BCL2-like protein 1 de poulet Q07816
- quelle est la taille de cette séquence ?
- à quoi correspond le % positives ?
- combien y a-t-il d'événement d'insertion-délétion ?
3/ Sélectionner (en cochant les cases dans le tableau) les séquences qui vous semblent homologues à votre séquence 'QUERY' (prenez une vingtaine de séquences, a priori correspondant aux lignes rouges ou roses)
4/ Récupérer les séquences en cliquant sur GenPept puis FASTA text.
5/ Copier les séquences dans un editeur de texte (Word, Bloc note..) et renommer les pour avoir des noms courts : changer le nom dans l'entête FASTA, en gardant nom de protéine et de l'organisme, et sans espace (mais des tirets - ou _)
Vous pouvez garder le nom fourni dans SwissProt. Par exemple :
>gi|231632|sp|P10415.2|BCL2_HUMAN RecName: Full=Apoptosis regulator Bcl-2
devient :
>BCL2_HUMAN
