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OBJECTIFS

   - Comprendre le résultat du programme BLAST
   - Utiliser un programme d'alignement multiple, et identifier des zones conservées, générer un Logo
   - Ecrire une signature protéique (pattern)
   - Rechercher dans une banque protéique des séquences qui possèdent cette signature 

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Exercice 1 : recherche de protéines homologues à BCL2 humaine

1/ Récupérer la protéine codée par l'ARNm humain NM_000633, et faites un BLASTP au NCBI contre la banque SwissProt
(Colonne de droite : Popular resources => BLAST => Protein BLAST)

2/ Regardez l'alignement avec la séquence BCL2-like protein 1 de poulet Q07816

• quelle est la taille de cette séquence ?
• à quoi correspond le % positives ?
• combien y a-t-il d'événement d'insertion-délétion ?
  

3/ Sélectionner (en cochant les cases dans le tableau) les séquences qui vous semblent homologues à votre séquence 'QUERY' (prenez une vingtaine de séquences, a priori correspondant aux lignes rouges ou roses)

4/ Récupérer les séquences en cliquant sur GenPept puis FASTA text.

5/ Copier les séquences dans un editeur de texte (Word, Bloc note..) et renommer les pour avoir des noms courts : changer le nom dans l'entête FASTA, en gardant nom de protéine et de l'organisme, et sans espace (mais des tirets - ou _)

Vous pouvez garder le nom fourni dans SwissProt. Par exemple :

>gi|231632|sp|P10415.2|BCL2_HUMAN RecName: Full=Apoptosis regulator Bcl-2
devient :
>BCL2_HUMAN